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万見
- PDB-6bwd: 3.7 angstrom cryoEM structure of truncated mouse TRPM7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bwd
タイトル3.7 angstrom cryoEM structure of truncated mouse TRPM7
要素Transient receptor potential cation channel subfamily M member 7
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / CryoEM (低温電子顕微鏡法) / Truncated mouse TRPM7
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular magnesium ion homeostasis / calcium-dependent cell-matrix adhesion / varicosity / TRPチャネル / actomyosin structure organization / myosin binding / monoatomic cation transmembrane transport / necroptotic process / monoatomic cation channel activity / ruffle ...intracellular magnesium ion homeostasis / calcium-dependent cell-matrix adhesion / varicosity / TRPチャネル / actomyosin structure organization / myosin binding / monoatomic cation transmembrane transport / necroptotic process / monoatomic cation channel activity / ruffle / protein tetramerization / calcium channel activity / 記憶 / synaptic vesicle membrane / calcium ion transport / kinase activity / actin binding / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / positive regulation of apoptotic process / リン酸化 / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / neuronal cell body / ATP binding / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential cation channel subfamily M member 7 / MHCK/EF2 kinase / Alpha-kinase family / Alpha-type protein kinase domain profile. / Alpha-kinase family / TRPM, tetramerisation domain / TRPM, tetramerisation domain superfamily / Tetramerisation domain of TRPM / TRPM, SLOG domain / SLOG in TRPM ...Transient receptor potential cation channel subfamily M member 7 / MHCK/EF2 kinase / Alpha-kinase family / Alpha-type protein kinase domain profile. / Alpha-kinase family / TRPM, tetramerisation domain / TRPM, tetramerisation domain superfamily / Tetramerisation domain of TRPM / TRPM, SLOG domain / SLOG in TRPM / Ion transport domain / Ion transport protein / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / Transient receptor potential cation channel subfamily M member 7
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Zhang, J. / Li, Z. / Duan, J. / Li, J. / Hulse, R.E. / Santa-Cruz, A. / Abiria, S.A. / Krapivinsky, G. / Clapham, D.E.
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018
タイトル: Structure of the mammalian TRPM7, a magnesium channel required during embryonic development.
著者: Jingjing Duan / Zongli Li / Jian Li / Raymond E Hulse / Ana Santa-Cruz / William C Valinsky / Sunday A Abiria / Grigory Krapivinsky / Jin Zhang / David E Clapham /
要旨: The transient receptor potential ion channel subfamily M, member 7 (TRPM7), is a ubiquitously expressed protein that is required for mouse embryonic development. TRPM7 contains both an ion channel ...The transient receptor potential ion channel subfamily M, member 7 (TRPM7), is a ubiquitously expressed protein that is required for mouse embryonic development. TRPM7 contains both an ion channel and an α-kinase. The channel domain comprises a nonselective cation channel with notable permeability to Mg and Zn Here, we report the closed state structures of the mouse TRPM7 channel domain in three different ionic conditions to overall resolutions of 3.3, 3.7, and 4.1 Å. The structures reveal key residues for an ion binding site in the selectivity filter, with proposed partially hydrated Mg ions occupying the center of the conduction pore. In high [Mg], a prominent external disulfide bond is found in the pore helix, which is essential for ion channel function. Our results provide a structural framework for understanding the TRPM1/3/6/7 subfamily and extend the knowledge base upon which to study the diversity and evolution of TRP channels.
履歴
登録2017年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年9月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-7297
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-7297
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 7
B: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 7
C: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 7
D: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)440,09929
ポリマ－430,2434
非ポリマー9,85625
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Transient receptor potential cation channel subfamily M member 7 / Channel-kinase 1 / Long transient receptor potential channel 7 / LTrpC7 / Transient receptor ...Channel-kinase 1 / Long transient receptor potential channel 7 / LTrpC7 / Transient receptor potential-phospholipase C-interacting kinase / TRP-PLIK


分子量: 107560.719 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q923J1*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト


分子量: 486.726 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H50O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細The full sample sequence is MSQKSWIESTLTKRECVYIIPSSKDPHRCLPGCQICQQLVRCFCGRLVKQHACFTASLAMKYSDV ...The full sample sequence is MSQKSWIESTLTKRECVYIIPSSKDPHRCLPGCQICQQLVRCFCGRLVKQHACFTASLAMKYSDV KLGEHFNQAIEEWSVEKHTEQSPTDAYGVINFQGGSHSYRAKYVRLSYDTKPEIILQLLLKEWQM ELPKLVISVHGGMQKFELHPRIKQLLGKGLIKAAVTTGAWILTGGVNTGVAKHVGDALKEHASRS SRKICTIGIAPWGVIENRNDLVGRDVVAPYQTLLNPLSKLNVLNNLHSHFILVDDGTVGKYGAEV RLRRELEKTINQQRIHARIGQGVPVVALIFEGGPNVILTVLEYLQESPPVPVVVCEGTGRAADLL AYIHKQTEEGGNLPDAAEPDIISTIKKTFNFGQSEAVHLFQTMMECMKKKELITVFHIGSEDHQD IDVAILTALLKGTNASAFDQLILTLAWDRVDIAKNHVFVYGQQWLVGSLEQAMLDALVMDRVSFV KLLIENGVSMHKFLTIPRLEELYNTKQGPTNPMLFHLIRDVKQGNLPPGYKITLIDIGLVIEYLM GGTYRCTYTRKRFRLIYNSLGGNNRRSGRNTSSSTPQLRKSHETFGNRADKKEKMRHNHFIKTAQ PYRPKMDASMEEGKKKRTKDEIVDIDDPETKRFPYPLNELLIWACLMKRQVMARFLWQHGEESMA KALVACKIYRSMAYEAKQSDLVDDTSEELKQYSNDFGQLAVELLEQSFRQDETMAMKLLTYELKN WSNSTCLKLAVSSRLRPFVAHTCTQMLLSDMWMGRLNMRKNSWYKVILSILVPPAILMLEYKTKA EMSHIPQSQDAHQMTMEDSENNFHNITEEIPMEVFKEVKILDSSDGKNEMEIHIKSKKLPITRKF YAFYHAPIVKFWFNTLAYLGFLMLYTFVVLVKMEQLPSVQEWIVIAYIFTYAIEKVREVFMSEAG KISQKIKVWFSDYFNVSDTIAIISFFVGFGLRFGAKWNYINAYDNHVFVAGRLIYCLNIIFWYVR LLDFLAVNQQAGPYVMMIGKMVANMFYIVVIMALVLLSFGVPRKAILYPHEEPSWSLAKDIVFHP YWMIFGEVYAYEIDVCANDSTLPTICGPGTWLTPFLQAVYLFVQYIIMVNLLIAFFNNVYLQVKA ISNIVWKYQRYHFIMAYHEKPVLPPPLIILSHIVSLFCCVCKRRKKDKTSDGPKLFLTEEDQKKL HDFEEQCVEMYFDEKDDKFNSGSEERIRVTFERVEQMSIQIKEVGDRVNYIKRSLQSLDSQIGHL QDLSALTVDTLKTLTAQKASEASKVHNEITRELSISKHLAQNLIDDVPVRPLWKKPSAVNTLSSS

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Truncated mouse TRPM7 with Mg2+ / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 20 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 56 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 232930 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01323663
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.64632268
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.47315070
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.093819
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0093985

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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