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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6c2y | ||||||
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タイトル | Human GRK2 in complex with Gbetagamma subunits and CCG257142 | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/Signaling Protein / TRANSFERASE-Signaling Protein complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-adrenergic-receptor kinase / negative regulation of the force of heart contraction by chemical signal / negative regulation of relaxation of smooth muscle / beta-adrenergic receptor kinase activity / G protein-coupled receptor kinase activity / Edg-2 lysophosphatidic acid receptor binding / alpha-2A adrenergic receptor binding / tachykinin receptor signaling pathway / positive regulation of catecholamine secretion / Olfactory Signaling Pathway ...beta-adrenergic-receptor kinase / negative regulation of the force of heart contraction by chemical signal / negative regulation of relaxation of smooth muscle / beta-adrenergic receptor kinase activity / G protein-coupled receptor kinase activity / Edg-2 lysophosphatidic acid receptor binding / alpha-2A adrenergic receptor binding / tachykinin receptor signaling pathway / positive regulation of catecholamine secretion / Olfactory Signaling Pathway / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Activation of SMO / negative regulation of striated muscle contraction / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of the force of heart contraction / Activation of the phototransduction cascade / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Thromboxane signalling through TP receptor / Presynaptic function of Kainate receptors / G beta:gamma signalling through CDC42 / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / G alpha (12/13) signalling events / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Ca2+ pathway / G alpha (z) signalling events / Extra-nuclear estrogen signaling / G alpha (s) signalling events / Calmodulin induced events / G alpha (q) signalling events / G alpha (i) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / cardiac muscle contraction / viral genome replication / G protein-coupled receptor binding / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / receptor internalization / 繊毛 / photoreceptor disc membrane / cellular response to catecholamine stimulus / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / signaling receptor complex adaptor activity / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / presynapse / heart development / G alpha (s) signalling events / postsynapse / G alpha (q) signalling events / peptidyl-serine phosphorylation / protein kinase activity / symbiont entry into host cell / G protein-coupled receptor signaling pathway / GTPase activity / ATP binding / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.74 Å | ||||||
データ登録者 | Bouley, R. / Tesmer, J.J.G. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. Lett. / 年: 2018 タイトル: Utilizing a structure-based docking approach to develop potent G protein-coupled receptor kinase (GRK) 2 and 5 inhibitors. 著者: Waldschmidt, H.V. / Bouley, R. / Kirchhoff, P.D. / Lee, P. / Tesmer, J.J.G. / Larsen, S.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6c2y.cif.gz | 423.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6c2y.ent.gz | 346.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6c2y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/6c2y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/6c2y | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4pnkS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 79676.641 Da / 分子数: 1 / 変異: S670A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRK2, ADRBK1, BARK, BARK1 発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 2 RZ-2014 (蝶・蛾) 参照: UniProt: P25098, beta-adrenergic-receptor kinase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 37416.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: GNB1 発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 2 RZ-2014 (蝶・蛾) 参照: UniProt: P62871 |
#3: タンパク質 | 分子量: 8673.959 Da / 分子数: 1 / 変異: C68S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: GNG2 発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 2 RZ-2014 (蝶・蛾) 参照: UniProt: P63212 |
#4: 化合物 | ChemComp-EJS / ( |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.06 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 50 mM MES pH 6.0, 800 mM NaCl, 8% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.0332 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.74→48.32 Å / Num. obs: 40501 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 14.1 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.3044 / Rrim(I) all: 0.3161 / Net I/σ(I): 5.62 |
反射 シェル | 解像度: 2.74→2.838 Å / 冗長度: 14.6 % / Rmerge(I) obs: 2.061 / Mean I/σ(I) obs: 1.17 / Num. unique obs: 4026 / CC1/2: 0.705 / Rrim(I) all: 2.137 / % possible all: 99 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4PNK 解像度: 2.74→48.32 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.98
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.74→48.32 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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