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- PDB-5zjq: Structure of AbdB/Exd complex bound to a 'Red14' DNA sequence -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zjq
タイトルStructure of AbdB/Exd complex bound to a 'Red14' DNA sequence
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*GP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*TP*CP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*CP*AP*TP*GP*C)-3')
  • Homeobox protein abdominal-Bホメオボックス
  • Homeobox protein extradenticleホメオボックス
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / AbdB / Exd / DNA (デオキシリボ核酸) / shape / specificity / TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


genital disc sexually dimorphic development / male pigmentation / negative regulation of cardioblast cell fate specification / sperm storage / negative regulation of salivary gland boundary specification / specification of segmental identity, abdomen / imaginal disc-derived female genitalia development / determination of genital disc primordium / external genitalia morphogenesis / salivary gland boundary specification ...genital disc sexually dimorphic development / male pigmentation / negative regulation of cardioblast cell fate specification / sperm storage / negative regulation of salivary gland boundary specification / specification of segmental identity, abdomen / imaginal disc-derived female genitalia development / determination of genital disc primordium / external genitalia morphogenesis / salivary gland boundary specification / gonadal mesoderm development / oenocyte development / : / female genitalia development / open tracheal system development / somatic muscle development / genital disc anterior/posterior pattern formation / spiracle morphogenesis, open tracheal system / polytene chromosome band / negative regulation of female receptivity / negative regulation of striated muscle tissue development / neuroendocrine cell differentiation / positive regulation of apoptotic process involved in morphogenesis / segment specification / eye development / regulation of cell fate specification / male genitalia development / germ cell migration / peripheral nervous system development / midgut development / transcription factor binding / neuron development / embryonic organ development / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / デオキシリボ核酸 / transcription coregulator activity / animal organ morphogenesis / brain development / RNA polymerase II transcription regulator complex / male gonad development / DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein heterodimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Homeobox protein Hox-A10/abdominal-B-like / PBX, PBC domain / PBC domain / PBC domain profile. / Homeobox KN domain / Homeobox KN domain / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / ホメオボックス ...Homeobox protein Hox-A10/abdominal-B-like / PBX, PBC domain / PBC domain / PBC domain profile. / Homeobox KN domain / Homeobox KN domain / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / ホメオボックス / 'Homeobox' domain profile. / ホメオボックス / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Homeobox protein abdominal-B / Homeobox protein extradenticle
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.443 Å
データ登録者Baburajendran, N. / Zeiske, T. / Kaczynska, A. / Mann, R. / Honig, B. / Shapiro, L. / Palmer, A.G.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2018
タイトル: Intrinsic DNA Shape Accounts for Affinity Differences between Hox-Cofactor Binding Sites.
著者: Zeiske, T. / Baburajendran, N. / Kaczynska, A. / Brasch, J. / Palmer, A.G. / Shapiro, L. / Honig, B. / Mann, R.S.
履歴
登録2018年3月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年9月19日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Homeobox protein abdominal-B
B: Homeobox protein extradenticle
C: DNA (5'-D(*GP*TP*CP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*CP*AP*TP*GP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*GP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5284
ポリマ－27,5284
非ポリマー00
水77543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5680 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area11700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.056, 49.440, 95.194
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.330, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Homeobox protein abdominal-B / ホメオボックス / Infraabdominal 7 / IAB-7 / P3 / PH189


分子量: 10195.751 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Abd-B, CG10291 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09087
#2: タンパク質 Homeobox protein extradenticle / ホメオボックス / Dpbx


分子量: 8773.827 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: exd, CG8933 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40427
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*CP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*CP*AP*TP*GP*C)-3')


分子量: 4263.804 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*GP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*C)-3')


分子量: 4294.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 200mM MgCl2, 0.1M Tris pH 5.8, 17.5% PEG 4000, 5% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.443→29.942 Å / Num. obs: 12413 / % possible obs: 97.33 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 18.49
反射 シェル解像度: 2.443→2.53 Å / Rmerge(I) obs: 0.539 / Num. unique obs: 980

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1B8I

1b8i


解像度: 2.443→29.942 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.34
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2522 1236 9.99 %
Rwork0.2228 --
obs0.2259 12378 97.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 126.31 Å2 / Biso mean: 45.5612 Å2 / Biso min: 18.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.443→29.942 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1120 568 0 43 1731
Biso mean---33.97 -
残基数----164
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071779
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9032509
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04265
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004223
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.74702
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4431-2.54090.35681090.29421005111479
2.5409-2.65640.33281410.29321243138499
2.6564-2.79640.30241370.265312531390100
2.7964-2.97150.34681440.281212621406100
2.9715-3.20060.30081360.244612701406100
3.2006-3.52230.22821470.19711254140198
3.5223-4.03090.22221440.197712581402100
4.0309-5.07450.19551380.191912831421100
5.0745-29.94390.24391400.21541314145499
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -18.1278 Å / Origin y: 1.8931 Å / Origin z: 119.8547 Å
111213212223313233
T0.2701 Å2-0.1014 Å20.008 Å2-0.256 Å2-0.014 Å2--0.2243 Å2
L2.7253 °2-0.3589 °2-0.949 °2-1.8931 °20.0244 °2--3.1262 °2
S-0.1913 Å °0.4201 Å °0.1058 Å °-0.3119 Å °0.1774 Å °-0.0278 Å °0.1328 Å °0.0932 Å °0.0272 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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