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万見
- PDB-5yh1: Member of s1p family of ribosomal proteins PF0399 DHH domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yh1
タイトルMember of s1p family of ribosomal proteins PF0399 DHH domain
要素Member of s1p family of ribosomal proteins
キーワードRIBOSOMAL PROTEIN / PF0399 / DHH Domain
機能・相同性
機能・相同性情報


heat shock protein binding / unfolded protein binding / nucleic acid binding / リボソーム
類似検索 - 分子機能
Heat shock protein DnaJ, cysteine-rich domain / Zinc finger CR-type profile. / Heat shock protein DnaJ, cysteine-rich domain superfamily / DHH phosphoesterase superfamily / RNA-binding domain, S1 / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / S1 domain profile. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain ...Heat shock protein DnaJ, cysteine-rich domain / Zinc finger CR-type profile. / Heat shock protein DnaJ, cysteine-rich domain superfamily / DHH phosphoesterase superfamily / RNA-binding domain, S1 / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / S1 domain profile. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Member of s1p family of ribosomal proteins
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Song, Y. / Liu, X.P.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
the National Natural Science Foundation of China31371260 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Member of s1p family of ribosomal proteins PF0399 DHH domain
著者: Song, Y. / Liu, X.P.
履歴
登録2017年9月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Member of s1p family of ribosomal proteins
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0966
ポリマ－50,6731
非ポリマー4235
水2,864159
1
A: Member of s1p family of ribosomal proteins
ヘテロ分子

A: Member of s1p family of ribosomal proteins
ヘテロ分子

A: Member of s1p family of ribosomal proteins
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,28818
ポリマ－152,0183
非ポリマー1,27015
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area7310 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area54510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.500, 132.500, 212.245
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 Member of s1p family of ribosomal proteins


分子量: 50672.602 Da / 分子数: 1 / 断片: DHH domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (strain ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1) (ピュロコックス・フリオスス)
株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: PF0399 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U3Q7
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.84 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 4% (V/V) PEG 400 100 mM Sodium acetate/ Acetic acid pH 5.5 2000 mM Lithium sulfate 100 mM Magnesium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→50 Å / Num. obs: 56239 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 33.6 % / Net I/σ(I): 15

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
Cootモデル構築
AutoSol位相決定
HKL-3000data processing
精密化解像度: 2.18→25.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 3.23 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.202 2583 5.1 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.187 48383 87.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20.02 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.18→25.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3503 0 25 159 3687
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0193607
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023501
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.131.9854869
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.73238086
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.065438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.76223.916166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.85615609
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2251522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2529
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213984
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02780
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3813.2811755
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3813.2811754
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2374.9162192
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2374.9162193
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1783.6161852
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.1773.6161852
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.4985.2832678
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.17626.4984145
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.17526.4984145
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.18→2.24 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 110 -
Rwork0.233 2180 -
obs--54.56 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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