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- PDB-5ztm: Crystal structure of MLE dsRBDs in complex with roX2 (R2H1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ztm
タイトルCrystal structure of MLE dsRBDs in complex with roX2 (R2H1)
要素
  • Dosage compensation regulator
  • non-coding mRNA sequence roX2
キーワードHYDROLASE/RNA / Helicase (ヘリカーゼ) / LncRNA (長鎖ノンコーディングRNA) / HYDROLASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / X chromosome located dosage compensation complex, transcription activating / 3'-5' DNA/RNA helicase activity / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / male courtship behavior, veined wing generated song production / regulation of cytoplasmic translation / regulatory region RNA binding / 遺伝子量補償 / PKR-mediated signaling / MSL complex ...RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / X chromosome located dosage compensation complex, transcription activating / 3'-5' DNA/RNA helicase activity / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / male courtship behavior, veined wing generated song production / regulation of cytoplasmic translation / regulatory region RNA binding / 遺伝子量補償 / PKR-mediated signaling / MSL complex / dosage compensation by hyperactivation of X chromosome / positive regulation of DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing) activity / 多糸染色体 / 3'-5' RNA helicase activity / regulation of mRNA processing / axon extension / lncRNA binding / DNA duplex unwinding / 3'-5' DNA helicase activity / nuclear chromosome / positive regulation of heterochromatin formation / X染色体 / DNA helicase activity / helicase activity / determination of adult lifespan / double-stranded RNA binding / 染色体 / double-stranded DNA binding / RNA helicase activity / ヘリカーゼ / ribonucleoprotein complex / chromatin binding / クロマチン / 核小体 / ATP hydrolysis activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
DHX9, first double-stranded RNA binding domain / DHX9, second double-stranded RNA binding domain / DHX9, DEXH-box helicase domain / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation ...DHX9, first double-stranded RNA binding domain / DHX9, second double-stranded RNA binding domain / DHX9, DEXH-box helicase domain / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / リボ核酸 / RNA (> 10) / Dosage compensation regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.899 Å
データ登録者Lv, M.Q. / Tang, Y.J.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Structural insights reveal the specific recognition of roX RNA by the dsRNA-binding domains of the RNA helicase MLE and its indispensable role in dosage compensation in Drosophila.
著者: Lv, M. / Yao, Y. / Li, F. / Xu, L. / Yang, L. / Gong, Q. / Xu, Y.Z. / Shi, Y. / Fan, Y.J. / Tang, Y.
履歴
登録2018年5月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dosage compensation regulator
B: Dosage compensation regulator
C: non-coding mRNA sequence roX2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,3553
ポリマ－76,3553
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5830 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area24600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.479, 108.479, 347.061
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Dosage compensation regulator / RNA Helicase maleless / ATP-dependent RNA helicase mle / Protein male-less / Protein maleless / ...RNA Helicase maleless / ATP-dependent RNA helicase mle / Protein male-less / Protein maleless / Protein no action potential


分子量: 29318.787 Da / 分子数: 2 / 断片: dsRNA-binding domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: mle, nap, CG11680 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P24785, ヘリカーゼ
#2: RNA鎖 non-coding mRNA sequence roX2


分子量: 17717.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: GenBank: 1835654

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 200mM lithium citrate tribasic tetrahydrate, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.899→46.548 Å / Num. obs: 17911 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 64.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/av σ(I): 22.5 / Net I/σ(I): 2.7
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / Rmerge(I) obs: 0.787 / CC1/2: 0.975 / Rpim(I) all: 0.906 / Rrim(I) all: 0.198

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
HKL-2000データ収集
HKL-20003.24データスケーリング
PDB_EXTRACTデータ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VYX,3VYY

3vyx

3vyy


解像度: 2.899→46.548 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.56
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2437 879 4.91 %
Rwork0.1909 --
obs0.1935 17898 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 176.85 Å2 / Biso mean: 70.4968 Å2 / Biso min: 26.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.899→46.548 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2540 1048 0 0 3588
残基数----381
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093756
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1835325
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051642
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008510
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3882160
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.8993-3.08090.30851490.253727772926
3.0809-3.31870.28831280.227428042932
3.3187-3.65260.28111590.206728052964
3.6526-4.18080.23511430.171528242967
4.1808-5.26620.20641470.162528472994
5.2662-46.55440.23531530.192229623115
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7302-0.59240.82931.7251-0.57761.07210.4783-0.9327-0.69630.4239-0.06990.56021.1527-0.4898-0.4710.9144-0.2022-0.08280.54090.21810.6728-8.549214.356837.2309
23.44342.17680.75383.05541.23552.58270.0144-0.3078-0.8112-0.0085-0.0338-0.71040.09860.2344-0.00840.393-0.1-0.06860.40190.11830.599118.957246.19234.5494
34.2685-1.6282-1.92575.1756-0.10714.47030.1660.0559-0.5852-0.2954-0.2878-0.14670.65390.51560.1450.53520.187-0.05890.40640.00140.57298.044216.30519.5738
43.0261-0.32741.3171.3844-0.57841.9436-0.0090.34910.3462-0.935-0.41490.6291-0.8483-0.51550.28410.92620.3396-0.29860.53-0.1440.5785-22.931846.671715.648
52.50630.3225-0.64673.69620.47281.87510.2509-0.12-0.54590.1476-0.05030.00010.00620.1267-0.23150.4759-0.0067-0.05780.21510.00520.3762-5.300730.634826.5721
61.15550.2759-0.32862.239-0.44011.34850.22690.1428-0.4648-0.3170.05360.21740.0581-0.1106-0.27980.54730.013-0.11140.2517-0.04130.4544-9.090929.042620.6373
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 81 )A1 - 81
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 161 through 247 )A161 - 247
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 1 through 81 )B1 - 81
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 165 through 247 )B165 - 247
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 114 through 134 )C114 - 134
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 151 through 168 )C151 - 168

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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