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Yorodumi- PDB-6xj7: Crystal structure of the helical cell shape determining protein P... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6xj7 | ||||||
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Title | Crystal structure of the helical cell shape determining protein Pgp2 (K307A mutant) from Campylobacter jejuni | ||||||
Components | Pgp2 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / peptidase / LD-carboxypeptidase / peptidoglycan hydrolase / NTF2 fold | ||||||
Function / homology | L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / peptidoglycan biosynthetic process / transferase activity / YkuD domain-containing protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Campylobacter jejuni subsp. jejuni (Campylobacter) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Lin, C.S. / Chan, A.C. / Murphy, M.E. | ||||||
Funding support | Canada, 1items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2021 Title: Peptidoglycan binding by a pocket on the accessory NTF2-domain of Pgp2 directs helical cell shape of Campylobacter jejuni. Authors: Lin, C.S. / Chan, A.C.K. / Vermeulen, J. / Brockerman, J. / Soni, A.S. / Tanner, M.E. / Gaynor, E.C. / McIntosh, L.P. / Simorre, J.P. / Murphy, M.E.P. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6xj7.cif.gz | 370.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6xj7.ent.gz | 308.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6xj7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xj/6xj7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xj/6xj7 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6xj6C 4xzzS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 34205.969 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: K307A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Campylobacter jejuni subsp. jejuni (Campylobacter) Strain: 81-176 / Gene: CJJ81176_0915 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0A0H3PAQ3 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.41 Å3/Da / Density % sol: 48.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.6 Details: 25.5 % (w/v) PEG4K, 15 % (v/v) glycerol, 0.17 M ammonium acetate, and 0.085 M sodium acetate pH 4.6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08B1-1 / Wavelength: 0.974 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Dec 15, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.974 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.85→41.364 Å / Num. obs: 53923 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 7.354 % / Biso Wilson estimate: 21.58 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rrim(I) all: 0.11 / Χ2: 1.038 / Net I/σ(I): 13.12 / Num. measured all: 396576 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4XZZ Resolution: 1.85→41.364 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 19.94 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 107.92 Å2 / Biso mean: 31.1848 Å2 / Biso min: 14.13 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.85→41.364 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 143.7486 Å / Origin y: 103.0878 Å / Origin z: 11.6677 Å
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Refinement TLS group |
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