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- PDB-6apd: Crystal structure of RSV F bound by AM22 and the infant antibody ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6apd
タイトルCrystal structure of RSV F bound by AM22 and the infant antibody ADI-19425
要素
  • AM22 Fab Heavy Chain,IGH@ protein
  • AM22 Fab Light Chain,Uncharacterized protein
  • Fusion glycoprotein F0,Envelope glycoprotein
  • IGL@ protein
  • Immunoglobulin heavy variable 3-21,Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / viral glycoprotein / immunoglobulin (抗体) / infant / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of syncytium formation by virus / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / positive regulation of B cell activation / phagocytosis, recognition / RSV-host interactions / immunoglobulin complex / Maturation of hRSV A proteins / phagocytosis, engulfment ...positive regulation of syncytium formation by virus / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / positive regulation of B cell activation / phagocytosis, recognition / RSV-host interactions / immunoglobulin complex / Maturation of hRSV A proteins / phagocytosis, engulfment / host cell Golgi membrane / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / B cell receptor signaling pathway / antibacterial humoral response / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / blood microparticle / defense response to bacterium / symbiont entry into host cell / 免疫応答 / fusion of virus membrane with host plasma membrane / external side of plasma membrane / 自然免疫系 / エンベロープ (ウイルス) / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular space / extracellular exosome / identical protein binding / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site ...Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin heavy variable 3-21 / Fusion glycoprotein F0 / Envelope glycoprotein / Fusion glycoprotein F0 / Immunoglobulin gamma-1 heavy chain / IGL@ protein / IGH@ protein / Ig-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Respiratory syncytial virus (RSウイルス)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Wrapp, D. / McLellan, J.S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM008704 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103393 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2018
タイトル: Infants Infected with Respiratory Syncytial Virus Generate Potent Neutralizing Antibodies that Lack Somatic Hypermutation.
著者: Goodwin, E. / Gilman, M.S.A. / Wrapp, D. / Chen, M. / Ngwuta, J.O. / Moin, S.M. / Bai, P. / Sivasubramanian, A. / Connor, R.I. / Wright, P.F. / Graham, B.S. / McLellan, J.S. / Walker, L.M.
履歴
登録2017年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fusion glycoprotein F0,Envelope glycoprotein
B: Fusion glycoprotein F0,Envelope glycoprotein
C: Fusion glycoprotein F0,Envelope glycoprotein
D: AM22 Fab Heavy Chain,IGH@ protein
E: AM22 Fab Light Chain,Uncharacterized protein
F: AM22 Fab Heavy Chain,IGH@ protein
G: AM22 Fab Light Chain,Uncharacterized protein
H: AM22 Fab Heavy Chain,IGH@ protein
I: AM22 Fab Light Chain,Uncharacterized protein
J: Immunoglobulin heavy variable 3-21,Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
K: Immunoglobulin heavy variable 3-21,Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
L: IGL@ protein
M: IGL@ protein
N: Immunoglobulin heavy variable 3-21,Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
O: IGL@ protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)474,12315
ポリマ－474,12315
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area47390 Å2
ΔGint-243 kcal/mol
Surface area163470 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)229.470, 229.470, 304.050
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain E and resid 1 through 211)
21(chain G and resid 1 through 211)
31chain I
12chain J
22chain K
32chain N
13chain L
23chain M
33chain O
14chain D
24(chain F and resid 1 through 215)
34chain H
15(chain A and (resid 27 through 97 or resid 137 through 515))
25(chain B and (resid 27 through 97 or resid 137 through 515))
35(chain C and resid 27 through 515)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain E and resid 1 through 211)E1 - 211
211(chain G and resid 1 through 211)G1 - 211
311chain II1 - 211
112chain JJ1 - 214
212chain KK1 - 214
312chain NN1 - 214
113chain LL2 - 209
213chain MM2 - 209
313chain OO2 - 209
114chain DD1 - 215
214(chain F and resid 1 through 215)F1 - 215
314chain HH1 - 215
115(chain A and (resid 27 through 97 or resid 137 through 515))A27 - 97
125(chain A and (resid 27 through 97 or resid 137 through 515))A137 - 515
215(chain B and (resid 27 through 97 or resid 137 through 515))B27 - 97
225(chain B and (resid 27 through 97 or resid 137 through 515))B137 - 515
315(chain C and resid 27 through 515)C27 - 515

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5

-
要素

#1: タンパク質 Fusion glycoprotein F0,Envelope glycoprotein


分子量: 63775.891 Da / 分子数: 3
変異: N67I, P129A, S215P, I379V, M447V,N67I, P129A, S215P, I379V, M447V,N67I, P129A, S215P, I379V, M447V,N67I, P129A, S215P, I379V, M447V
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Respiratory syncytial virus (RSウイルス), (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: C3UPB8, UniProt: M1E1E4, UniProt: P03420*PLUS
#2: 抗体 AM22 Fab Heavy Chain,IGH@ protein


分子量: 24123.217 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGH@ / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6GMX6
#3: 抗体 AM22 Fab Light Chain,Uncharacterized protein


分子量: 23304.953 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TCD0
#4: 抗体 Immunoglobulin heavy variable 3-21,Immunoglobulin gamma-1 heavy chain / Immunoglobulin gamma-1 heavy chain NIE


分子量: 23881.695 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHV3-21 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0B4J1V1, UniProt: P0DOX5
#5: 抗体 IGL@ protein /


分子量: 22955.275 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGL@ / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6GMX4

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 10% PEG 4000 10% 2-propanol 0.1 M sodium citrate pH 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97925 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97925 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.1→50.96 Å / Num. obs: 64175 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.2 % / Biso Wilson estimate: 117.98 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.364 / Rpim(I) all: 0.108 / Rrim(I) all: 0.38 / Net I/σ(I): 6.3 / Num. measured all: 785734 / Scaling rejects: 122
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
4.1-4.2131.5455782144390.6090.4431.6081.9100
18.79-50.968.20.05560567430.9970.0210.0624.994.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
Aimless0.5.17データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
iMOSFLM7.2.1データ削減
PHASER2.57位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.1→50.958 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2562 3292 5.14 %
Rwork0.2037 60792 -
obs0.2063 64084 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 502 Å2 / Biso mean: 166.2388 Å2 / Biso min: 66.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 4.1→50.958 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30005 0 0 0 30005
残基数----3968
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00330657
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6641703
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0464854
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055279
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.93518334
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11E2960X-RAY DIFFRACTION9.34TORSIONAL
12G2960X-RAY DIFFRACTION9.34TORSIONAL
13I2960X-RAY DIFFRACTION9.34TORSIONAL
21J3076X-RAY DIFFRACTION9.34TORSIONAL
22K3076X-RAY DIFFRACTION9.34TORSIONAL
23N3076X-RAY DIFFRACTION9.34TORSIONAL
31L2935X-RAY DIFFRACTION9.34TORSIONAL
32M2935X-RAY DIFFRACTION9.34TORSIONAL
33O2935X-RAY DIFFRACTION9.34TORSIONAL
41D3012X-RAY DIFFRACTION9.34TORSIONAL
42F3012X-RAY DIFFRACTION9.34TORSIONAL
43H3012X-RAY DIFFRACTION9.34TORSIONAL
51A6315X-RAY DIFFRACTION9.34TORSIONAL
52B6315X-RAY DIFFRACTION9.34TORSIONAL
53C6315X-RAY DIFFRACTION9.34TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
4.1-4.15850.29841210.288124972618100
4.1585-4.22060.34381340.289124702604100
4.2206-4.28650.32791480.271725002648100
4.2865-4.35670.31751500.258624762626100
4.3567-4.43180.26611570.24424772634100
4.4318-4.51240.26011460.227824942640100
4.5124-4.59910.29211310.230825052636100
4.5991-4.69290.28291430.215824922635100
4.6929-4.79490.23621130.207125292642100
4.7949-4.90630.26511340.20525102644100
4.9063-5.02890.27171110.207325232634100
5.0289-5.16480.23971150.204525322647100
5.1648-5.31660.26321430.206225282671100
5.3166-5.4880.26731340.211625112645100
5.488-5.68390.26451250.211825372662100
5.6839-5.91120.26421400.216825292669100
5.9112-6.17980.28371380.206125322670100
6.1798-6.5050.27651420.204225342676100
6.505-6.91160.26741460.191625532699100
6.9116-7.44370.24591450.186725372682100
7.4437-8.19010.24061320.161625832715100
8.1901-9.36880.20641340.152825892723100
9.3688-11.77960.17131390.139926212760100
11.7796-50.96160.26251710.21652733290499
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.72880.30110.23220.9669-0.75242.1662-0.0999-0.10080.3516-0.04360.077-0.0011-0.09830.28440.0410.82760.0157-0.15311.0005-0.13221.139710.148266.0543-36.9534
22.25631.3849-0.00941.52110.08370.31150.0301-0.07040.1707-0.0544-0.05850.01320.03170.10290.02750.90420.0848-0.11381.05010.04091.09320.491448.9789-36.9968
31.57950.3676-0.56740.4657-0.01021.2415-0.2017-0.00910.4656-0.16010.15940.0997-0.09450.05480.04670.67440.0101-0.15490.9443-0.02560.80036.981152.2917-51.1553
43.371.87690.71792.48420.95442.29520.1955-0.6728-1.00090.90770.1307-1.14130.8708-0.2314-0.30421.37420.3068-0.30771.59540.16631.2737-4.029310.573121.6663
52.10722.0255-1.18156.1082-2.1932.32180.2068-0.5651-0.60750.81480.37930.47860.4754-0.6001-0.55781.3060.1279-0.27281.96980.31261.4352-20.98785.734217.1619
62.2778-0.7921-0.84893.1856-0.9546.5004-0.9299-1.29731.29761.18080.573-0.4045-1.153-0.6060.3711.28240.5047-0.35761.9835-0.54681.6853-50.383865.90967.0739
72.9594-3.4009-1.46025.01920.68264.4885-1.5162-2.1299-0.50251.96210.9470.7754-0.1116-0.45480.58011.58320.5423-0.00582.59570.03541.6631-49.599750.209415.9776
89.27232.29060.37012.53180.01432.53530.21190.3084-1.3932-0.4588-0.329-0.28860.3807-0.10080.07561.18440.0613-0.15530.8082-0.0471.322-49.93625.4595-35.1307
95.3042-0.54991.55852.75391.03113.79120.8255-1.1086-0.82120.4628-0.7711.29640.9911-0.7967-0.02141.2876-0.26070.00411.30840.1711.3205-56.78912.2511-19.8171
105.3768-1.57965.61561.0493-0.37546.88890.12770.23230.0167-0.12380.0344-0.1836-0.12750.464-0.18771.001-0.1554-0.09550.76460.03371.0575-22.930845.4411-94.3358
112.6379-1.61260.6964.9949-0.86733.4537-0.17460.0187-0.31060.22010.0748-0.89940.87420.7330.10011.08870.4167-0.22911.3773-0.0191.305456.503313.9432-20.0747
126.9513-0.09813.94230.13220.58935.2902-0.5656-0.15220.0388-0.28050.1012-0.2535-0.6637-0.13120.48980.86-0.04540.01840.63860.00111.1046-33.111257.4432-87.0093
136.3971-0.66911.22364.7693-1.79553.76170.2041-0.4811-1.3399-0.002-0.2615-0.91261.68620.23240.30331.77370.18440.04991.2421-0.12111.363747.30611.9543-29.0375
141.06720.64211.37727.93764.34225.5505-0.2067-0.54780.7238-0.66660.0340.3104-0.9415-0.44210.30851.08490.3439-0.31091.426-0.3251.83087.0815112.4554-11.768
150.68531.1138-0.06352.63351.86933.87240.1648-0.57910.87020.2920.0079-0.1511-0.2576-0.5659-0.20471.03950.3424-0.26061.4424-0.31021.961214.949104.03551.2812
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 27 through 515)A27 - 515
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 27 through 517)B27 - 517
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 27 through 517)C27 - 517
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 1 through 215)D1 - 215
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'E' and resid 1 through 212)E1 - 212
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'F' and resid 1 through 216)F1 - 216
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'G' and resid 1 through 214)G1 - 214
8X-RAY DIFFRACTION8(chain 'H' and resid 1 through 215)H1 - 215
9X-RAY DIFFRACTION9(chain 'I' and resid 1 through 211)I1 - 211
10X-RAY DIFFRACTION10(chain 'J' and resid 1 through 214)J1 - 214
11X-RAY DIFFRACTION11(chain 'K' and resid 1 through 214)K1 - 214
12X-RAY DIFFRACTION12(chain 'L' and resid 2 through 209)L2 - 209
13X-RAY DIFFRACTION13(chain 'M' and resid 2 through 209)M2 - 209
14X-RAY DIFFRACTION14(chain 'N' and resid 1 through 214)N1 - 214
15X-RAY DIFFRACTION15(chain 'O' and resid 2 through 209)O2 - 209

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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