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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6b8f | ||||||
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タイトル | Contracted Human Heavy-Chain Ferritin Crystal-Hydrogel Hybrid | ||||||
要素 | Ferritin heavy chainフェリチン | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Hydrogel / Polymer (重合体) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 iron ion sequestering activity / : / オートファゴソーム / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding ...iron ion sequestering activity / : / オートファゴソーム / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding / ferrous iron binding / Iron uptake and transport / tertiary granule lumen / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / ficolin-1-rich granule lumen / 免疫応答 / iron ion binding / negative regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.06 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, L. / Bailey, J.B. / Subramanian, R. / Tezcan, F.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2018 タイトル: Hyperexpandable, self-healing macromolecular crystals with integrated polymer networks. 著者: Zhang, L. / Bailey, J.B. / Subramanian, R.H. / Tezcan, F.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6b8f.cif.gz | 148.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6b8f.ent.gz | 120.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6b8f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/6b8f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/6b8f | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 24||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21085.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTH1, FTH, FTHL6, OK/SW-cl.84, PIG15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02794, ferroxidase | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.38 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: Reservoir: 500 uL of 25 mM HEPES pH 7.0 with 10 mM CaCl2 Well: 2 uL of reservoir solution and 2 uL of 2.5 uM ferritin (by 24-mer) in 15 mM TRIS pH 7.4 with 150 mM NaCl After crystals formed, ...詳細: Reservoir: 500 uL of 25 mM HEPES pH 7.0 with 10 mM CaCl2 Well: 2 uL of reservoir solution and 2 uL of 2.5 uM ferritin (by 24-mer) in 15 mM TRIS pH 7.4 with 150 mM NaCl After crystals formed, a crystal was harvested and soaked in a buffered solution comprised of 25 mM HEPES pH 7.0, 30 mM CaCl2, 8.6 % (w/v) sodium acrylate, 2.5 % (w/v) acrylamide, and 0.2 % (w/v) Bis-acrylamide overnight. Crystal was transferred to a solution containing 1 % APS and 1% TEMED with 4 M NaCl for 5 min. Crystal was then transferred to a clean slide and soaked in 30 uL H2O for 5 min. This solution was removed and the crystal was soaked in 1 M CaCl2 for 2 min. The crystal was removed, cryoprotected in perfluoro polyether, and frozen in liquid N2. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.06→63.65 Å / Num. obs: 111189 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 14 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 24.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.06→1.08 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.222 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 4683 / CC1/2: 0.897 / % possible all: 86.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.06→45.01 Å / SU ML: 0.06 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 6.35 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.06→45.01 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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