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- PDB-5zkb: Crystal structure of rationally thermostabilized M2 muscarinic ac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zkb
タイトルCrystal structure of rationally thermostabilized M2 muscarinic acetylcholine receptor bound with AF-DX 384
要素Muscarinic acetylcholine receptor M2,Apo-cytochrome b562,Muscarinic acetylcholine receptor M2
キーワードMEMBRANE PROTEIN/INHIBITOR (生体膜) / GPCR crystallography / rationally thermostabilized mutant / MEMBRANE PROTEIN-INHIBITOR complex (生体膜)
機能・相同性
機能・相同性情報


Muscarinic acetylcholine receptors / symmetric synapse / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G protein-coupled acetylcholine receptor activity / regulation of smooth muscle contraction / cholinergic synapse / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor activity / arrestin family protein binding / regulation of heart contraction ...Muscarinic acetylcholine receptors / symmetric synapse / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G protein-coupled acetylcholine receptor activity / regulation of smooth muscle contraction / cholinergic synapse / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor activity / arrestin family protein binding / regulation of heart contraction / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / asymmetric synapse / axon terminus / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / response to virus / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / presynaptic membrane / nervous system development / G alpha (i) signalling events / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / G protein-coupled receptor signaling pathway / neuronal cell body / glutamatergic synapse / シナプス / 樹状突起 / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Muscarinic acetylcholine receptor M2 / Muscarinic acetylcholine receptor family / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-82F / Muscarinic acetylcholine receptor M2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Suno, R. / Maeda, S. / Yasuda, S. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Horita, S. / Tawaramoto, M.S. / Tsujimoto, H. / Murata, T. / Kinoshita, M. ...Suno, R. / Maeda, S. / Yasuda, S. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Horita, S. / Tawaramoto, M.S. / Tsujimoto, H. / Murata, T. / Kinoshita, M. / Yamamoto, M. / Kobilka, B.K. / Iwata, S. / Kobayashi, T.
資金援助 日本, 米国, 6件
組織認可番号国
Japan Science and TechnologyThe Research Acceleration Program 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)The Platform Project for Supporting Drug Discovery and Life Science Research 日本
Japan Society for the Promotion of ScienceInternational Collaboration in Chemistry 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)The Platform Project for Supporting Drug Discovery and Life Science Research 日本
Japan Society for the Promotion of Science15K08268, 15H06862 日本
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)NIH R01-GM097261 米国
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Structural insights into the subtype-selective antagonist binding to the M2muscarinic receptor
著者: Suno, R. / Lee, S. / Maeda, S. / Yasuda, S. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Horita, S. / Tawaramoto, M.S. / Tsujimoto, H. / Murata, T. / Kinoshita, M. / Yamamoto, M. / Kobilka, B.K. / Vaidehi, ...著者: Suno, R. / Lee, S. / Maeda, S. / Yasuda, S. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Horita, S. / Tawaramoto, M.S. / Tsujimoto, H. / Murata, T. / Kinoshita, M. / Yamamoto, M. / Kobilka, B.K. / Vaidehi, N. / Iwata, S. / Kobayashi, T.
履歴
登録2018年3月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年3月23日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Muscarinic acetylcholine receptor M2,Apo-cytochrome b562,Muscarinic acetylcholine receptor M2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7722
ポリマ－47,2931
非ポリマー4791
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area21070 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)213.010, 60.090, 48.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.66, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Muscarinic acetylcholine receptor M2,Apo-cytochrome b562,Muscarinic acetylcholine receptor M2


分子量: 47293.207 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 10-217,UNP residues 377-466 / 変異: S110R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHRM2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P08172
#2: 化合物 ChemComp-82F / N-[2-[(2S)-2-[(dipropylamino)methyl]piperidin-1-yl]ethyl]-6-oxidanylidene-5H-pyrido[2,3-b][1,4]benzodiazepine-11-carboxamide / 5,11-ジヒドロ-11-[[[2-[(2S)-2-[(ジプロピルアミノ)メチル]-1-ピペリジニル]エチル]アミノ](以下略)


分子量: 478.630 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H38N6O2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 50mM MES-NaOH pH 6.2-7.0, 18 % PEG300, 100mM Magnesium acetate, 1% 1,2,3-heptanetriol, 0.5mM AF-DX 384 and 5% DMSO

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→50 Å / Num. obs: 13188 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.1 % / Net I/σ(I): 8.08
反射 シェル解像度: 2.95→3.13 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.95→48.697 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 26.22
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2795 661 5.01 %
Rwork0.2297 --
obs0.2321 13188 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→48.697 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3023 0 35 0 3058
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023137
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4754275
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7391870
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037503
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003530
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.95-3.17780.34011360.28092486X-RAY DIFFRACTION100
3.1778-3.49750.31051330.25352488X-RAY DIFFRACTION100
3.4975-4.00340.25721290.21992476X-RAY DIFFRACTION100
4.0034-5.0430.28711290.21512505X-RAY DIFFRACTION100
5.043-48.7040.23661340.21272572X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4421.7204-0.38413.56740.21240.40020.5227-0.0794-0.61530.6806-0.2751-0.79370.06671.127-0.2890.62690.1381-0.17981.7009-0.19320.7486-11.6449-1.8938-5.4231
22.3177-0.03670.87021.73660.22732.0045-0.13270.3117-0.0785-0.12970.2373-0.0971-0.0460.1332-0.03790.1686-0.0786-0.04880.18010.02350.0472-46.687-13.762.333
31.32810.4096-0.08341.31520.28151.12040.0098-0.2547-0.03190.09420.1557-0.08370.04690.1277-0.06290.0774-0.006-0.03370.09450.04820.0817-51.2556-21.66419.7515
44.6892-1.61683.37712.485-1.14535.5066-0.37760.35340.65430.0190.0214-0.6526-0.7641.14460.22530.3626-0.0002-0.14530.449-0.18780.377-37.2529-0.622214.1738
53.86240.29863.71082.73020.58873.6060.1163-1.36090.07450.6645-0.0864-0.088-0.0591-0.31770.0030.297-0.1618-0.08921.0578-0.12840.4788-14.73255.2381-4.445
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and ((resid 1081 through 1106 ) or (resid 377 through 381 ))
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 382 through 456 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 17 through 195 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and ((resid 196 through 217) or (resid 1001 through 1002 ))
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 1003 through 1080 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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