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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ar4 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of PICK1 in complex with the small molecule inhibitor 1o | ||||||
要素 | PRKCA-binding protein | ||||||
キーワード | Actin Binding protein / PDZ domain PDZ inhibitor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 membrane curvature sensor activity / postsynaptic early endosome / glial cell development / neuronal ion channel clustering / cellular response to decreased oxygen levels / Arp2/3 complex binding / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / epigenetic programming of gene expression / negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation ...membrane curvature sensor activity / postsynaptic early endosome / glial cell development / neuronal ion channel clustering / cellular response to decreased oxygen levels / Arp2/3 complex binding / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / epigenetic programming of gene expression / negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / ゲノム刷り込み / monoamine transport / protein kinase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / dendritic spine organization / long-term synaptic depression / dendritic spine maintenance / receptor clustering / regulation of insulin secretion / positive regulation of receptor internalization / cellular response to glucose starvation / trans-Golgi network membrane / G protein-coupled receptor binding / protein kinase C binding / Cell surface interactions at the vascular wall / intracellular protein transport / phospholipid binding / endocytic vesicle membrane / actin filament binding / シナプス小胞 / presynaptic membrane / postsynaptic density / 細胞骨格 / neuron projection / protein domain specific binding / protein phosphorylation / signaling receptor binding / シナプス / perinuclear region of cytoplasm / ゴルジ体 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å | ||||||
データ登録者 | Marcotte, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018 タイトル: Potent PDZ-Domain PICK1 Inhibitors that Modulate Amyloid Beta-Mediated Synaptic Dysfunction. 著者: Lin, E.Y.S. / Silvian, L.F. / Marcotte, D.J. / Banos, C.C. / Jow, F. / Chan, T.R. / Arduini, R.M. / Qian, F. / Baker, D.P. / Bergeron, C. / Hession, C.A. / Huganir, R.L. / Borenstein, C.F. / ...著者: Lin, E.Y.S. / Silvian, L.F. / Marcotte, D.J. / Banos, C.C. / Jow, F. / Chan, T.R. / Arduini, R.M. / Qian, F. / Baker, D.P. / Bergeron, C. / Hession, C.A. / Huganir, R.L. / Borenstein, C.F. / Enyedy, I. / Zou, J. / Rohde, E. / Wittmann, M. / Kumaravel, G. / Rhodes, K.J. / Scannevin, R.H. / Dunah, A.W. / Guckian, K.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ar4.cif.gz | 57.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ar4.ent.gz | 38.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ar4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/6ar4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/6ar4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3hpkS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13540.405 Da / 分子数: 2 / 断片: PDZ domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PICK1, PRKCABP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NRD5 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.61 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 25% PEG3350, 0.1M BisTRIS pH 6.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.98 Å | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月2日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.69→47.03 Å / Num. obs: 28410 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 16.4 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3HPK 解像度: 1.69→25.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 0.362 / SU ML: 0.014 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.016 / ESU R Free: 0.017
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 108.95 Å2 / Biso mean: 28.638 Å2 / Biso min: 15.81 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.69→25.63 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.69→1.734 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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