[English] 日本語
Yorodumi- PDB-6d27: Crystal structure of the prostaglandin D2 receptor CRTH2 with CAY10471 -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6d27 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of the prostaglandin D2 receptor CRTH2 with CAY10471 | ||||||
Components | Prostaglandin D2 receptor 2, Endolysin chimera | ||||||
Keywords | MEMBRANE PROTEIN/ANTAGONIST / GPCR / MEMBRANE PROTEIN-ANTAGONIST complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information prostaglandin J receptor activity / prostaglandin D receptor activity / prostaglandin F receptor activity / Prostanoid ligand receptors / negative regulation of male germ cell proliferation / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / neuropeptide binding / neuropeptide signaling pathway / viral release from host cell by cytolysis / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway ...prostaglandin J receptor activity / prostaglandin D receptor activity / prostaglandin F receptor activity / Prostanoid ligand receptors / negative regulation of male germ cell proliferation / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / neuropeptide binding / neuropeptide signaling pathway / viral release from host cell by cytolysis / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / peptidoglycan catabolic process / G protein-coupled receptor activity / calcium-mediated signaling / chemotaxis / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / G alpha (i) signalling events / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / neuron projection / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Enterobacteria phage T4 (virus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.738 Å | ||||||
Authors | Wang, L. / Yao, D. / Deepak, K. / Liu, H. / Gong, W. / Fan, H. / Wei, Z. / Zhang, C. | ||||||
Funding support | China, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Mol. Cell / Year: 2018 Title: Structures of the Human PGD2Receptor CRTH2 Reveal Novel Mechanisms for Ligand Recognition. Authors: Wang, L. / Yao, D. / Deepak, R.N.V.K. / Liu, H. / Xiao, Q. / Fan, H. / Gong, W. / Wei, Z. / Zhang, C. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6d27.cif.gz | 200.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6d27.ent.gz | 158.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6d27.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/6d27 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/6d27 | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 6d26SC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 52228.727 Da / Num. of mol.: 1 Fragment: CRTH2 (UNP residues 1-236), T4 ligase (UNP residues 2-12,61-161), CRTH2 (UNP residues 238-339) Mutation: N25A,G237ADLGLQHR,A1298C Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human), (gene. exp.) Enterobacteria phage T4 (virus) Gene: PTGDR2, CRTH2, DL1R, GPR44, e, T4Tp126 / Cell line (production host): SF9 / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / References: UniProt: Q9Y5Y4, UniProt: D9IEF7 |
---|
-Non-polymers , 8 types, 26 molecules
#2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-FT4 / [( | #4: Chemical | ChemComp-MES / | #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-PGO / #8: Chemical | ChemComp-PEG / | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.26 Å3/Da / Density % sol: 71.11 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: lipidic cubic phase / pH: 6.5 Details: 30% PEG300, 100 mM MES, pH 6.5, 100 mM ammonium sulfate, 2% P400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-B / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Mar 26, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Double crystal cryo-cooled Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.7→30 Å / Num. obs: 22351 / % possible obs: 92.6 % / Redundancy: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 72.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.166 / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.182 / Χ2: 1.278 / Net I/σ(I): 5.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 6D26 Resolution: 2.738→30 Å / SU ML: 0.41 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 34.32
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 200 Å2 / Biso mean: 95.2029 Å2 / Biso min: 41.65 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.738→30 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|