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- PDB-6apc: Crystal Structure of Infant Antibody ADI-19425 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6apc
タイトルCrystal Structure of Infant Antibody ADI-19425
要素
  • Epididymis luminal protein 214
  • IGL@ protein
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / viral fusion glycoprotein / immunoglobulin (抗体) / respiratory syncytial virus (RSウイルス)
機能・相同性
機能・相同性情報


Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain ...Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Gilman, M.S.A. / McLellan, J.S.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2018
タイトル: Infants Infected with Respiratory Syncytial Virus Generate Potent Neutralizing Antibodies that Lack Somatic Hypermutation.
著者: Goodwin, E. / Gilman, M.S.A. / Wrapp, D. / Chen, M. / Ngwuta, J.O. / Moin, S.M. / Bai, P. / Sivasubramanian, A. / Connor, R.I. / Wright, P.F. / Graham, B.S. / McLellan, J.S. / Walker, L.M.
履歴
登録2017年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Epididymis luminal protein 214
L: IGL@ protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0294
ポリマ－46,8372
非ポリマー1922
水12,466692
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3900 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area19070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.230, 66.530, 125.950
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 Epididymis luminal protein 214


分子量: 23881.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HEL-214 / 細胞株 (発現宿主): FreeStyle 293-F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 IGL@ protein /


分子量: 22955.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGL@ / Cell (発現宿主): FreeStyle 293-F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6GMX4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 692 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 50 nL of ADI-19425 Fab at 8.78 mg/ml, 50 nL of crystal seed solution, and 100 nL of reservoir solution containing 1.5 M Ammonium sulfate, 0.1 M sodium chloride, and 0.1 M BisTris pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→26.07 Å / Num. obs: 57347 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 14.07 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.7-1.735.50.32829400.930.1530.36399.4
9-26.074.90.0794400.990.0380.08895.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLM7.2.1データ削減
Aimless0.5.17データスケーリング
PHENIX1.11.1精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
PHASER2.5.7位相決定
Coot0.8.6.1モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3EYQ, 3H42

3eyq

3h42


解像度: 1.7→26.07 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 18.07
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2036 2896 5.06 %
Rwork0.1742 --
obs0.1757 57181 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 53.18 Å2 / Biso mean: 18.44 Å2 / Biso min: 6.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→26.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3233 0 10 692 3935
Biso mean--21.28 30.15 -
残基数----436
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033326
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6674538
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049509
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005577
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5391973
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7-1.72790.19381280.18652517264599
1.7279-1.75770.22851440.18222552269699
1.7577-1.78960.21381240.183325532677100
1.7896-1.8240.21371300.177625402670100
1.824-1.86120.20591170.173725892706100
1.8612-1.90170.22361300.19712551268199
1.9017-1.94590.23511320.223225442676100
1.9459-1.99460.21241270.175525932720100
1.9946-2.04850.19741430.167525562699100
2.0485-2.10870.1931340.164225932727100
2.1087-2.17680.20291360.169625652701100
2.1768-2.25450.23721550.22752531268699
2.2545-2.34470.23481420.18922534267698
2.3447-2.45140.22591490.181825842733100
2.4514-2.58050.20621180.180526212739100
2.5805-2.7420.19921390.183625842723100
2.742-2.95350.20111390.177725902729100
2.9535-3.25020.22881710.171126082779100
3.2502-3.71930.15921390.152826262765100
3.7193-4.68150.18551330.137326822815100
4.6815-26.07580.18461660.17627722938100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.58630.1348-1.13090.3422-0.21043.2007-0.05340.065-0.0287-0.07320.0444-0.02430.1813-0.06850.01470.0678-0.00290.00960.0877-0.01110.10048.1649-20.4347-3.0751
21.2910.5842-0.3853.94291.10533.2760.093-0.07890.06640.13640.00030.1036-0.0214-0.1011-0.08760.06280.0059-0.00810.09160.01960.1124-6.4215-18.076333.1171
31.7789-0.6237-0.69681.37940.77751.38280.05930.07980.1322-0.1617-0.0116-0.0156-0.2407-0.1477-0.04360.11370.0418-0.00170.09650.00740.11097.05640.84951.6258
40.7784-0.08150.37592.0192-0.67221.7484-0.00260.0059-0.01790.0828-0.1405-0.172-0.04230.08180.11080.05560.0067-0.00690.08550.00950.1145.9329-9.939126.2186
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain H and resid 2:123H2 - 123
2X-RAY DIFFRACTION2chain H and resid 124:214H124 - 214
3X-RAY DIFFRACTION3chain L and resid 4:111L4 - 111
4X-RAY DIFFRACTION4chain L and resid 113:209L113 - 209

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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