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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5zxe | ||||||
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タイトル | Structure of a consensus sequence derived from the FGF family | ||||||
要素 | Consensus sequence based basic form of fibroblast growth factor | ||||||
キーワード | CELL CYCLE (細胞周期) / FGF / basic form | ||||||
機能・相同性 | Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å | ||||||
データ登録者 | Tripathi, S.K. / Mandalaparthy, V. / Ramaswamy, S. / Gosavi, S. | ||||||
資金援助 | インド, 1件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Structure of a consensus sequence derived from the FGF family 著者: Tripathi, S.K. / Mandalaparthy, V. / Gosavi, S. #1: ジャーナル: J Tissue Eng / 年: 2010 タイトル: Fibroblast growth factors: biology, function, and application for tissue regeneration 著者: Yun, Y.R. / Won, J.E. / Jeon, E. / Lee, S. / Kang, W. / Jo, H. / Jang, J.H. / Shin, U.S. / Kim, H.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5zxe.cif.gz | 80.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5zxe.ent.gz | 57.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5zxe.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/5zxe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/5zxe | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2fgfS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 14968.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
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-非ポリマー , 5種, 183分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #4: 化合物 | ChemComp-NA / | #5: 化合物 | ChemComp-CL / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.62 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: PEG 8000, Ammonium sulphate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月28日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.966 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.24→45.91 Å / Num. obs: 42829 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 12 / Num. measured all: 217407 / Scaling rejects: 25 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2FGF 解像度: 1.3→45.435 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.79 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→45.435 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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