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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5z0w | ||||||
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タイトル | Crystal structure of HIV-1 fusion inhibitor SC29EK complexed with gp41 NHR (N36) | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/INHIBITOR (ウイルス性) / HIV fusion inhibitor / 6 helix bundle / VIRAL PROTEIN-INHIBITOR complex (ウイルス性) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / actin filament organization ...Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / actin filament organization / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.896 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, Z.X. / Qin, B. / Cui, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J. Virol. / 年: 2018 タイトル: Mechanism of HIV-1 Resistance to an Electronically Constrained alpha-Helical Peptide Membrane Fusion Inhibitor 著者: Wu, X. / Liu, Z. / Ding, X. / Yu, D. / Wei, H. / Qin, B. / Zhu, Y. / Chong, H. / Cui, S. / He, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5z0w.cif.gz | 26.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5z0w.ent.gz | 16 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5z0w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/5z0w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/5z0w | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5h0nS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4126.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 参照: UniProt: P04578*PLUS |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3746.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.64 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1M Tris-cl PH8.0, 28%w/v PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97775 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97775 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.896→35.597 Å / Num. obs: 4928 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.53 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/av σ(I): 11.21 / Net I/σ(I): 11.21 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2.01 Å / 冗長度: 4.24 % / Rmerge(I) obs: 0.845 / Mean I/σ(I) obs: 1.68 / Num. unique obs: 768 / CC1/2: 0.741 / % possible all: 97.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5H0N 解像度: 1.896→35.597 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 20.67
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.896→35.597 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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