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万見
- PDB-5z62: Structure of human cytochrome c oxidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z62
タイトルStructure of human cytochrome c oxidase
要素(Cytochrome c oxidase subunit ...シトクロムcオキシダーゼ) x 14
キーワードELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / cytochrome c oxidase (シトクロムcオキシダーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreduction-driven active transmembrane transporter activity / : / respiratory chain complex IV assembly / mitochondrial respirasome assembly / respiratory chain complex IV / Respiratory electron transport / respiratory gaseous exchange by respiratory system / regulation of oxidative phosphorylation / mitochondrial respiratory chain complex III / mitochondrial respiratory chain complex IV ...oxidoreduction-driven active transmembrane transporter activity / : / respiratory chain complex IV assembly / mitochondrial respirasome assembly / respiratory chain complex IV / Respiratory electron transport / respiratory gaseous exchange by respiratory system / regulation of oxidative phosphorylation / mitochondrial respiratory chain complex III / mitochondrial respiratory chain complex IV / mitochondrial respirasome / シトクロムcオキシダーゼ / 細胞呼吸 / 酸化的リン酸化 / response to copper ion / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / electron transport coupled proton transport / mitochondrial respiratory chain complex I / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / ATP synthesis coupled electron transport / enzyme regulator activity / response to electrical stimulus / 細胞呼吸 / respiratory electron transport chain / substantia nigra development / proton transmembrane transport / 授乳 / cerebellum development / response to nutrient / generation of precursor metabolites and energy / central nervous system development / ミトコンドリア / TP53 Regulates Metabolic Genes / Cytoprotection by HMOX1 / response to oxidative stress / ミトコンドリア内膜 / electron transfer activity / membrane => GO:0016020 / response to hypoxia / copper ion binding / heme binding / protein-containing complex binding / ミトコンドリア / 核質 / 生体膜 / metal ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c oxidase subunit 6C / : / NADH-ubiquinone reductase complex 1 MLRQ subunit / NADH-ubiquinone reductase complex 1 MLRQ subunit / Cytochrome C Oxidase; Chain F / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / Cytochrome C Oxidase; Chain D / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome C Oxidase; Chain K ...Cytochrome c oxidase subunit 6C / : / NADH-ubiquinone reductase complex 1 MLRQ subunit / NADH-ubiquinone reductase complex 1 MLRQ subunit / Cytochrome C Oxidase; Chain F / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / Cytochrome C Oxidase; Chain D / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome C Oxidase; Chain K / Cytochrome C Oxidase, chain K / Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa / Cytochrome C Oxidase; Chain I / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs / Cytochrome C Oxidase; Chain G / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome C Oxidase; Chain M / Cytochrome C Oxidase; Chain L / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Helix Hairpins - #90 / Cytochrome C Oxidase; Chain J / Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Cytochrome c oxidase, subunit 8 superfamily / Cytochrome oxidase c subunit VIII / Cytochrome c oxidase subunit VIIa, metazoa / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB domain superfamily / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa superfamily / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIc / Cytochrome C oxidase chain VIIB / Cytochrome C Oxidase; Chain A / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome c oxidase, subunit VIa, conserved site / Cytochrome c oxidase subunit VIa signature. / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV family / Cytochrome c oxidase subunit VIIc superfamily / Cytochrome c oxidase subunit IV superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome c oxidase, subunit VIa superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIa / Cytochrome c oxidase subunit Va / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / Cytochrome c oxidase, subunit VIb superfamily / Cytochrome oxidase c subunit VIb / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit 2, C-terminal / Cytochrome c oxidase subunit III domain / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding region signature. / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase, subunit Vb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding domain profile. / Cytochrome c oxidase subunit I domain / Cytochrome c oxidase, subunit II / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Few Secondary Structures / イレギュラー / Αソレノイド / Helix Hairpins / Arc Repressor Mutant, subunit A / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / サンドイッチ
類似検索 - ドメイン・相同性
CARDIOLIPIN / COPPER (II) ION / HEME-A / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / Cytochrome c oxidase subunit NDUFA4 / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase subunit 6C / Cytochrome c oxidase subunit 8A, mitochondrial ...CARDIOLIPIN / COPPER (II) ION / HEME-A / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / Cytochrome c oxidase subunit NDUFA4 / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase subunit 6C / Cytochrome c oxidase subunit 8A, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6A1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 7A2, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6B1 / Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Gu, J. / Zong, S. / Wu, M. / Yang, M.
資金援助 中国, 5件
組織認可番号国
National Basic Research Program of China(973 Program)2017YFA0504600 中国
National Basic Research Program of China(973 Program)2016YFA0501100 中国
National Science Foundation (China)31625008 中国
National Natural Science Foundation of China21532004 中国
National Natural Science Foundation of China31570733 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2018
タイトル: Structure of the intact 14-subunit human cytochrome c oxidase.
著者: Shuai Zong / Meng Wu / Jinke Gu / Tianya Liu / Runyu Guo / Maojun Yang /
要旨: Respiration is one of the most basic features of living organisms, and the electron transport chain complexes are probably the most complicated protein system in mitochondria. Complex-IV is the ...Respiration is one of the most basic features of living organisms, and the electron transport chain complexes are probably the most complicated protein system in mitochondria. Complex-IV is the terminal enzyme of the electron transport chain, existing either as randomly scattered complexes or as a component of supercomplexes. NDUFA4 was previously assumed as a subunit of complex-I, but recent biochemical data suggested it may be a subunit of complex-IV. However, no structural evidence supporting this notion was available till now. Here we obtained the 3.3 Å resolution structure of complex-IV derived from the human supercomplex IIIIIV and assigned the NDUFA4 subunit into complex-IV. Intriguingly, NDUFA4 lies exactly at the dimeric interface observed in previously reported crystal structures of complex-IV homodimer which would preclude complex-IV dimerization. Combining previous structural and biochemical data shown by us and other groups, we propose that the intact complex-IV is a monomer containing 14 subunits.
履歴
登録2018年1月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6896
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c oxidase subunit 1
B: Cytochrome c oxidase subunit 2
C: Cytochrome c oxidase subunit 3
D: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial
E: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial
F: Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial
G: Cytochrome c oxidase subunit 6A1, mitochondrial
H: Cytochrome c oxidase subunit 6B1
I: Cytochrome c oxidase subunit 6C
J: Cytochrome c oxidase subunit 7A2, mitochondrial
K: Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial
L: Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial
M: Cytochrome c oxidase subunit 8A, mitochondrial
N: Cytochrome c oxidase subunit NDUFA4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)216,23525
ポリマ－210,53814
非ポリマー5,69711
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area65930 Å2
ΔGint-589 kcal/mol
Surface area71290 Å2

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要素

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Cytochrome c oxidase subunit ... , 14種, 14分子 ABCDEFGHIJKLMN

#1: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 1 / シトクロムcオキシダーゼ / Cytochrome c oxidase polypeptide I


分子量: 57076.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00395, シトクロムcオキシダーゼ
#2: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 2 / / Cytochrome c oxidase polypeptide II


分子量: 25580.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00403
#3: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 3 / シトクロムcオキシダーゼ / Cytochrome c oxidase polypeptide III


分子量: 29844.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00414
#4: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial / シトクロムcオキシダーゼ / Cytochrome c oxidase polypeptide IV / Cytochrome c oxidase subunit IV isoform 1 / COX IV-1


分子量: 16890.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P13073
#5: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / シトクロムcオキシダーゼ / Cytochrome c oxidase polypeptide Va


分子量: 12517.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P20674
#6: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial / シトクロムcオキシダーゼ / Cytochrome c oxidase polypeptide Vb


分子量: 10627.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P10606
#7: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6A1, mitochondrial / シトクロムcオキシダーゼ / Cytochrome c oxidase polypeptide VIa-liver / Cytochrome c oxidase subunit VIA-liver / COX VIa-L


分子量: 8691.916 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P12074
#8: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6B1 / シトクロムcオキシダーゼ / Cytochrome c oxidase subunit VIb isoform 1 / COX VIb-1


分子量: 9757.906 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 5-86 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P14854
#9: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6C / シトクロムcオキシダーゼ / Cytochrome c oxidase polypeptide VIc


分子量: 8596.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P09669
#10: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 7A2, mitochondrial / シトクロムcオキシダーゼ / Cytochrome c oxidase subunit VIIa-liver/heart / Cytochrome c oxidase subunit VIIaL


分子量: 6196.190 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P14406
#11: タンパク質・ペプチド Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial / シトクロムcオキシダーゼ / Cytochrome c oxidase polypeptide VIIb


分子量: 5488.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P24311
#12: タンパク質・ペプチド Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial / シトクロムcオキシダーゼ / Cytochrome c oxidase polypeptide VIIc


分子量: 5363.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P15954
#13: タンパク質・ペプチド Cytochrome c oxidase subunit 8A, mitochondrial / シトクロムcオキシダーゼ / Cytochrome c oxidase polypeptide VIII-liver/heart / Cytochrome c oxidase subunit 8-2


分子量: 4769.651 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P10176
#14: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit NDUFA4 / シトクロムcオキシダーゼ


分子量: 9137.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O00483

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非ポリマー , 6種, 11分子

#15: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION / 銅


分子量: 63.546 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#16: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#17: 化合物 ChemComp-HEA / HEME-A / Heme A


分子量: 852.837 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H56FeN4O6
#18: 化合物 ChemComp-PEE / 1,2-Dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE / Discrete optimized protein energy


分子量: 749.073 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H83NO8P / コメント: DOPE, リン脂質*YM
#19: 化合物 ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL / Cardiolipin


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#20: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: human cytochrome c oxidaseシトクロムcオキシダーゼ
タイプ: COMPLEX / 詳細: 14 subunits / Entity ID: #1-#14 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 1.56 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1010000 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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