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- PDB-3v00: Studies of a constitutively active G-alpha subunit provide insigh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v00
タイトルStudies of a constitutively active G-alpha subunit provide insights into the mechanism of G protein activation.
要素Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1/ Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 chimeric protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / GTPase (GTPアーゼ) / GTP binding / Transducer (トランスデューサー) / SIGNAL TRANSDUCTION (シグナル伝達) / CELL CYCLE (細胞周期)
機能・相同性
機能・相同性情報


Extra-nuclear estrogen signaling / detection of light stimulus involved in visual perception / Adenylate cyclase inhibitory pathway / negative regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / G protein-coupled receptor complex / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / Activation of the phototransduction cascade / phototransduction, visible light / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 ...Extra-nuclear estrogen signaling / detection of light stimulus involved in visual perception / Adenylate cyclase inhibitory pathway / negative regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / G protein-coupled receptor complex / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / Activation of the phototransduction cascade / phototransduction, visible light / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G alpha (i) signalling events / negative regulation of synaptic transmission / GTPase activating protein binding / photoreceptor outer segment membrane / G alpha (i) signalling events / phototransduction / acyl binding / response to light stimulus / positive regulation of protein localization to cell cortex / regulation of cAMP-mediated signaling / D2 dopamine receptor binding / G protein-coupled serotonin receptor binding / cellular response to forskolin / regulation of mitotic spindle organization / photoreceptor inner segment / G protein-coupled receptor binding / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / photoreceptor disc membrane / GDP binding / heterotrimeric G-protein complex / 細胞皮質 / midbody / G protein-coupled receptor signaling pathway / 細胞周期 / 細胞分裂 / GTPase activity / 中心体 / GTP binding / protein kinase binding / magnesium ion binding / protein-containing complex / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
GI Alpha 1, domain 2-like / GI Alpha 1, domain 2-like / G-protein alpha subunit, group I / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase ...GI Alpha 1, domain 2-like / GI Alpha 1, domain 2-like / G-protein alpha subunit, group I / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Singh, G. / Cerione, R.A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: A constitutively active G-alpha subunit provide insights into the mechanism of G protein activation
著者: Singh, G. / Ramachandran, S. / Cerione, R.A.
履歴
登録2011年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月26日Group: Database references
改定 1.22017年7月26日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1/ Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 chimeric protein
B: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1/ Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 chimeric protein
A: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1/ Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 chimeric protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,3296
ポリマ－122,9993
非ポリマー1,3303
水5,314295
1
C: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1/ Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 chimeric protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4432
ポリマ－41,0001
非ポリマー4431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1/ Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 chimeric protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4432
ポリマ－41,0001
非ポリマー4431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1/ Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 chimeric protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4432
ポリマ－41,0001
非ポリマー4431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
C: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1/ Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 chimeric protein
B: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1/ Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 chimeric protein
A: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1/ Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 chimeric protein
ヘテロ分子

C: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1/ Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 chimeric protein
B: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1/ Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 chimeric protein
A: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1/ Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 chimeric protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)248,65712
ポリマ－245,9986
非ポリマー2,6596
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_465y-1,x+1,-z1
Buried area24070 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area97890 Å2
手法PISA
5
C: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1/ Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 chimeric protein
ヘテロ分子

B: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1/ Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 chimeric protein
A: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1/ Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 chimeric protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,3296
ポリマ－122,9993
非ポリマー1,3303
水543
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation7_465y-1,x+1,-z1
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7920 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area53060 Å2
手法PISA
6
C: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1/ Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 chimeric protein
ヘテロ分子

A: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1/ Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 chimeric protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,8864
ポリマ－81,9992
非ポリマー8862
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_465y-1,x+1,-z1
Buried area4740 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area36390 Å2
手法PISA
7
B: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1/ Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 chimeric protein
ヘテロ分子

B: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1/ Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 chimeric protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,8864
ポリマ－81,9992
非ポリマー8862
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_465y-1,x+1,-z1
Buried area3950 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area35730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.173, 93.173, 380.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-1/ Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 chimeric protein / Transducin alpha-1 chain


分子量: 40999.656 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP P04695 1-215 & 295-350, UNP P10824 220-298 / 変異: G56P, K244H and D247N / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: T7 LAC PROMOTER
由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ), (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ)
遺伝子: GNAT1, GNAT1_BOVIN / プラスミド: PET VECTOR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P04695, UniProt: P10824
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.39 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 1.9 M Ammonium Sulphate in 0.05 M Sodium Cacodylate buffer, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月8日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Horizontal focusing 5.05 asymmetric cut Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→39.74 Å / Num. all: 47386 / Num. obs: 47006 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 11.3 / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 89.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 21.253
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / % possible all: 8.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TAG

1tag


解像度: 2.9→39.74 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 3751 10 %RANDOM
Rwork0.221 ---
obs0.221 37430 97.4 %-
all-37430 --
原子変位パラメータBiso mean: 94.5 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.46 Å / Luzzati sigma a free: 0.56 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→39.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8409 0 84 295 8788
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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