PDB-5zen: Crystal structure of human topoisomerase II beta in complex with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zen

タイトル

Crystal structure of human topoisomerase II beta in complex with DNA: a new quaternary conformation showing opening of the protein-linked DNA-gate

要素

DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*CP*GP*AP*GP*C)-3')
DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*TP*CP*GP*GP*CP*T)-3')
DNA topoisomerase 2-beta

キーワード

ISOMERASE/DNA /

Type II topoisomerase / cleavage complex / DNA-gate / ISOMERASE-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / sister chromatid segregation / resolution of meiotic recombination intermediates / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity /

DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / cellular response to ATP / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA topological change / SUMOylation of DNA replication proteins / ribonucleoprotein complex binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Chen, S.F. / Wang, Y.R. / Chan, N.L.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structural insights into the gating of DNA passage by the topoisomerase II DNA-gate.
著者: Chen, S.F. / Huang, N.L. / Lin, J.H. / Wu, C.C. / Wang, Y.R. / Yu, Y.J. / Gilson, M.K. / Chan, N.L.

履歴

登録	2018年2月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年8月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年8月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zen.cif.gz	307.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zen.ent.gz	244.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zen.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/5zen ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/5zen	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5zqfC 5zrfC 3qx3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5zqf-1 5zad-d 6dd4-d 6cqh-d 6vzh-d 6cmm-d 0709 6bp0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#73 - 2006年1月トポイソメラーゼ (Topoisomerase) 類似性 (21) #131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (6) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (2) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #160 - 2013年4月アクチノマイシン (Actinomycin) 類似性 (1)

PDBのページ

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (21)
#131 - 2010年11月
インテイン (Inteins)
類似性 (6)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (2)
#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (1)
#160 - 2013年4月
アクチノマイシン (Actinomycin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA topoisomerase 2-beta

B: DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*CP*GP*AP*GP*C)-3')

C: DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*TP*CP*GP*GP*CP*T)-3')

ヘテロ分子

97.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA topoisomerase 2-beta

B: DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*CP*GP*AP*GP*C)-3')

C: DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*TP*CP*GP*GP*CP*T)-3')

ヘテロ分子

A: DNA topoisomerase 2-beta

B: DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*CP*GP*AP*GP*C)-3')

C: DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*TP*CP*GP*GP*CP*T)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
194 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.760, 95.760, 231.055
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	DNA topoisomerase 2-beta / DNA topoisomerase II / beta isozyme 分子量: 91928.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TOP2B / プラスミド: pET51b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q02880, EC: 5.99.1.3
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(PAPGPCPCPGPAPGPC)-3') 分子量: 2436.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖	DNA (5'-D(PAPGPCPTPCPGPGPCPT)-3') 分子量: 2731.798 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ*: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.95 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Magnesium Acetate, 2-(N-morpholino)ethanesulfonic, 2-methyl-2,4-pentanediol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→20 Å / Num. obs: 32586 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 0.983 / Net I/σ(I): 33.3
反射シェル	解像度: 2.75→2.85 Å / R_merge(I) obs: 0.483 / CC_1/2: 0.913

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3QX3

3qx3

解像度: 2.75→19.97 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.08

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.266	2006	6.17 %
R_work	0.221	-	-
obs	0.224	32531	99.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.75→19.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5361	349	2	19	5731

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5905
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.782	8095
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.969	3454
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	923
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	983

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7507-2.8193	0.2885	139	0.2854	2136	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8193-2.8953	0.3644	136	0.2847	2120	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8953-2.9802	0.3601	137	0.2822	2173	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9802-3.0761	0.3253	143	0.295	2137	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0761-3.1856	0.3517	140	0.2791	2153	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1856-3.3126	0.2936	142	0.2686	2172	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3126-3.4626	0.339	141	0.2528	2154	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4626-3.6441	0.2685	145	0.2314	2158	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6441-3.8709	0.2474	142	0.2148	2171	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8709-4.1672	0.2712	145	0.1983	2206	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1672-4.582	0.2091	143	0.1894	2179	X-RAY DIFFRACTION	100
4.582-5.2346	0.2164	143	0.1905	2210	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2346-6.5561	0.2839	149	0.2298	2234	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5561-19.9709	0.2472	161	0.1947	2322	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5503	-1.047	-1.1809	3.7505	0.7223	4.2505	-0.1688	0.0012	-0.3985	-0.0608	-0.0818	0.3121	0.5782	0.01	0.336	0.4683	-0.0077	-0.0294	0.6199	0.0167	0.3586	38.8486	-32.8734	-58.0484
2	9.0778	-1.7817	-0.1493	6.7488	-4.5406	7.808	-0.4399	0.2333	-1.1462	0.8248	0.1203	-0.0327	0.8197	1.728	0.215	0.7194	0.2312	0.0265	0.758	0.0853	0.5026	50.9125	-32.4082	-37.8601
3	2.6443	-0.4892	0.2363	3.72	-0.0615	2.8877	-0.8882	-0.3746	-0.0167	0.3669	0.6962	0.0695	1.8315	1.0042	0.5556	0.7545	0.1876	0.0577	0.7405	0.1485	0.4745	50.3643	-36.5619	-49.9774
4	1.2878	-0.3132	-0.6338	4.0809	2.8335	3.5812	0.1143	0.0915	0.0558	-0.1983	-0.1215	-0.333	0.4018	0.1094	0.1151	0.4792	0.0135	0.0499	0.6287	0.0802	0.4002	47.5306	-26.619	-52.8633
5	2.0217	0.4221	0.7947	3.3385	1.4872	0.8344	-0.1211	-0.6412	-0.2445	-0.9642	-0.005	0.165	-0.4852	0.5367	0.616	0.6488	0.009	0.1164	1.0169	0.0111	0.5271	57.8832	-27.7039	-54.6761
6	5.5535	-5.0712	3.8613	4.611	-3.7088	3.7818	0.4539	1.3241	-0.4155	-0.6049	-1.2241	0.112	-0.1291	-0.0584	0.6116	0.6177	0.1126	0.0385	0.8261	0.0874	0.3824	45.1047	-22.1506	-58.9836
7	1.6098	-1.486	-2.8407	4.9266	1.7254	5.2444	0.1606	-1.2407	-0.7892	-1.0212	0.0065	0.685	-0.7496	-1.2878	0.077	0.9009	-0.1101	-0.122	1.266	-0.1198	0.7635	27.4284	-20.0627	-56.6337
8	7.8095	-2.5018	-3.3426	3.524	3.3345	3.3952	0.9519	-0.6789	1.0047	-0.017	-1.4967	0.5339	0.5895	0.2706	0.6416	1.3418	-0.1318	-0.2344	2.1065	-0.0893	0.9791	30.5966	-21.31	-65.8607
9	1.5377	-0.2476	1.0749	3.5287	-0.7579	3.0052	0.0392	1.5409	0.4964	-0.1362	-0.3579	0.0009	-0.144	0.8044	0.0407	0.8017	0.0633	0.1679	1.1796	0.1141	0.6855	48.0995	-18.4851	-62.219
10	0.2379	-1.0892	0.1205	7.8206	2.6407	3.6147	-0.4932	1.1571	-0.6539	0.2131	-0.1099	-1.0091	0.7889	1.172	0.7303	0.5367	-0.0398	0.1507	1.1628	0.1416	0.5043	56.7234	-16.7883	-45.5773
11	8.3256	-4.2604	0.6178	6.247	2.4011	1.709	0.4626	0.2842	1.4258	-1.901	-0.5515	-0.8918	0.0328	0.4613	0.4347	0.6856	-0.1364	-0.0143	0.8236	0.132	0.7318	49.8399	-3.7015	-40.7708
12	0.1283	-0.7525	0.4178	1.7901	0.5725	1.8542	0.0987	0.4287	0.2189	-0.3585	-0.242	0.0284	-0.217	-0.1305	0.1989	0.4193	-0.0796	0.0012	0.7159	0.0871	0.4405	43.1632	-9.9083	-43.0383
13	1.2292	-0.1605	1.357	3.2823	0.4411	4.2217	0.1069	0.0255	-0.1234	-0.325	-0.0524	0.3087	0.1539	-0.256	0.0105	0.2986	-0.116	-0.035	0.4805	0.0057	0.439	21.397	-13.9533	-29.8168
14	4.1595	-2.8415	1.5656	8.8498	1.6595	3.2309	0.5609	0.0658	-0.8139	-0.0449	-0.5335	0.8681	0.5839	-0.2698	0.026	0.4714	-0.2058	0.0153	0.5137	0.0608	0.4758	20.9697	-22.2745	-23.8829
15	2.3328	-0.5457	0.7357	0.4837	0.4358	1.4832	-0.5778	0.3891	-0.0215	0.0569	-0.1903	-0.7363	-0.6738	0.4479	0.7643	0.3267	0.0504	-0.0632	0.4972	-0.036	0.5506	20.2263	2.6894	-25.326
16	3.3478	0.3465	0.3506	3.8663	2.5793	2.1707	-0.2618	1.1683	0.4573	-0.6296	-0.2886	0.3423	-0.9231	0.2014	0.5495	0.505	-0.1207	-0.169	0.7101	0.1367	0.6924	25.6904	1.3377	-36.0559
17	1.9206	-1.6499	-0.1837	1.9661	-0.123	3.0025	-0.1453	0.0903	0.0402	0.3284	-0.1263	-0.1127	-0.0393	0.2465	0.2492	0.375	-0.1207	-0.0355	0.5538	0.0088	0.5208	35.1019	-3.825	-17.4026
18	0.6785	-1.5121	-0.2123	7.5207	-1.222	1.6891	0.1661	-0.3185	0.1785	2.1506	-0.3326	-0.2605	-0.379	0.3558	0.1243	0.5845	-0.1484	-0.1538	0.5316	0.015	0.4937	37.7691	-7.6449	-7.9488
19	4.4952	2.9299	-3.5865	3.686	-4.2386	8.4589	-0.1415	0.2294	0.0809	0.3805	-0.0603	-0.3045	-0.2568	0.1058	0.2027	0.4249	-0.1023	-0.0613	0.5325	0.0046	0.4093	40.3592	-23.8524	-0.7972
20	3.5617	-2.6052	0.8725	8.719	-1.4606	4.9072	-0.0297	0.6204	-0.193	-0.7724	-0.3821	-0.2651	0.7833	0.1683	0.2666	0.5274	-0.1139	0.0775	0.4228	0.0425	0.3574	36.6516	-31.2944	-9.8927
21	1.465	-1.4067	1.1368	2.7447	0.2604	9.1878	-0.4133	0.8789	0.1298	-0.3994	-0.1042	0.0928	1.4362	0.8436	0.2123	0.7261	0.0259	-0.0346	0.729	0.0381	0.5696	39.8937	-40.6826	-5.4017
22	4.5262	-2.6811	1.4225	4.4494	-1.8406	2.9104	-0.0667	-0.1658	-0.0161	0.2977	0.0156	0.0704	0.002	0.127	0.0232	0.6047	-0.1216	-0.0106	0.4669	0.0176	0.4122	39.1645	-32.5612	0.2048
23	2.1581	0.2607	-0.5314	2.1875	-0.3865	0.275	-0.0847	0.289	0.6087	0.4608	-0.3159	-0.9439	-0.4749	0.4113	0.3829	0.4136	-0.134	-0.0469	0.6271	0.0701	0.5204	43.3774	-7.3324	-20.5058
24	2.8818	-0.0848	1.393	-0.1655	-1.0435	0.8212	-0.254	-1.1149	0.7607	-0.3657	0.2752	0.4016	-0.5	-0.3699	0.1887	0.8675	0.1248	-0.3711	0.3952	-0.1311	1.2147	10.9083	19.7955	-31.7189
25	2.5468	-3.2928	-0.5946	5.5472	-1.9192	6.0418	-0.2767	-0.8129	0.769	-1.1196	-0.1127	1.624	0.43	0.4588	0.415	0.8777	0.1143	-0.6443	0.545	-0.0412	1.5382	10.8121	22.1948	-38.7966
26	2.2137	1.6065	1.1044	5.0205	-0.6567	4.7734	-0.6912	-0.1891	0.047	0.1394	-0.984	0.7744	-1.4487	-0.9916	1.1319	1.136	0.301	-0.7521	0.2493	-0.0404	1.7379	-4.1097	19.6537	-38.5662
27	3.8912	-0.8378	3.1888	1.2009	-0.3564	2.8534	-0.7952	-0.4907	0.8175	0.1928	0.402	0.1132	-0.4742	-0.6514	0.4748	0.5182	0.0315	-0.0849	0.6052	-0.1153	0.8275	12.9211	9.0747	-16.404
28	4.3278	-1.4314	3.8058	1.3988	-2.4014	4.7442	0.2255	0.2424	1.0889	-0.6079	0.0777	1.1451	-0.808	-0.4335	-0.4451	1.0084	0.3666	-0.1094	1.8285	0.0059	0.811	30.7564	-9.6161	-59.336
29	0.927	-0.9938	0.0356	3.565	-1.1716	0.5276	-0.0192	-0.1698	0.8107	-0.942	1.1691	-1.0711	0.3235	-0.1847	-0.4734	1.4612	0.1239	-0.1273	0.9986	0.2461	1.4014	34.7882	-8.4632	-61.4067
30	1.0946	-0.7218	2.0468	0.5275	-1.2977	3.8383	-0.923	-0.4498	0.7245	0.3047	-0.576	0.4516	-1.1282	-0.6639	1.0696	1.871	0.3097	-0.2216	1.4668	-0.1226	1.6337	34.1016	-0.7527	-58.0516
31	4.5318	2.4265	-2.4149	3.5561	1.741	5.372	1.1025	0.0079	-1.1477	0.3362	-0.0998	-1.01	-0.3592	0.1123	-0.3476	1.1342	0.1338	-0.2488	1.8162	0.285	1.1862	26.5439	-10.3473	-56.1441
32	7.7469	-5.0261	-0.2428	4.3676	-2.5202	7.072	-0.0137	1.551	0.6208	0.727	-0.3742	0.4772	-1.2134	0.1664	0.7967	1.195	0.2068	-0.1612	0.9461	-0.0688	1.0523	43.3655	-4.9671	-56.1422

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 452 THROUGH 508 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 509 THROUGH 520 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 521 THROUGH 538 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 540 THROUGH 576 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 577 THROUGH 583 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 584 THROUGH 591 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'A' AND (RESID 632 THROUGH 636 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'A' AND (RESID 637 THROUGH 645 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'A' AND (RESID 646 THROUGH 658 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'A' AND (RESID 659 THROUGH 670 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'A' AND (RESID 671 THROUGH 696 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'A' AND (RESID 707 THROUGH 739 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'A' AND (RESID 740 THROUGH 808 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN 'A' AND (RESID 809 THROUGH 828 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN 'A' AND (RESID 829 THROUGH 841 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN 'A' AND (RESID 842 THROUGH 861 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN 'A' AND (RESID 862 THROUGH 897 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN 'A' AND (RESID 898 THROUGH 919 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN 'A' AND (RESID 920 THROUGH 936 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN 'A' AND (RESID 937 THROUGH 961 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	CHAIN 'A' AND (RESID 962 THROUGH 976 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	CHAIN 'A' AND (RESID 978 THROUGH 1004 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	CHAIN 'A' AND (RESID 1005 THROUGH 1032 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	CHAIN 'A' AND (RESID 1033 THROUGH 1095 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	CHAIN 'A' AND (RESID 1096 THROUGH 1111 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	CHAIN 'A' AND (RESID 1135 THROUGH 1150 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	CHAIN 'A' AND (RESID 1151 THROUGH 1201 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	CHAIN 'A' AND (RESID 592 THROUGH 596 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	CHAIN 'A' AND (RESID 603 THROUGH 607 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	CHAIN 'A' AND (RESID 608 THROUGH 615 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	CHAIN 'A' AND (RESID 625 THROUGH 631 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	CHAIN 'A' AND (RESID 697 THROUGH 702 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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