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- PDB-6d7a: Structure of T. gondii PLP1 beta-rich domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d7a
タイトルStructure of T. gondii PLP1 beta-rich domain
要素Perforin-like protein 1
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Pore forming protein (膜孔形成毒素) / toxin (毒素) / perforin-like protein / beta-prism
機能・相同性membrane-attack complex / perforin / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain profile. / MAC/Perforin domain / Membrane attack complex component/perforin (MACPF) domain / Perforin-like protein 1
機能・相同性情報
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.13 Å
データ登録者Guerra, A.J. / Koropatkin, N.M. / Wawrzak, Z. / Bahr, C.M.E. / Carruthers, V.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI046675 米国
引用ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2018
タイトル: Structural basis of Toxoplasma gondii perforin-like protein 1 membrane interaction and activity during egress.
著者: Guerra, A.J. / Zhang, O. / Bahr, C.M.E. / Huynh, M.H. / DelProposto, J. / Brown, W.C. / Wawrzak, Z. / Koropatkin, N.M. / Carruthers, V.B.
履歴
登録2018年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Perforin-like protein 1
B: Perforin-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,2126
ポリマ－76,1202
非ポリマー924
水11,782654
1
A: Perforin-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1063
ポリマ－38,0601
非ポリマー462
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Perforin-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1063
ポリマ－38,0601
非ポリマー462
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.980, 50.850, 105.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.13, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1616-

HOH

21B-1610-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Perforin-like protein 1


分子量: 38060.059 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
遺伝子: PLP1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A1E348
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 654 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.44 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM sodium cacodylate, 0.8M sodium formate, 15% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月25日 / 詳細: Be lens
放射モノクロメーター: C(111) diamond laue / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.13→24.883 Å / Num. obs: 191300 / % possible obs: 94.92 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 10.13 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.07709 / Rpim(I) all: 0.03364 / Rrim(I) all: 0.08447 / Net I/σ(I): 7.99
反射 シェル解像度: 1.13→1.17 Å

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.13→24.883 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 18.55
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1637 9505 4.97 %
Rwork0.1407 --
obs0.1418 191287 94.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.13→24.883 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3980 0 4 654 4638
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094248
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0445808
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5071634
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.089638
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007772
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.13-1.14280.33032230.31024170X-RAY DIFFRACTION66
1.1428-1.15630.3062470.29864450X-RAY DIFFRACTION70
1.1563-1.17040.2732670.29834888X-RAY DIFFRACTION78
1.1704-1.18520.28683090.27525395X-RAY DIFFRACTION84
1.1852-1.20080.28942920.24895746X-RAY DIFFRACTION91
1.2008-1.21720.27463730.22756045X-RAY DIFFRACTION96
1.2172-1.23460.2363290.21626097X-RAY DIFFRACTION96
1.2346-1.25310.22843520.19916112X-RAY DIFFRACTION97
1.2531-1.27260.22373060.1816304X-RAY DIFFRACTION98
1.2726-1.29350.20623270.17026216X-RAY DIFFRACTION98
1.2935-1.31580.21283050.16686194X-RAY DIFFRACTION98
1.3158-1.33970.18813330.15326229X-RAY DIFFRACTION98
1.3397-1.36550.18523220.14446242X-RAY DIFFRACTION98
1.3655-1.39340.17223630.13766276X-RAY DIFFRACTION98
1.3934-1.42370.17063010.13126280X-RAY DIFFRACTION98
1.4237-1.45680.15893240.12316291X-RAY DIFFRACTION99
1.4568-1.49320.1473300.12416269X-RAY DIFFRACTION99
1.4932-1.53360.14543270.1116316X-RAY DIFFRACTION99
1.5336-1.57870.13362830.10376324X-RAY DIFFRACTION99
1.5787-1.62960.13333550.1086331X-RAY DIFFRACTION99
1.6296-1.68790.12893430.1116290X-RAY DIFFRACTION99
1.6879-1.75540.14333470.11446310X-RAY DIFFRACTION99
1.7554-1.83530.13713200.11926437X-RAY DIFFRACTION100
1.8353-1.9320.15173610.11426280X-RAY DIFFRACTION100
1.932-2.0530.13063070.11266407X-RAY DIFFRACTION99
2.053-2.21150.13373080.11186424X-RAY DIFFRACTION100
2.2115-2.43380.13463780.11856332X-RAY DIFFRACTION100
2.4338-2.78560.14742960.12776468X-RAY DIFFRACTION100
2.7856-3.5080.15272960.1396423X-RAY DIFFRACTION99
3.508-24.88850.16232810.14776236X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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