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- PDB-5ywy: Crystal structure of the human prostaglandin E receptor EP4 in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ywy
タイトルCrystal structure of the human prostaglandin E receptor EP4 in complex with Fab and ONO-AE3-208
要素
  • Heavy chain of Fab fragment
  • Light chain of Fab fragment
  • Prostaglandin E2 receptor EP4 subtype,Prostaglandin E2 receptor EP4 subtype
キーワードSIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM / G-protein coupled receptor (Gタンパク質共役受容体) / lipid mediator / functional antibody / SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of eosinophil extravasation / prostaglandin E receptor activity / Prostanoid ligand receptors / negative regulation of integrin activation / response to nematode / T-helper cell differentiation / regulation of stress fiber assembly / negative regulation of cytokine production / regulation of ossification / response to mechanical stimulus ...negative regulation of eosinophil extravasation / prostaglandin E receptor activity / Prostanoid ligand receptors / negative regulation of integrin activation / response to nematode / T-helper cell differentiation / regulation of stress fiber assembly / negative regulation of cytokine production / regulation of ossification / response to mechanical stimulus / JNK cascade / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of cytokine production / 骨 / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of inflammatory response / cellular response to mechanical stimulus / cellular response to prostaglandin E stimulus / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (s) signalling events / response to lipopolysaccharide / 炎症 / 免疫応答 / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Prostanoid EP4 receptor / DP1受容体 / Prostanoid receptor / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / 抗体 / Immunoglobulin-like ...Prostanoid EP4 receptor / DP1受容体 / Prostanoid receptor / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7UR / Prostaglandin E2 receptor EP4 subtype
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Toyoda, Y. / Morimoto, K. / Suno, R. / Horita, S. / Iwata, S. / Kobayashi, T.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Science and Technology Agency 日本
Japan Agency for Medical Research and Development 日本
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2019
タイトル: Ligand binding to human prostaglandin E receptor EP4at the lipid-bilayer interface.
著者: Toyoda, Y. / Morimoto, K. / Suno, R. / Horita, S. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Sekiguchi, Y. / Yasuda, S. / Shiroishi, M. / Shimizu, T. / Urushibata, Y. / Kajiwara, Y. / Inazumi, T. / ...著者: Toyoda, Y. / Morimoto, K. / Suno, R. / Horita, S. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Sekiguchi, Y. / Yasuda, S. / Shiroishi, M. / Shimizu, T. / Urushibata, Y. / Kajiwara, Y. / Inazumi, T. / Hotta, Y. / Asada, H. / Nakane, T. / Shiimura, Y. / Nakagita, T. / Tsuge, K. / Yoshida, S. / Kuribara, T. / Hosoya, T. / Sugimoto, Y. / Nomura, N. / Sato, M. / Hirokawa, T. / Kinoshita, M. / Murata, T. / Takayama, K. / Yamamoto, M. / Narumiya, S. / Iwata, S. / Kobayashi, T.
履歴
登録2017年11月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月12日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22018年12月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prostaglandin E2 receptor EP4 subtype,Prostaglandin E2 receptor EP4 subtype
H: Heavy chain of Fab fragment
L: Light chain of Fab fragment
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,6574
ポリマ－91,2523
非ポリマー4041
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5430 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area33760 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)100.980, 390.150, 79.360
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Prostaglandin E2 receptor EP4 subtype,Prostaglandin E2 receptor EP4 subtype / PGE2 receptor EP4 subtype / Prostanoid EP4 receptor


分子量: 37063.547 Da / 分子数: 1
変異: N7Q, A62L, G106R, N177Q, 218-259 deletion,N7Q, A62L, G106R, N177Q, 218-259 deletion
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTGER4, PTGER2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P35408
#2: 抗体 Heavy chain of Fab fragment / FabH


分子量: 27574.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: hybrid (その他)
#3: 抗体 Light chain of Fab fragment / FabL


分子量: 26614.857 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: hybrid (その他)
#4: 化合物 ChemComp-7UR / 4-[4-cyano-2-[[(2R)-2-(4-fluoranylnaphthalen-1-yl)propanoyl]amino]phenyl]butanoic acid


分子量: 404.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H21FN2O3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 24-31% PEG 300, 150 mM potassium sulfate, 100 mM MES pH 5.5-6.5, 1% 1,2,3-heptantoriol
PH範囲: 5.5-6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 26463 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 52 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 3.2→3.33 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2210精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→48.879 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2515 1324 5 %
Rwork0.2224 --
obs0.2238 26463 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 253.38 Å2 / Biso mean: 82.0147 Å2 / Biso min: 14.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→48.879 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5577 0 30 0 5607
Biso mean--117.93 --
残基数----717
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025760
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6027852
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041897
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004975
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2113412
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2001-3.32820.34351450.301127472892100
3.3282-3.47960.32831450.272427542899100
3.4796-3.6630.30611450.252127492894100
3.663-3.89240.2751430.241827642907100
3.8924-4.19280.2211530.202827772930100
4.1928-4.61440.23091440.196327632907100
4.6144-5.28150.18171460.170228102956100
5.2815-6.65140.2021480.209528232971100
6.6514-48.8850.26971550.22722952310799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1996-0.7797-0.69266.5165-0.26773.2806-0.035-0.03150.944-0.71160.0978-0.0957-0.83660.0189-0.08221.6579-0.5614-0.02340.6288-0.09391.6455-39.7545-24.66415.2043
20.5674-0.22070.27010.4467-0.26381.18220.086-0.131.24410.0815-0.03830.1864-0.4908-0.11290.13422.28120.21480.04550.3105-0.36621.6531-51.9652-31.12795.9079
36.8043-2.54080.37282.0005-3.45036.4076-0.06980.52581.4925-1.09330.00130.6992-1.2103-0.41610.03151.86180.42540.10480.7482-0.29041.9022-63.873-22.04619.6586
41.5431-1.41230.28682.5466-0.4660.2177-0.10730.16130.6362-0.0824-0.0760.3544-1.2541-0.0720.16452.00790.07140.12070.3683-0.13111.24-54.7367-32.3931-4.9065
53.33371.03010.4544.9413-0.07522.55050.013-0.26070.28750.19350.0474-0.0664-0.4603-0.2338-0.03360.21560.04680.07130.2233-0.0750.2011-50.578-74.49371.1334
64.14721.18580.96652.45710.10783.10120.0568-0.55970.11980.42030.17060.1458-0.0147-0.3831-0.17910.23210.10050.07440.38840.13330.1654-34.2627-101.464214.2331
71.109-0.91133.04424.8212-1.40768.9901-0.10160.2740.13280.0282-0.0402-1.0188-0.11040.86850.09310.2976-0.07570.15890.4105-0.17610.4762-27.497-77.2976-11.8225
84.334-0.43830.22056.35980.71582.952-0.1574-0.33450.54260.6050.1339-0.5422-0.65690.63670.05340.3778-0.11780.03930.2668-0.12970.3838-31.0106-69.463-6.4689
92.6813-2.12611.22582.2618-0.50280.94510.02170.09730.1534-0.0255-0.1931-0.19350.1326-0.08110.17870.1654-0.02310.03380.2363-0.05110.2141-31.6759-91.66340.0166
105.30150.96830.08966.33280.97663.2793-0.108-0.086-0.49140.20610.10720.30810.4938-0.10060.00470.1372-0.0115-0.07360.37960.03150.1552-26.1248-108.79671.9795
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 18 through 49 )A18 - 49
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 50 through 122 )A50 - 122
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 123 through 156 )A123 - 156
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 157 through 346 )A157 - 346
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 20 through 138 )H20 - 138
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 139 through 242 )H139 - 242
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'L' and (resid 23 through 40 )L23 - 40
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'L' and (resid 41 through 112 )L41 - 112
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'L' and (resid 113 through 150 )L113 - 150
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'L' and (resid 151 through 236 )L151 - 236

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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