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- PDB-5zqf: Crystal structure of human topoisomerase II beta in complex with ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5zqf | ||||||
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Title | Crystal structure of human topoisomerase II beta in complex with 5-iodouridine-containing-DNA in space group P3221 | ||||||
![]() |
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![]() | ISOMERASE/DNA / ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() positive regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / sister chromatid segregation / resolution of meiotic recombination intermediates / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chen, S.F. / Wang, Y.R. / Chan, N.L. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural insights into the gating of DNA passage by the topoisomerase II DNA-gate. Authors: Chen, S.F. / Huang, N.L. / Lin, J.H. / Wu, C.C. / Wang, Y.R. / Yu, Y.J. / Gilson, M.K. / Chan, N.L. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 317 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 251.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5zenC ![]() 5zrfC ![]() 3qx3S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 91928.367 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: DNA chain | Mass: 2436.619 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
#3: DNA/RNA hybrid | Mass: 2987.538 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
#4: Chemical |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.1 Å3/Da / Density % sol: 60.28 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: Magnesium Acetate, 2-(N-morpholino)ethanesulfonic, 2-methyl-2,4-pentanediol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: RAYONIX MX300HE / Detector: CCD / Date: Nov 24, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 3.87→30 Å / Num. obs: 11767 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 6.7 % / CC1/2: 0.97 / Net I/σ(I): 14.1 |
Reflection shell | Resolution: 3.87→4.01 Å / Rmerge(I) obs: 0.696 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 3QX3 Resolution: 3.873→19.904 Å / SU ML: 0.42 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 24.13 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.873→19.904 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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