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- PDB-6bn0: Avirulence protein 4 (Avr4) from Cladosporium fulvum bound to the... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bn0
タイトルAvirulence protein 4 (Avr4) from Cladosporium fulvum bound to the hexasaccharide of chitin
要素Race-specific elicitor A4
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Plant immunity / effector protein (エフェクター (生化学)) / chitin binding protein / CBM14
機能・相同性
機能・相同性情報


PAMP receptor decoy activity / effector-mediated suppression of host innate immune response / chitin binding / : / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Chitin-binding domain type 2 / Chitin binding domain / Chitin binding Peritrophin-A domain / Chitin-binding type-2 domain profile. / Chitin binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Race-specific elicitor A4
類似検索 - 構成要素
生物種Passalora fulva (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Hurlburt, N.K. / Fisher, A.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM007377 米国
引用ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2018
タイトル: Structure of the Cladosporium fulvum Avr4 effector in complex with (GlcNAc)6 reveals the ligand-binding mechanism and uncouples its intrinsic function from recognition by the Cf-4 resistance protein.
著者: Hurlburt, N.K. / Chen, L.H. / Stergiopoulos, I. / Fisher, A.J.
履歴
登録2017年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Race-specific elicitor A4
B: Race-specific elicitor A4
C: Race-specific elicitor A4
D: Race-specific elicitor A4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,32010
ポリマ－35,3014
非ポリマー5,0206
水4,071226
1
A: Race-specific elicitor A4
B: Race-specific elicitor A4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1966
ポリマ－17,6502
非ポリマー2,5454
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Race-specific elicitor A4
D: Race-specific elicitor A4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1254
ポリマ－17,6502
非ポリマー2,4742
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.864, 41.081, 121.365
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.870, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Race-specific elicitor A4


分子量: 8825.172 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Passalora fulva (菌類) / 遺伝子: AVR4 / プラスミド: pCDG-duet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-gami B / 参照: UniProt: Q00363
#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1237.172 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.89 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris:HCl, pH 8.5, 30% PEG 4000, 0.8 M LiCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11583 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11583 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→60.111 Å / Num. obs: 28654 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.646 % / Biso Wilson estimate: 31.93 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rrim(I) all: 0.063 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 13.69
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.95-23.720.6122.1221100.7480.71699.8
2-2.063.6820.4522.8120540.8370.52899.9
2.06-2.123.430.3593.3219990.8850.42499.8
2.12-2.183.5620.2784.2519280.940.32799.9
2.18-2.253.7910.225.6318660.9540.25799.7
2.25-2.333.8170.2026.1618350.9640.235100
2.33-2.423.7920.1547.917560.9760.17999.7
2.42-2.523.7710.1239.8616830.9840.14399.6
2.52-2.633.6420.10610.7616210.9890.12499.7
2.63-2.763.5150.08812.515460.990.10499.5
2.76-2.913.6560.07115.1414810.9940.08499.7
2.91-3.083.8350.06217.9314270.9960.07299.8
3.08-3.33.7260.04822.9113080.9970.05699.9
3.3-3.563.6610.0428.0612300.9970.04799.3
3.56-3.93.2970.03430.5511170.9980.0498.7
3.9-4.363.4550.02834.3810420.9990.03399.5
4.36-5.043.6730.02637.789140.9990.0399.1
5.04-6.173.570.02834.677680.9990.03398.2
6.17-8.723.2380.02533.986090.9990.0398.7
8.72-60.1113.5690.02338.193600.9990.02798.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Z4A

4z4a


解像度: 1.95→60.111 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.97
Rfactor反射数%反射
Rfree0.214 1436 5.01 %
Rwork0.1677 --
obs0.1698 28641 99.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 120.19 Å2 / Biso mean: 44.4408 Å2 / Biso min: 17.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→60.111 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2407 0 342 226 2975
Biso mean--37.97 44.94 -
残基数----311
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0132877
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2613989
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066488
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01477
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8411764
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.95-2.01970.26431130.245327192832100
2.0197-2.10060.29311710.217626942865100
2.1006-2.19620.22171490.197426942843100
2.1962-2.3120.22891570.177426812838100
2.312-2.45680.24131440.170727062850100
2.4568-2.64650.23381660.170126912857100
2.6465-2.91280.22471380.175627272865100
2.9128-3.33430.23281520.165827432895100
3.3343-4.20070.17991230.14492731285499
4.2007-60.13950.18571230.16072819294298
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.26160.1961-1.37128.08992.98586.88260.08680.147-0.1605-0.0598-0.094-0.3970.19890.36530.070.40430.02670.0160.21170.00170.33858.2328-12.2953-36.6156
24.091-5.02090.48416.1262-0.8588.5188-0.21830.4269-0.0620.6076-0.0807-0.8250.86330.640.27140.28490.02330.01110.34-0.02840.31455.6857-7.2012-46.4152
34.363-3.7793-2.64469.54172.70015.68-0.2392-0.22410.32121.26840.3807-0.23160.22770.10960.15750.4099-0.0579-0.02090.220.00820.30232.4961-0.6494-31.7171
46.0799-1.84680.1739.3263-0.11664.13620.05740.196-0.56780.4422-0.3445-0.50550.62650.52470.05080.27480.0333-0.05810.24260.08930.323511.4876-6.022-38.3587
53.02381.46420.31245.8720.10495.55760.1446-0.06060.07880.5316-0.20170.32290.0249-0.49590.0720.2524-0.03750.040.2454-0.00240.3263-5.69923.3269-36.3058
67.4751-1.60160.66515.3934-3.68192.55140.0510.7730.492-0.5706-0.6169-0.3164-0.16590.75490.20450.22520.03350.04580.36780.14130.388214.34079.8357-59.7485
73.9982-0.6913-1.3184.7347-1.36763.6190.0111-0.0325-0.0417-0.0869-0.1514-0.32020.0750.17350.14510.140.00760.02120.19690.03790.2755.26517.4938-56.524
80.8788-0.4221-1.71045.353-0.85753.340.13020.04760.1-0.3201-0.10370.168-0.0492-0.1298-0.06120.151-0.0102-0.04130.2157-0.03480.2332-0.01549.3322-57.4857
92.3561-0.7406-0.91638.97913.36157.03960.0431-0.29720.04880.5643-0.4795-0.0989-0.38660.27170.32430.6227-0.0942-0.04930.29020.02660.31966.1332.3664-22.5728
104.75221.67591.07364.36990.70662.99020.1559-0.3817-0.00750.4967-0.1315-0.2948-0.5860.2274-0.07720.5634-0.0477-0.00120.28550.04680.2732.801723.545-21.6256
117.99711.83770.15257.97721.44853.63250.1701-0.57130.94060.1814-0.423-0.831-0.77230.66710.14730.6875-0.1597-0.10960.36810.03960.477410.671228.0524-19.4225
124.0845-0.8135-0.75955.31810.27565.44830.1249-0.1060.10020.6433-0.32970.3493-0.0426-0.73320.20410.3536-0.01480.04140.3006-0.05150.3054-7.108716.6278-26.6377
134.93121.1619-0.08443.21571.39498.81530.1793-0.4439-0.50591.1671-0.5455-0.50151.31560.55410.27340.89680.0122-0.08060.47360.08460.54735.226410.4672-3.7871
145.55982.02361.20675.0658-0.0863.9056-0.0729-0.3282-0.07240.852-0.1053-0.1750.15140.14790.12670.83920.00940.06330.396-0.0080.3281-0.931415.4243-1.1087
153.6055-0.70622.89917.4512-3.84686.5799-0.0753-0.0041-0.37610.61550.36130.92410.6103-0.8078-0.37020.7538-0.08420.14150.4665-0.02950.5738-13.5047.3632-6.0809
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 35 through 48 )A35 - 48
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 49 through 56 )A49 - 56
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 57 through 65 )A57 - 65
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 66 through 85 )A66 - 85
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 86 through 113 )A86 - 113
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 35 through 48 )B35 - 48
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 49 through 72 )B49 - 72
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 73 through 111 )B73 - 111
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 35 through 48 )C35 - 48
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 49 through 72 )C49 - 72
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 73 through 85 )C73 - 85
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 86 through 113 )C86 - 113
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 36 through 56 )D36 - 56
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 57 through 85 )D57 - 85
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 86 through 111 )D86 - 111

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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