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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6bfh | ||||||
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タイトル | Structure of the kanamycin complex of aminoglycoside acetyltransferase AAC(6')-Im | ||||||
要素 | Aminoglycoside acetyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / antibiotic resistance (抗微生物薬耐性) / aminoglycoside (アミノグリコシド系抗生物質) / acetyltransferase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Smith, C.A. / Vakulenko, S.B. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Microb Cell / 年: 2017 タイトル: Aminoglycoside resistance profile and structural architecture of the aminoglycoside acetyltransferase AAC(6')-Im. 著者: Smith, C.A. / Bhattacharya, M. / Toth, M. / Stewart, N.K. / Vakulenko, S.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6bfh.cif.gz | 93.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6bfh.ent.gz | 70.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6bfh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/6bfh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/6bfh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21603.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: aac(6')-Im / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q93ET8 |
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#2: 化合物 | ChemComp-KAN / |
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 12% PEG 20000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.0332 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→34.7 Å / Num. obs: 18370 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 18.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.743 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique obs: 1332 / CC1/2: 0.894 / % possible all: 98.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4QC6 解像度: 1.95→25.881 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.72 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 96.61 Å2 / Biso mean: 38.6375 Å2 / Biso min: 20.08 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.95→25.881 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 100 %
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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