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万見
- PDB-5ywk: Crystal structure of Arabidopsis thaliana HPPD complexed with Ben... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ywk
タイトルCrystal structure of Arabidopsis thaliana HPPD complexed with Benquitrione-Methyl
要素4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase4-ヒドロキシフェニルピルビン酸ジオキシゲナーゼ
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase (4-ヒドロキシフェニルピルビン酸ジオキシゲナーゼ) / Herbicide (除草剤) / drug discovery (創薬)
機能・相同性
機能・相同性情報


4-ヒドロキシフェニルピルビン酸ジオキシゲナーゼ / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase activity / tyrosine catabolic process / L-phenylalanine catabolic process / iron ion binding / identical protein binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
4-ヒドロキシフェニルピルビン酸ジオキシゲナーゼ / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, C-terminal / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, N-terminal / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase ...4-ヒドロキシフェニルピルビン酸ジオキシゲナーゼ / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, C-terminal / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, N-terminal / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-92X / : / 4-ヒドロキシフェニルピルビン酸ジオキシゲナーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.804 Å
データ登録者Yang, W.C. / Lin, H.Y.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (China)21672079 中国
National Science Foundation (China)21332004 中国
引用ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2021
タイトル: Structure-Guided Discovery of Silicon-Containing Subnanomolar Inhibitor of Hydroxyphenylpyruvate Dioxygenase as a Potential Herbicide.
著者: Qu, R.Y. / Nan, J.X. / Yan, Y.C. / Chen, Q. / Ndikuryayo, F. / Wei, X.F. / Yang, W.C. / Lin, H.Y. / Yang, G.F.
履歴
登録2017年11月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
B: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,7026
ポリマ－97,7482
非ポリマー9554
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3100 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area29180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.753, 95.753, 194.584
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase / 4-ヒドロキシフェニルピルビン酸ジオキシゲナーゼ / 4-hydroxyphenylpyruvic acid oxidase / HPPDase


分子量: 48873.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: HPD, PDS1, At1g06570, F12K11.9
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG
参照: UniProt: P93836, 4-ヒドロキシフェニルピルビン酸ジオキシゲナーゼ
#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物 ChemComp-92X / 1,5-dimethyl-3-(2-methylphenyl)-6-(2-oxidanyl-6-oxidanylidene-cyclohexen-1-yl)carbonyl-quinazoline-2,4-dione


分子量: 418.442 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H22N2O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.09 %
結晶化温度: 291.16 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 33% PEG 400, 0.1M sodium chloride, 0.1M Sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97881 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97881 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.804→50 Å / Num. obs: 22388 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 12.2 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 17.89
反射 シェル解像度: 2.804→2.904 Å / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.242 / Num. unique obs: 1120

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TFZ

1tfz


解像度: 2.804→38.519 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.41
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2946 1153 5.16 %
Rwork0.2467 --
obs0.2493 22348 97.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.804→38.519 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5690 0 64 2 5756
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095891
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7887964
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.8292109
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.252869
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041023
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8036-2.93120.33131310.24982659X-RAY DIFFRACTION99
2.9312-3.08560.33441430.25822663X-RAY DIFFRACTION100
3.0856-3.27890.32121610.27022639X-RAY DIFFRACTION100
3.2789-3.53190.29451500.2452670X-RAY DIFFRACTION99
3.5319-3.8870.27571490.23212621X-RAY DIFFRACTION97
3.887-4.44870.25391300.21652522X-RAY DIFFRACTION93
4.4487-5.60220.22381320.23652578X-RAY DIFFRACTION93
5.6022-38.52310.35951570.27522843X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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