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- PDB-5zyu: The crystal structure of humanMGME1 with single strand DNA2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zyu
タイトルThe crystal structure of humanMGME1 with single strand DNA2
要素
  • DNA (5'-D(P*CP*AP*AP*CP*AP*AP*CP*A)-3')
  • Mitochondrial genome maintenance exonuclease 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / huamnMGME1 / DNA complex (デオキシリボ核酸) / DNA exonuclease / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


single-stranded DNA exodeoxyribonuclease activity / single-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / mitochondrial DNA replication / mitochondrial genome maintenance / mitochondrial DNA repair / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / ミトコンドリア
類似検索 - 分子機能
PD-(D/E)XK endonuclease-like domain, AddAB-type / PD-(D/E)XK nuclease superfamily / PD-(D/E)XK endonuclease-like domain superfamily / Restriction endonuclease type II-like
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Mitochondrial genome maintenance exonuclease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.752 Å
データ登録者Yang, C. / Gan, J.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Structural insights into DNA degradation by human mitochondrial nuclease MGME1
著者: Yang, C. / Wu, R. / Liu, H. / Chen, Y. / Gao, Y. / Chen, X. / Li, Y. / Ma, J. / Li, J. / Gan, J.
履歴
登録2018年5月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年11月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年1月23日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.42019年8月28日Group: Data collection / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entity_src_syn / struct
Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _struct.title
改定 1.52023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: DNA (5'-D(P*CP*AP*AP*CP*AP*AP*CP*A)-3')
C: DNA (5'-D(P*CP*AP*AP*CP*AP*AP*CP*A)-3')
A: Mitochondrial genome maintenance exonuclease 1
B: Mitochondrial genome maintenance exonuclease 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,1935
ポリマ－68,1014
非ポリマー921
水9,584532
1
E: DNA (5'-D(P*CP*AP*AP*CP*AP*AP*CP*A)-3')
A: Mitochondrial genome maintenance exonuclease 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1433
ポリマ－34,0512
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2300 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area14200 Å2
手法PISA
2
C: DNA (5'-D(P*CP*AP*AP*CP*AP*AP*CP*A)-3')
B: Mitochondrial genome maintenance exonuclease 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0512
ポリマ－34,0512
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2080 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area14270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.714, 80.714, 79.769
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*AP*AP*CP*AP*AP*CP*A)-3')


分子量: 4533.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質 Mitochondrial genome maintenance exonuclease 1


分子量: 29517.521 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MGME1, C20orf72, DDK1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9BQP7, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 532 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.02 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Phosphoric-citric acid pH 4.2 and 20% PEG300

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→30 Å / Num. obs: 58405 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / Num. unique obs: 5780 / CC1/2: 0.624

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZYT

5zyt


解像度: 1.752→28.368 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.05 / 位相誤差: 20.5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1996 2912 5.21 %
Rwork0.1735 --
obs0.1749 55877 95.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.752→28.368 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3536 290 6 532 4364
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113955
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0365421
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.6312310
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067607
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006638
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7521-1.78080.281750.2761202X-RAY DIFFRACTION47
1.7808-1.81150.29811010.24561952X-RAY DIFFRACTION73
1.8115-1.84440.28681120.23682393X-RAY DIFFRACTION91
1.8444-1.87990.26011200.21992636X-RAY DIFFRACTION99
1.8799-1.91830.23811400.21042684X-RAY DIFFRACTION100
1.9183-1.960.25161300.20692633X-RAY DIFFRACTION100
1.96-2.00560.20831260.18572629X-RAY DIFFRACTION100
2.0056-2.05570.21221300.1892674X-RAY DIFFRACTION100
2.0557-2.11130.21611540.17722607X-RAY DIFFRACTION100
2.1113-2.17340.19521340.17072652X-RAY DIFFRACTION100
2.1734-2.24350.20171780.17032593X-RAY DIFFRACTION100
2.2435-2.32360.20371280.16442685X-RAY DIFFRACTION100
2.3236-2.41660.21631600.16852615X-RAY DIFFRACTION100
2.4166-2.52660.17621240.17722665X-RAY DIFFRACTION100
2.5266-2.65970.22821680.17482582X-RAY DIFFRACTION100
2.6597-2.82620.23081580.17792629X-RAY DIFFRACTION100
2.8262-3.04410.18581740.17742618X-RAY DIFFRACTION100
3.0441-3.350.19421630.16732634X-RAY DIFFRACTION100
3.35-3.83380.18881380.15022627X-RAY DIFFRACTION100
3.8338-4.82630.15621570.14162620X-RAY DIFFRACTION100
4.8263-28.37190.18621420.17772635X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -66.4902 Å / Origin y: 21.7835 Å / Origin z: -68.6166 Å
111213212223313233
T0.0743 Å2-0.0305 Å20.0058 Å2-0.113 Å20.0028 Å2--0.1321 Å2
L0.4436 °20.1123 °20.3694 °2-0.3324 °20.2074 °2--0.5332 °2
S-0.0435 Å °-0.0187 Å °0.125 Å °-0.0201 Å °-0.0204 Å °0.0741 Å °-0.0542 Å °-0.0374 Å °0.0567 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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