PDB-6c4k: Full length hUGDH with A104L substitution in the absence of ligand

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6c4k

タイトル

Full length hUGDH with A104L substitution in the absence of ligand

要素

UDP-glucose 6-dehydrogenase

UDP-グルコース-6-デヒドロゲナーゼ

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / hUGDH / human UDP-Glucose Dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

Formation of the active cofactor, UDP-glucuronate / chondroitin sulfate biosynthetic process /

UDP-グルコース-6-デヒドロゲナーゼ /

UDP-glucose 6-dehydrogenase activity / UDP-glucuronate biosynthetic process / heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / glycosaminoglycan biosynthetic process / gastrulation with mouth forming second / protein hexamerization / neuron development ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Beattie, N.R. / Pioso, B.J. / Wood, Z.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Hysteresis and Allostery in Human UDP-Glucose Dehydrogenase Require a Flexible Protein Core.
著者: Beattie, N.R. / Pioso, B.J. / Sidlo, A.M. / Keul, N.D. / Wood, Z.A.

履歴

登録	2018年1月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年5月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年12月5日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2018年12月26日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.3	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6c4k.cif.gz	556.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6c4k.ent.gz	466.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6c4k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/6c4k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/6c4k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6c4jC 4rjtS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3tf5-d 4rjt-d 5w4x-d 6l8s-d 20805 5wcb-d 2xex-d 6tau-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: UDP-glucose 6-dehydrogenase

B: UDP-glucose 6-dehydrogenase

C: UDP-glucose 6-dehydrogenase

ヘテロ分子

166 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: UDP-glucose 6-dehydrogenase

B: UDP-glucose 6-dehydrogenase

C: UDP-glucose 6-dehydrogenase

ヘテロ分子

A: UDP-glucose 6-dehydrogenase

B: UDP-glucose 6-dehydrogenase

C: UDP-glucose 6-dehydrogenase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
331 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	178.520, 114.470, 96.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 116.50, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-628- HOH

#1: タンパク質	UDP-glucose 6-dehydrogenase / UDP-グルコース-6-デヒドロゲナーゼ / UDPGDH 分子量: 55136.020 Da / 分子数: 3 / 変異: A104L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UGDH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O60701, UDP-グルコース-6-デヒドロゲナーゼ
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.07 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 / 詳細: 16% PEG 3350, 0.5M NaCl, 0.1M Tris (pH 7.6)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→48.161 Å / Num. obs: 50717 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.7 % / Net I/σ(I): 13.73
反射シェル	解像度: 2.65→2.7116 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
Coot		モデル構築
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4RJT

4rjt

解像度: 2.65→48.161 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.97

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.255	2147	4.24 %
R_work	0.2217	-	-
obs	0.2232	50678	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→48.161 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10799	0	16	69	10884

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	11015
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.429	14901
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.128	4105
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	1700
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1916

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.65-2.7116	0.4254	139	0.3702	3235	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7116-2.7794	0.3807	152	0.3625	3216	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7794-2.8546	0.4207	133	0.3919	3225	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8546-2.9386	0.4873	145	0.3559	3220	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9386-3.0334	0.3398	144	0.3295	3213	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0334-3.1418	0.3121	139	0.2926	3196	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1418-3.2676	0.3703	142	0.3005	3239	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2676-3.4162	0.3235	148	0.284	3224	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4162-3.5963	0.3286	136	0.2707	3235	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5963-3.8215	0.2499	148	0.2193	3223	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8215-4.1165	0.2363	143	0.2	3235	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1165-4.5304	0.2165	143	0.1784	3238	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5304-5.1853	0.1988	145	0.1633	3277	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1853-6.5304	0.244	142	0.2018	3259	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5304-48.1685	0.1778	148	0.1693	3296	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4745	1.5803	0.3939	4.7965	0.8448	5.6144	-0.1202	-0.7298	-0.2058	1.6184	-0.1351	-0.0666	0.6027	-0.9924	0.2374	1.9962	0.5952	0.025	1.3325	0.1304	0.7506	-2.4881	-5.5312	55.2264
2	2.4992	0.4015	0.491	0.1283	-0.3923	4.2655	-0.4109	-0.2107	-0.1587	0.9746	0.2961	-0.1155	-0.4341	-0.2225	0.0621	1.5857	0.5559	-0.2135	0.9245	0.0784	0.6944	5.6911	2.0812	43.3572
3	2.4102	0.7365	0.0405	2.5764	-0.4197	2.4819	-0.5904	-0.3368	-0.3353	0.4573	0.2421	0.0378	1.0756	-0.4467	0.2316	1.1395	0.1245	0.3486	0.6846	0.0866	0.6132	-6.0184	-23.1743	22.2814
4	3.5324	1.5487	0.8348	2.2809	-2.0977	4.6732	0.5716	0.1505	1.0364	0.146	0.2456	1.6036	-1.0666	-1.2458	-0.5906	1.233	0.5732	-0.1047	1.2311	0.1809	1.5887	-33.766	43.9496	-1.2929
5	3.1207	-0.0838	1.3212	0.0598	0.1889	1.4764	-0.0315	0.4693	-0.4496	-0.3179	0.2631	1.1252	-0.4101	-0.7967	-0.0779	0.7234	0.3045	-0.379	1.2946	0.2147	1.2207	-28.6585	27.1031	-10.7205
6	4.8329	1.0871	1.2168	1.4405	1.8247	2.7438	0.0248	0.3656	0.2215	-0.2386	0.4267	0.5119	-0.6833	-0.6566	-0.2321	1.1553	0.248	-0.4804	0.9462	0.2574	1.1083	-20.9397	41.5921	-12.5658
7	3.9891	-1.068	0.6567	2.7896	-1.3555	5.1776	-0.4109	-0.2524	0.3229	0.1601	0.2963	0.0817	-0.9771	-0.0936	0.1111	0.6288	0.0969	-0.2969	0.4743	-0.0178	0.6989	-2.0899	31.3736	5.334
8	2.0918	-1.0986	-1.3022	3.6766	0.4027	5.1087	-0.548	-0.2725	-0.1198	0.7235	0.4245	0.6373	-0.1393	-0.4871	0.1308	0.4981	0.2002	-0.099	0.623	0.0452	0.75	-11.1316	20.7458	14.2891
9	4.4387	-0.0543	0.1148	5.7906	0.8723	4.073	-0.3925	-0.2842	-0.2629	1.3889	0.4488	1.429	-0.4182	-1.0759	0.0124	1.1195	0.5815	0.2371	1.1105	0.2176	0.97	-19.2158	23.7098	27.6116
10	1.8508	0.9075	-1.3049	3.3466	0.482	9.0008	-0.7901	-0.9583	0.1868	1.669	0.6746	0.0431	-1.3232	0.6086	0.0747	1.3673	0.4965	-0.2029	0.9617	-0.1004	0.757	-2.4127	30.6281	31.4745
11	2.8947	1.5978	0.9002	2.7511	0.439	0.5769	-0.0211	-0.1801	-0.0537	-0.2879	-0.1621	0.768	0.8999	-0.8694	0.1199	1.5711	-0.7691	0.2381	1.3415	-0.1396	1.3457	-36.0064	-34.3593	-7.9466
12	1.416	0.6011	0.3723	1.5017	0.2171	0.6085	-0.397	0.2426	-0.3858	-0.2375	0.0798	0.3668	0.9363	-0.4264	-0.511	2.0409	-0.757	0.4345	0.9101	-0.1719	1.2165	-23.4009	-38.9436	-12.1056
13	1.3949	-0.5136	-0.1758	1.8331	-0.3343	2.0888	-0.4477	0.137	-0.0253	-0.5461	0.1925	0.8738	0.6088	-0.8881	0.1537	0.6127	-0.388	-0.1364	0.9136	-0.1147	0.994	-22.387	-7.3404	-15.6174
14	3.1767	-1.076	0.5722	0.7783	0.5065	1.2913	-0.1226	0.3277	-0.1681	-0.4078	-0.0617	0.9592	0.2401	-1.1375	0.2032	0.7619	-0.3625	-0.5331	1.594	0.0234	1.4901	-36.8206	4.818	-19.5406

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 87 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 88 through 212 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 213 through 466 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 81 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 82 through 146 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 147 through 212 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 213 through 276 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 277 through 372 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 373 through 417 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 418 through 468 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 1 through 116 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 117 through 212 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 213 through 372 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 373 through 466 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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