PDB-6b8g: Twice-Contracted Human Heavy-Chain Ferritin Crystal-Hydrogel Hybrid

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6b8g

タイトル

Twice-Contracted Human Heavy-Chain Ferritin Crystal-Hydrogel Hybrid

要素

Ferritin heavy chain

フェリチン

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

Hydrogel /

Polymer (重合体)

機能・相同性

機能・相同性情報

iron ion sequestering activity / : /

オートファゴソーム / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis /

ferroxidase /

ferroxidase activity / intracellular sequestering of iron ion / negative regulation of fibroblast proliferation /

ferric iron binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.13 Å

データ登録者

Zhang, L. / Bailey, J.B. / Subramanian, R. / Tezcan, F.A.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Hyperexpandable, self-healing macromolecular crystals with integrated polymer networks.
著者: Zhang, L. / Bailey, J.B. / Subramanian, R.H. / Tezcan, F.A.

履歴

登録	2017年10月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年5月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月23日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6b8g.cif.gz	151.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6b8g.ent.gz	123.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6b8g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/6b8g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/6b8g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6b8fC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6b8f-1 3fi6-1 3rd0-1 1hrs-1 6wyf-1 6env-1 5xhi-1 3af9-1 6nlg-1 1nfv-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (13) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

21.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

x 24

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS, scanning transmission electron microscopy, gel filtration
519 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x,y,-z	1
crystal symmetry operation	4_555	x,-y,-z	1
crystal symmetry operation	5_555	z,x,y	1
crystal symmetry operation	6_555	z,-x,-y	1
crystal symmetry operation	7_555	-z,-x,y	1
crystal symmetry operation	8_555	-z,x,-y	1
crystal symmetry operation	9_555	y,z,x	1
crystal symmetry operation	10_555	-y,z,-x	1
crystal symmetry operation	11_555	y,-z,-x	1
crystal symmetry operation	12_555	-y,-z,x	1
crystal symmetry operation	13_555	y,x,-z	1
crystal symmetry operation	14_555	-y,-x,-z	1
crystal symmetry operation	15_555	y,-x,z	1
crystal symmetry operation	16_555	-y,x,z	1
crystal symmetry operation	17_555	x,z,-y	1
crystal symmetry operation	18_555	-x,z,y	1
crystal symmetry operation	19_555	-x,-z,-y	1
crystal symmetry operation	20_555	x,-z,y	1
crystal symmetry operation	21_555	z,y,-x	1
crystal symmetry operation	22_555	z,-y,x	1
crystal symmetry operation	23_555	-z,y,x	1
crystal symmetry operation	24_555	-z,-y,-x	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	179.950, 179.950, 179.950
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	209
Space group name H-M	F432

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-63- ARG
2	1	A-206- CA
3	1	A-207- CA
4	1	A-210- CA
5	1	A-211- CA
6	1	A-213- CA
7	1	A-559- HOH
8	1	A-597- HOH

#1: タンパク質	Ferritin heavy chain / フェリチン / Ferritin H subunit / Cell proliferation-inducing gene 15 protein 分子量: 21085.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTH1, FTH, FTHL6, OK/SW-cl.84, PIG15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02794, ferroxidase
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 373 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.31 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Reservoir: 500 uL of 25 mM HEPES pH 7.0 with 10 mM CaCl2 Well: 2 uL of reservoir solution and 2 uL of 2.5 uM ferritin (by 24-mer) in 15 mM TRIS pH 7.4 with 150 mM NaCl After crystals formed, ...詳細: Reservoir: 500 uL of 25 mM HEPES pH 7.0 with 10 mM CaCl2 Well: 2 uL of reservoir solution and 2 uL of 2.5 uM ferritin (by 24-mer) in 15 mM TRIS pH 7.4 with 150 mM NaCl After crystals formed, a crystal was harvested and soaked in a buffered solution comprised of 25 mM HEPES pH 7.0, 30 mM CaCl2, 8.6 % (w/v) sodium acrylate, 2.5 % (w/v) acrylamide, and 0.2 % (w/v) Bis-acrylamide overnight. Crystal was transferred to a solution containing 1 % APS and 1% TEMED with 4 M NaCl for 5 min. Crystal was then transferred to a clean slide and soaked in 30 uL H2O for 5 min. The H2O was removed the crystal was soaked in 4 M NaCl for 2 min. The crystal was removed, and soaked in 30 uL H2O for 5 min. This solution was removed and the crystal was soaked in 1 M CaCl2 for 2 min. The crystal was removed, cryoprotected in perfluoro polyether, and frozen in liquid N2.

結晶

マシュー密度: 3.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.31 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Reservoir: 500 uL of 25 mM HEPES pH 7.0 with 10 mM CaCl2 Well: 2 uL of reservoir solution and 2 uL of 2.5 uM ferritin (by 24-mer) in 15 mM TRIS pH 7.4 with 150 mM NaCl After crystals formed, ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.13→63.62 Å / Num. obs: 92912 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 32.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 19.1
反射シェル	解像度: 1.13→1.15 Å / 冗長度: 13.8 % / R_merge(I) obs: 1.131 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 4518 / CC_1/2: 0.628 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.13→34.631 Å / SU ML: 0.09 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 9.11 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1213	9337	10.05 %
R_work	0.1016	-	-
obs	0.1036	92898	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.13→34.631 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1409	0	13	373	1795

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	1773
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.37	2451
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.66	738
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.092	258
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	336

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.1301-1.1429	0.2787	293	0.2456	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1429-1.1564	0.2403	326	0.2216	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1564-1.1705	0.2081	296	0.1857	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1705-1.1853	0.1822	344	0.1674	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1853-1.2009	0.1592	270	0.1455	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2009-1.2173	0.1562	341	0.1287	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2173-1.2347	0.1488	314	0.1163	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2347-1.2532	0.1346	291	0.1128	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2532-1.2727	0.1376	300	0.1073	2758	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2727-1.2936	0.1335	319	0.1026	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2936-1.3159	0.1238	292	0.1019	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3159-1.3399	0.1409	304	0.1042	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3399-1.3656	0.1349	320	0.108	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3656-1.3935	0.1378	308	0.1056	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3935-1.4238	0.1207	300	0.1016	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4238-1.4569	0.1251	320	0.0959	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4569-1.4934	0.1014	300	0.0745	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4934-1.5337	0.0999	308	0.0729	2804	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5337-1.5789	0.0992	320	0.0714	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5789-1.6298	0.098	300	0.0699	2793	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6298-1.6881	0.0977	306	0.0744	2776	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6881-1.7557	0.1047	280	0.079	2817	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7557-1.8356	0.1022	352	0.0797	2782	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8356-1.9323	0.1033	304	0.0816	2803	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9323-2.0534	0.0937	337	0.0797	2794	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0534-2.2119	0.0897	297	0.0777	2822	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2119-2.4344	0.0997	328	0.0829	2829	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4344-2.7866	0.1064	280	0.1004	2911	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7866-3.5103	0.1328	343	0.1112	2887	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5103-34.6476	0.1303	344	0.1215	3096	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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