PDB-6ask: Crystal Structure of apo Flavin monooxygenase CmoJ (earlier YtnJ)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ask

タイトル

Crystal Structure of apo Flavin monooxygenase CmoJ (earlier YtnJ)

要素

Putative monooxygenase MoxC

キーワード

FLAVOPROTEIN (フラボタンパク質) /

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Flavin monooxygenase

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; フラビンないしはフラボプロテインを片方の電子供与体とし、1分子の酸素を取り込む / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen /

monooxygenase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.69 Å

データ登録者

Bhandari, D.M. / Zhao, B. / Li, P. / Begley, T.P.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Flavin mediated Pummerer type rearrangement in cysteine salvage pathway
著者: Bhandari, D.M. / Krishnamoorthy, K. / Zhao, B. / Li, P. / Begley, T.P.

履歴

登録	2017年8月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ask.cif.gz	188.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ask.ent.gz	149.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ask.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/as/6ask ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/as/6ask	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6aslC 1yw1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6kcx-1 6asl-1 4wd3-d 2nqq-1 2v5a-d 7brf-1 7c9a-d 3u95-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Putative monooxygenase MoxC

49.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative monooxygenase MoxC

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
99.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.751, 86.751, 195.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-752- HOH

#1: タンパク質	Putative monooxygenase MoxC 分子量: 49669.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 株: 168 / 遺伝子: moxC, ytnJ, BSU29310 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: O34974, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Putative monooxygenase MoxC

分子量: 49669.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: moxC, ytnJ, BSU29310 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O34974,

酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する

#2: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.77 % / 解説: diamond shaped
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 50 mM HEPES pH7.5, 200 mM KCl, 29%-33% pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.69→64.87 Å / Num. obs: 84371 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 21.2 % / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 12.1
反射シェル	解像度: 1.69→1.74 Å / 冗長度: 23.4 % / R_merge(I) obs: 1.884 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
iMOSFLM	7.2.1	data processing
iMOSFLM	7.2.1	データスケーリング
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1YW1

1yw1

解像度: 1.69→64.87 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.71

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.19	4222	5.01 %
R_work	0.174	-	-
obs	0.175	84230	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.69→64.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3400	0	0	296	3696

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3506
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.75	4751
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.43	2082
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	507
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	632

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.689-1.7082	0.2789	132	0.2751	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7082-1.7283	0.3021	135	0.2686	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7283-1.7494	0.3058	154	0.2593	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7494-1.7715	0.2567	153	0.2293	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7715-1.7949	0.2399	140	0.2209	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7949-1.8194	0.2389	121	0.212	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8194-1.8454	0.2049	145	0.1947	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8454-1.873	0.2134	126	0.1882	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
1.873-1.9023	0.254	136	0.2347	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9023-1.9334	0.3968	136	0.3789	2607	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9334-1.9668	0.2432	139	0.2111	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9668-2.0026	0.1846	128	0.1772	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0026-2.0411	0.2016	140	0.1763	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0411-2.0827	0.2352	126	0.2388	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0827-2.128	0.1803	152	0.1693	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.128-2.1775	0.1655	150	0.161	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1775-2.232	0.198	133	0.1703	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.232-2.2923	0.239	150	0.2378	2611	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2923-2.3598	0.1819	154	0.1655	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3598-2.436	0.2049	157	0.1681	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
2.436-2.523	0.1924	134	0.1647	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
2.523-2.6241	0.1788	138	0.1676	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6241-2.7435	0.1943	151	0.1639	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7435-2.8881	0.1624	127	0.1594	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8881-3.0691	0.1844	119	0.1554	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0691-3.306	0.1418	127	0.1549	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
3.306-3.6387	0.159	161	0.1491	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6387-4.1651	0.1643	139	0.1451	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1651-5.2473	0.149	149	0.1442	2790	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2473-64.92	0.2093	170	0.1805	2940	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5758	0.0503	-0.1078	0.5808	0.3382	1.3239	-0.0137	-0.0712	0.062	0.0106	0.0195	-0.0451	-0.1693	0.1088	-0.0052	0.1864	-0.0349	-0.0109	0.1684	0.0007	0.1979	20.7837	-6.1018	-40.2502
2	2.8383	0.1665	0.4921	3.3836	1.4154	3.9422	0.4667	-0.5215	-0.4746	0.5772	0.0546	-0.8012	0.9753	0.3803	-0.3441	0.8767	-0.0582	-0.2612	0.4452	0.0047	0.6235	19.3522	-11.9894	-3.9644
3	0.9432	0.1209	0.0779	1.4792	0.4071	3.3938	-0.044	0.0057	0.0644	-0.1917	0.0417	-0.0084	-0.5119	-0.0069	-0.0088	0.2923	-0.004	-0.0247	0.1448	-0.0376	0.2204	17.146	9.1466	-30.3936

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 3 THROUGH 292 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 293 THROUGH 357 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 358 THROUGH 432 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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