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- PDB-6bxj: Structure of a single-chain beta3 integrin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bxj
タイトルStructure of a single-chain beta3 integrin
要素Chimera protein of Integrin beta-3 and Integrin alpha-L
キーワードCELL ADHESION (細胞接着) / integrin (インテグリン)
機能・相同性
機能・相同性情報


memory T cell extravasation / integrin alphaL-beta2 complex / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / ICAM-3 receptor activity / tube development / regulation of serotonin uptake / positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / alpha9-beta1 integrin-ADAM8 complex / regulation of trophoblast cell migration / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping ...memory T cell extravasation / integrin alphaL-beta2 complex / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / ICAM-3 receptor activity / tube development / regulation of serotonin uptake / positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / alpha9-beta1 integrin-ADAM8 complex / regulation of trophoblast cell migration / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / regulation of extracellular matrix organization / platelet alpha granule membrane / positive regulation of glomerular mesangial cell proliferation / integrin alphav-beta3 complex / negative regulation of lipoprotein metabolic process / alphav-beta3 integrin-PKCalpha complex / maintenance of postsynaptic specialization structure / fibrinogen binding / alphav-beta3 integrin-HMGB1 complex / blood coagulation, fibrin clot formation / negative regulation of lipid transport / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / glycinergic synapse / negative regulation of low-density lipoprotein receptor activity / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / angiogenesis involved in wound healing / Elastic fibre formation / cell-substrate junction assembly / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / mesodermal cell differentiation / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / platelet-derived growth factor receptor binding / filopodium membrane / extracellular matrix binding / positive regulation of fibroblast migration / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / apolipoprotein A-I-mediated signaling pathway / regulation of bone resorption / apoptotic cell clearance / wound healing, spreading of epidermal cells / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / heterotypic cell-cell adhesion / integrin complex / Molecules associated with elastic fibres / positive regulation of cell-matrix adhesion / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / smooth muscle cell migration / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / microvillus membrane / cell adhesion mediated by integrin / leukocyte cell-cell adhesion / Syndecan interactions / negative chemotaxis / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / activation of protein kinase activity / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / cell-substrate adhesion / protein disulfide isomerase activity / positive regulation of smooth muscle cell migration / positive regulation of osteoblast proliferation / receptor clustering / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / PECAM1 interactions / lamellipodium membrane / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / fibronectin binding / ECM proteoglycans / positive regulation of T cell migration / positive regulation of bone resorption / Integrin cell surface interactions / coreceptor activity / specific granule membrane / 食作用 / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / cell adhesion molecule binding / positive regulation of endothelial cell proliferation / 着床 / positive regulation of endothelial cell migration / Integrin signaling / substrate adhesion-dependent cell spreading / cell-matrix adhesion / Signal transduction by L1 / response to activity / integrin-mediated signaling pathway / regulation of actin cytoskeleton organization / protein kinase C binding / Cell surface interactions at the vascular wall / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / wound healing / MAP2K and MAPK activation / 凝固・線溶系 / 血小板 / ruffle membrane
類似検索 - 分子機能
Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / Integrin beta tail domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / Integrin beta subunit, VWA domain ...Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / Integrin beta tail domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain cysteine-rich domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / Integrin alpha cytoplasmic region / EGF-like domain, extracellular / EGF様ドメイン / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin domain superfamily / Integrin alpha, N-terminal / von Willebrand factor type A domain / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1.
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrin beta-3 / Integrin alpha-L
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.092 Å
データ登録者Thinn, A.M.M. / Wang, Z. / Zhou, D. / Zhao, Y. / Curtis, B.R. / Zhu, J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL131836 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL122985 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Autonomous conformational regulation of beta3integrin and the conformation-dependent property of HPA-1a alloantibodies.
著者: Thinn, A.M.M. / Wang, Z. / Zhou, D. / Zhao, Y. / Curtis, B.R. / Zhu, J.
履歴
登録2017年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月10日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / entity
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _entity.formula_weight
改定 1.22019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / Structure summary
カテゴリ: entity / pdbx_audit_support
Item: _entity.formula_weight / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chimera protein of Integrin beta-3 and Integrin alpha-L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,4487
ポリマ－69,5141
非ポリマー9336
水10,737596
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.460, 125.290, 70.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.950, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Chimera protein of Integrin beta-3 and Integrin alpha-L / / Platelet membrane glycoprotein IIIa / GPIIIa / CD11 antigen-like family member A / Leukocyte ...Platelet membrane glycoprotein IIIa / GPIIIa / CD11 antigen-like family member A / Leukocyte adhesion glycoprotein LFA-1 alpha chain / LFA-1A / Leukocyte function-associated molecule 1 alpha chain


分子量: 69514.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGB3, GP3A, ITGAL, CD11A / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05106, UniProt: P20701
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 596 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.83 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 10% PEG 8000, 20% 1,5-pentanediol, 4 mM alkalis, 66 mM Gly-Gly, 33 mM AMPD, pH 8.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→64 Å / Num. obs: 50880 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 32.23 Å2 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.09→2.15 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
TRUNCATEデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.092→47.292 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.63
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2343 2556 5.03 %
Rwork0.1864 --
obs0.1889 50811 97.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 178.92 Å2 / Biso mean: 57.4631 Å2 / Biso min: 18.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.092→47.292 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4775 0 58 596 5429
Biso mean--55.22 51.31 -
残基数----619
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024958
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5516710
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044738
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003880
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9283098
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.092-2.13220.34051270.3232576270393
2.1322-2.17580.36981300.30492613274396
2.1758-2.22310.37461310.29392647277896
2.2231-2.27480.3551220.28692684280697
2.2748-2.33170.31291320.26572679281198
2.3317-2.39470.31511360.24122668280497
2.3947-2.46520.29581480.22372617276598
2.4652-2.54470.26571320.21032716284898
2.5447-2.63570.25111610.20972677283898
2.6357-2.74120.24081520.20582646279898
2.7412-2.86590.26291370.18932702283998
2.8659-3.0170.26491340.18962699283399
3.017-3.2060.25111380.18612732287099
3.206-3.45350.25571310.17822707283899
3.4535-3.80090.21411470.15892712285999
3.8009-4.35050.17481640.14732715287999
4.3505-5.47990.1731710.13492717288899
5.4799-47.30420.20721630.16372748291199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2039-0.08921.08720.0069-0.08180.9807-0.05670.10390.43440.02930.6473-1.2693-0.49271.38320.32620.7136-0.1668-0.28351.0146-0.49731.618650.586136.23685.6662
24.5062-2.6858-0.49793.1301-3.48169.3979-0.04720.3041-1.1229-0.02940.0498-0.22470.7258-0.3888-0.21520.23130.01560.02010.3308-0.06120.69131.36793.396668.8311
35.642.86340.672.80820.38930.4459-0.1742-0.01310.08330.06680.112-0.2652-0.02830.05990.01710.23440.0372-0.05350.23120.01320.385818.87219.238971.5587
43.6062-0.2278-0.17473.4912-0.1121.2792-0.0429-0.0451-0.0559-0.01580.07810.03290.03290.0046-0.0330.1707-0.01570.00310.1950.01210.28130.16850.244969.6828
55.63233.61742.90094.36672.05972.5057-0.0934-0.07750.01230.01870.0904-0.1647-0.0334-0.0314-0.06010.22180.0650.01150.2280.01250.339618.317615.067868.4262
67.52032.30352.20862.35481.07155.2898-0.399-0.76260.38690.4836-0.0044-0.4952-0.4835-0.11130.31580.45630.1387-0.17490.3408-0.0360.689233.160215.561483.1232
71.64940.35741.09020.11550.42861.67940.2493-0.3737-0.29160.2166-0.0236-0.17710.240.02610.73821.20560.0142-0.94321.2392-0.32991.659953.967336.5459105.655
86.67623.03884.27022.57353.70735.3442-0.44250.91093.14760.4936-0.0763-1.5387-2.77231.9440.52561.3512-0.3531-0.17041.03350.06551.449444.159757.804396.9907
92.53733.83921.88116.54121.147.47270.0505-0.10990.18670.67660.0906-0.8281-0.54020.5265-0.01530.7874-0.1061-0.22090.5599-0.01720.735335.591446.548599.1668
103.08860.5521.16448.64953.34892.8617-0.1438-0.44360.4110.367-0.41330.2558-0.8029-0.14840.54020.51970.017-0.06410.4752-0.08050.474122.156836.779282.0849
114.696-0.91132.93924.96250.14574.2347-0.05760.0757-0.2204-0.08730.0868-0.10990.080.0803-0.03180.238-0.020.0590.28630.00990.32743.649828.584853.5072
126.16181.13471.67446.84663.36247.8335-0.21360.6142-0.5774-0.6494-0.05760.36130.5857-0.14420.35010.4021-0.0524-0.05780.2926-0.04450.3587-6.383928.312144.0409
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 59 )A1 - 59
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 60 through 86 )A60 - 86
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 87 through 125 )A87 - 125
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 126 through 271 )A126 - 271
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 272 through 348 )A272 - 348
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 349 through 377 )A349 - 377
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 378 through 413 )A378 - 413
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 420 through 430 )A420 - 430
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 431 through 465 )A431 - 465
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 466 through 501 )A466 - 501
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 502 through 588 )A502 - 588
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 589 through 625 )A589 - 625

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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