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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6a8q | ||||||
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タイトル | R207A mutant of highly active EfBSH | ||||||
要素 | Bile salt hydrolase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Ntn / Bile Salt Hydrolase / Gut Microbiome (腸内細菌) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Enterococcus faecalis T2 (乳酸球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Ramasamy, S. / Yadav, Y. | ||||||
資金援助 | インド, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: R207A mutant of highly active EfBSH 著者: Ramasamy, S. / Yadav, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6a8q.cif.gz | 267.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6a8q.ent.gz | 214.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6a8q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/6a8q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/6a8q | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4wl3S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 0 / Beg auth comp-ID: CYS / Beg label comp-ID: CYS / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 2 - 324 / Label seq-ID: 1 - 323
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37820.156 Da / 分子数: 4 / 変異: R207A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis T2 (乳酸球菌) 遺伝子: EFBG_01849 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: C7CXJ5 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.38 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1 M Sodium Citrate Tribasic Dihydrate, 22 % PEG 1000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97949 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.84→39.11 Å / Num. obs: 83294 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4 % / CC1/2: 0.978 / Rmerge(I) obs: 0.196 / Rpim(I) all: 0.11 / Rrim(I) all: 0.225 / Net I/σ(I): 5 |
反射 シェル | 解像度: 2→2 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4365 / CC1/2: 0.992 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4WL3 解像度: 2→39.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.229 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.915 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2→39.01 Å
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拘束条件 |
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