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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6abr | ||||||
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タイトル | Actin interacting protein 5 (Aip5, wild type) | ||||||
要素 | Actin binding protein | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | cellular bud / Glutaredoxin domain profile. / Thioredoxin-like superfamily / 細胞質 / Uncharacterized protein YFR016C 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.002 Å | ||||||
データ登録者 | Sun, J. / Xie, Y. / Toh, J.D.W. / Hong, W. / MIao, Y. / Gao, Y.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Polarisome scaffolder Spa2-mediated macromolecular condensation of Aip5 for actin polymerization. 著者: Xie, Y. / Sun, J. / Han, X. / Tursic-Wunder, A. / Toh, J.D.W. / Hong, W. / Gao, Y.G. / Miao, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6abr.cif.gz | 51.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6abr.ent.gz | 35.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6abr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/6abr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/6abr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14282.879 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1110-1233 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: S288c / 遺伝子: YFR016C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43597 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 20.33 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Tris-HCL pH 7.0, 20% PEG1000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1.000,0.9788,0.9636 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月29日 | ||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 11332 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 19.4 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2→2.1 Å / Num. unique obs: 943 / Rsym value: 0.142 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.002→32.715 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 30.93
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.002→32.715 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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