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- PDB-6avy: Crystal structure of Zea mays acyl-protein thioesterase 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6avy
タイトルCrystal structure of Zea mays acyl-protein thioesterase 2
要素Acyl-protein thioesterase 2
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / alpha/beta hydrolase / acyl-protein thioesterase
機能・相同性Phospholipase/carboxylesterase/thioesterase / Phospholipase/Carboxylesterase / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / Acyl-protein thioesterase 2
機能・相同性情報
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Burger, M. / Willige, B.C. / Chory, J.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: A hydrophobic anchor mechanism defines a deacetylase family that suppresses host response against YopJ effectors.
著者: Burger, M. / Willige, B.C. / Chory, J.
履歴
登録2017年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acyl-protein thioesterase 2
B: Acyl-protein thioesterase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4752
ポリマ－54,4752
非ポリマー00
水3,639202
1
A: Acyl-protein thioesterase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2381
ポリマ－27,2381
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Acyl-protein thioesterase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2381
ポリマ－27,2381
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.880, 89.570, 105.210
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 19 or (resid 20 and (name...
21(chain B and (resseq 19 or (resid 20 and (name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11TYRTYRTYRTYR(chain A and (resseq 19 or (resid 20 and (name...AA1921
12GLYGLYGLYGLY(chain A and (resseq 19 or (resid 20 and (name...AA2022
13TYRTYRGLYGLY(chain A and (resseq 19 or (resid 20 and (name...AA19 - 24921 - 251
14TYRTYRGLYGLY(chain A and (resseq 19 or (resid 20 and (name...AA19 - 24921 - 251
21TYRTYRTYRTYR(chain B and (resseq 19 or (resid 20 and (name...BB1921
22GLYGLYGLYGLY(chain B and (resseq 19 or (resid 20 and (name...BB2022
23GLUGLUGLYGLY(chain B and (resseq 19 or (resid 20 and (name...BB18 - 24920 - 251
24GLUGLUGLYGLY(chain B and (resseq 19 or (resid 20 and (name...BB18 - 24920 - 251

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要素

#1: タンパク質 Acyl-protein thioesterase 2 /


分子量: 27237.717 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / プラスミド: pGEX4T3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B6T1C9
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.81 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 1% (v/v) PEG 3350, 1 M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月3日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→42.91 Å / Num. obs: 21370 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 3.1 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.05712 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.24→2.32 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.2155 / Mean I/σ(I) obs: 3.92 / Num. unique obs: 1636 / CC1/2: 0.849 / % possible all: 72

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FJ2

1fj2


解像度: 2.24→42.907 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.42
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2241 1066 5 %
Rwork0.1821 --
obs0.1842 21333 93.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 86.61 Å2 / Biso mean: 31.2587 Å2 / Biso min: 12.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.24→42.907 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3487 0 0 202 3689
Biso mean---35.84 -
残基数----463
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033583
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6874892
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044543
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005632
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2862092
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1999X-RAY DIFFRACTION8.179TORSIONAL
12B1999X-RAY DIFFRACTION8.179TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.24-2.3420.25251030.21281989209274
2.342-2.46550.26231250.21582351247688
2.4655-2.61990.30151370.21432598273597
2.6199-2.82210.27921380.20272652279098
2.8221-3.10610.25621390.19132650278998
3.1061-3.55530.19911400.1752645278598
3.5553-4.47860.18861410.15112674281597
4.4786-42.91460.20221430.18052708285194

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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