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- PDB-5zw8: PigA with FAD and proline -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zw8
タイトルPigA with FAD and proline
要素L-prolyl-[peptidyl-carrier protein] dehydrogenase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / red pigment / pyrrole (ピロール) / acyl-CoA oxidase (アシルCoAオキシダーゼ) / FAD / tetramer (四量体)
機能・相同性
機能・相同性情報


L-prolyl-[peptidyl-carrier protein] dehydrogenase / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors / antibiotic biosynthetic process / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain superfamily / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 2 / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 2 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain superfamily ...Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain superfamily / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 2 / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 2 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain superfamily / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 3 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal and middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase-like, C-terminal / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Up-down Bundle / Βバレル / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
フラビンアデニンジヌクレオチド / マロン酸 / 1,4,7,10,13,16-HEXAOXACYCLOOCTADECANE / プロリン / L-prolyl-[peptidyl-carrier protein] dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Serratia sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.689 Å
データ登録者Lee, C.-C. / Ko, T.-P. / Wang, A.H.J.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
台湾
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2019
タイトル: Crystal Structure of PigA: A Prolyl Thioester-Oxidizing Enzyme in Prodigiosin Biosynthesis.
著者: Lee, C.-C. / Ko, T.-P. / Chen, C.T. / Chan, Y.T. / Lo, S.Y. / Chang, J.Y. / Chen, Y.W. / Chung, T.F. / Hsieh, H.J. / Hsiao, C.D. / Wang, A.H.J.
履歴
登録2018年5月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-prolyl-[peptidyl-carrier protein] dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5197
ポリマ－43,9501
非ポリマー1,5696
水8,287460
1
A: L-prolyl-[peptidyl-carrier protein] dehydrogenase
ヘテロ分子

A: L-prolyl-[peptidyl-carrier protein] dehydrogenase
ヘテロ分子

A: L-prolyl-[peptidyl-carrier protein] dehydrogenase
ヘテロ分子

A: L-prolyl-[peptidyl-carrier protein] dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,07628
ポリマ－175,8004
非ポリマー6,27524
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area23860 Å2
ΔGint-200 kcal/mol
Surface area48650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.585, 85.558, 146.144
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-505-

CL

21A-875-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 L-prolyl-[peptidyl-carrier protein] dehydrogenase / proline oxidase / Flavoprotein desaturase PigA / L-prolyl-PCP dehydrogenase


分子量: 43950.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Serratia sp. (strain ATCC 39006) (バクテリア)
株: ATCC 39006 / 遺伝子: pigA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5W271, L-prolyl-[peptidyl-carrier protein] dehydrogenase

-
非ポリマー , 6種, 466分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-O4B / 1,4,7,10,13,16-HEXAOXACYCLOOCTADECANE / 18-クラウン-6 / 18-クラウン-6


分子量: 264.315 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H24O6
#4: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸 / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-PRO / PROLINE / プロリン / プロリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO2
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 460 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.04 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 7mM L-proline, 1.9M sodium malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月30日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→40 Å / Num. obs: 59573 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 22.6
反射 シェル解像度: 1.68→1.74 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.741 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 5885 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZW2

5zw2


解像度: 1.689→31.277 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.21
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1798 2008 3.41 %
Rwork0.154 --
obs0.1549 58857 97.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.689→31.277 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2939 0 97 460 3496
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0193192
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6724301
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.1961895
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.121466
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009546
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6891-1.73130.31471090.23973008X-RAY DIFFRACTION73
1.7313-1.77810.24561380.22773911X-RAY DIFFRACTION95
1.7781-1.83040.26081470.21864050X-RAY DIFFRACTION98
1.8304-1.88950.26131400.20664073X-RAY DIFFRACTION100
1.8895-1.9570.20451460.18314122X-RAY DIFFRACTION100
1.957-2.03540.18811440.16554121X-RAY DIFFRACTION100
2.0354-2.1280.20931460.15934134X-RAY DIFFRACTION100
2.128-2.24020.19431490.154135X-RAY DIFFRACTION100
2.2402-2.38050.19091460.14794165X-RAY DIFFRACTION100
2.3805-2.56420.16831440.15164172X-RAY DIFFRACTION100
2.5642-2.82210.19791460.15624144X-RAY DIFFRACTION100
2.8221-3.23010.1841450.15514193X-RAY DIFFRACTION100
3.2301-4.06820.12041520.12334243X-RAY DIFFRACTION100
4.0682-31.28190.14071560.12854378X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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