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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6cex | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the A/Hong Kong/1/1968 (H3N2) influenza virus hemagglutinin in complex with small molecule N-Cyclohexyltaurine | |||||||||
要素 | (Hemagglutininヘマグルチニン) x 2 | |||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Glycoprotein (糖タンパク質) / Ectodomain / N-glycosylation (N-結合型グリコシル化) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.57 Å | |||||||||
データ登録者 | wilson, I.A. / Kadam, R.U. | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018 タイトル: A small-molecule fragment that emulates binding of receptor and broadly neutralizing antibodies to influenza A hemagglutinin. 著者: Kadam, R.U. / Wilson, I.A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6cex.cif.gz | 335.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6cex.ent.gz | 269.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6cex.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/6cex ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/6cex | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 6分子 ACEBDF
#1: タンパク質 | 分子量: 35506.949 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (strain A/Hong Kong/1/1968 H3N2) (A型インフルエンザウイルス) 株: A/Hong Kong/1/1968 H3N2 / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q91MA7 #2: タンパク質 | 分子量: 20041.131 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (strain A/Northern Territory/60/1968 H3N2) (A型インフルエンザウイルス) 株: A/Northern Territory/60/1968 H3N2 / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P03436 |
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-糖 , 4種, 17分子
#3: 多糖 | #4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #5: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #7: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 4種, 757分子
#6: 化合物 | ChemComp-NHE / #8: 化合物 | ChemComp-SO4 / #9: 化合物 | ChemComp-GOL / | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.27 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 100 mM sodium cacodylate, 200 mM sodium chloride, pH 6.5, 20 degree |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.9796 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9796 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.57→50 Å / Num. obs: 87259 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 28 Å2 / CC1/2: 0.97 / Rpim(I) all: 0.04 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 21.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.57→2.61 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Num. unique obs: 3773 / CC1/2: 0.92 / Rpim(I) all: 0.12 / Rsym value: 0.27 / % possible all: 86.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4FNK 解像度: 2.57→47.743 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.53
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.57→47.743 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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