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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5zxg | ||||||
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タイトル | Cyclic alpha-maltosyl-(1-->6)-maltose hydrolase from Arthrobacter globiformis, ligand-free form | ||||||
要素 | Cyclic maltosyl-maltose hydrolase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) | ||||||
機能・相同性 | Oligo-1,6-glucosidase, domain 2 / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Glycoside hydrolase superfamily / hydrolase activity / carbohydrate metabolic process / Cyclic maltosyl-maltose hydrolase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Arthrobacter globiformis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Kohno, M. / Arakawa, T. / Mori, T. / Nishimoto, T. / Fushinobu, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018 タイトル: Structural features of a bacterial cyclic alpha-maltosyl-(1→6)-maltose (CMM) hydrolase critical for CMM recognition and hydrolysis. 著者: Kohno, M. / Arakawa, T. / Ota, H. / Mori, T. / Nishimoto, T. / Fushinobu, S. #1: ジャーナル: Biosci. Biotechnol. Biochem. / 年: 2008 タイトル: Purification and characterization of cyclic maltosyl-(1-->6)-maltose hydrolase and alpha-glucosidase from an Arthrobacter globiformis strain. 著者: Mori, T. / Nishimoto, T. / Okura, T. / Chaen, H. / Fukuda, S. #2: ジャーナル: Journal of Applied Glycoscience / 年: 2011 タイトル: Cloning, Sequencing and Expression of the Genes Encoding Cyclic alpha-Maltosyl-(1-->6)-maltose Hydrolase and alpha-Glucosidase from an Arthrobacter globiformis Strain 著者: Mori, T. / Nishimoto, T. / Okura, T. / Chaen, H. / Fukuda, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5zxg.cif.gz | 188.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5zxg.ent.gz | 146.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5zxg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/5zxg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/5zxg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51664.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arthrobacter globiformis (バクテリア) 遺伝子: cmmF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D2YYE1 #2: 化合物 | ChemComp-CA / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.57 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1 M sodium citrate, 0.22 M Ammonium sulfate, 30% (w/v) PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→89.9 Å / Num. obs: 35608 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 0.232 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Mean I/σ(I) obs: 0.131 / CC1/2: 0.984 / % possible all: 92.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1J0H 解像度: 2.4→89.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 7.69 / SU ML: 0.183 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.55 / ESU R Free: 0.286 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.543 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.4→89.9 Å
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拘束条件 |
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