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Yorodumi- PDB-6br4: Crystal structure of Escherichia coli DsbA in complex with {N}-me... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6br4 | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of Escherichia coli DsbA in complex with {N}-methyl-1-(3-thiophen-2-ylphenyl)methanamine | ||||||||||||
Components | Thiol:disulfide interchange protein DsbA | ||||||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / disulphide catalysts / thiol oxidase / virulence factor foldase | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information cellular response to antibiotic / protein disulfide isomerase activity / protein-disulfide reductase activity / outer membrane-bounded periplasmic space Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.99 Å | ||||||||||||
Authors | Heras, B. / Totsika, M. / Paxman, J.J. / Wang, G. / Scanlon, M.J. / Martin, J.L. | ||||||||||||
Funding support | Australia, 3items
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Citation | Journal: Antioxid. Redox Signal. / Year: 2018 Title: Inhibition of Diverse DsbA Enzymes in Multi-DsbA Encoding Pathogens. Authors: Totsika, M. / Vagenas, D. / Paxman, J.J. / Wang, G. / Dhouib, R. / Sharma, P. / Martin, J.L. / Scanlon, M.J. / Heras, B. #1: Journal: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / Year: 2015 Title: Application of fragment-based screening to the design of inhibitors of Escherichia coli DsbA. Authors: Adams, L.A. / Sharma, P. / Mohanty, B. / Ilyichova, O.V. / Mulcair, M.D. / Williams, M.L. / Gleeson, E.C. / Totsika, M. / Doak, B.C. / Caria, S. / Rimmer, K. / Horne, J. / Shouldice, S.R. / ...Authors: Adams, L.A. / Sharma, P. / Mohanty, B. / Ilyichova, O.V. / Mulcair, M.D. / Williams, M.L. / Gleeson, E.C. / Totsika, M. / Doak, B.C. / Caria, S. / Rimmer, K. / Horne, J. / Shouldice, S.R. / Vazirani, M. / Headey, S.J. / Plumb, B.R. / Martin, J.L. / Heras, B. / Simpson, J.S. / Scanlon, M.J. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6br4.cif.gz | 166.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6br4.ent.gz | 139.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6br4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/6br4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/6br4 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 21155.025 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (strain K12) (bacteria) Strain: K12 / Gene: dsbA, dsf, ppfA, b3860, JW3832 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Bl21 / References: UniProt: P0AEG4 #2: Chemical | ChemComp-60L / ~{ | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.66 Å3/Da / Density % sol: 53.72 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 6.2 Details: 11-13% PEG 8000, 5-7.5% glycerol, 1 mM CuCl2, 100 mM sodium cacodylate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / Wavelength: 1.54187 Å |
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944 / Detector: CCD / Date: Jul 10, 2009 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54187 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.99→52.84 Å / Num. obs: 29804 / % possible obs: 98 % / Redundancy: 3.67 % / Biso Wilson estimate: 34.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 16.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.99→2.06 Å / Rmerge(I) obs: 0.261 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.99→52.84 Å / SU ML: 0.29 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.45 / Phase error: 23.41 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 111.02 Å2 / Biso mean: 42.3087 Å2 / Biso min: 18.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.99→52.84 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 22
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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