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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5zfz | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human DUX4 homeodomains bound to A12T DNA mutant | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION/DNA / homeodomains / DUX4 / DNA recognition (DNA型鑑定) / TRANSCRIPTION-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of G0 to G1 transition / Zygotic genome activation (ZGA) / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / 核膜 / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of cell population proliferation ...negative regulation of G0 to G1 transition / Zygotic genome activation (ZGA) / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / 核膜 / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of cell population proliferation / apoptotic process / クロマチン / 核小体 / regulation of transcription by RNA polymerase II / ゴルジ体 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Li, Y.Y. / Wu, B.X. / Gan, J.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2018 タイトル: Structural basis for multiple gene regulation by human DUX4. 著者: Li, Y. / Wu, B. / Liu, H. / Gao, Y. / Yang, C. / Chen, X. / Zhang, J. / Chen, Y. / Gu, Y. / Li, J. / Ma, J. / Gan, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5zfz.cif.gz | 118.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5zfz.ent.gz | 87.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5zfz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/5zfz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/5zfz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17386.805 Da / 分子数: 1 / 断片: double homeodomains / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DUX4L4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CJ87, UniProt: Q9UBX2*PLUS |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 5653.690 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#3: DNA鎖 | 分子量: 5995.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.4 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: 0.1 M Sodium malonate pH 4.0, 12% Polyethylene glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.977776 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.977776 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 29905 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 12.6 % / Net I/σ(I): 39.64 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5Z6Z 解像度: 1.9→29.877 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.51 / 位相誤差: 21.03
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.877 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -37.7334 Å / Origin y: 14.5991 Å / Origin z: 164.5078 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |