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万見
- PDB-5yc8: Crystal structure of rationally thermostabilized M2 muscarinic ac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yc8
タイトルCrystal structure of rationally thermostabilized M2 muscarinic acetylcholine receptor bound with NMS (Hg-derivative)
要素Muscarinic acetylcholine receptor M2,Redesigned apo-cytochrome b562,Muscarinic acetylcholine receptor M2
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / GPCR crystallography / rationally thermostabilized mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


Muscarinic acetylcholine receptors / symmetric synapse / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G protein-coupled acetylcholine receptor activity / regulation of smooth muscle contraction / cholinergic synapse / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor activity / arrestin family protein binding / regulation of heart contraction ...Muscarinic acetylcholine receptors / symmetric synapse / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G protein-coupled acetylcholine receptor activity / regulation of smooth muscle contraction / cholinergic synapse / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor activity / arrestin family protein binding / regulation of heart contraction / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / asymmetric synapse / axon terminus / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / response to virus / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / presynaptic membrane / nervous system development / G alpha (i) signalling events / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / G protein-coupled receptor signaling pathway / neuronal cell body / glutamatergic synapse / シナプス / 樹状突起 / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Muscarinic acetylcholine receptor M2 / Muscarinic acetylcholine receptor family / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
N-methyl scopolamine / : / Muscarinic acetylcholine receptor M2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Suno, R. / Maeda, S. / Yasuda, S. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Horita, S. / Tawaramoto, M.S. / Tsujimoto, H. / Murata, T. / Kinoshita, M. ...Suno, R. / Maeda, S. / Yasuda, S. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Horita, S. / Tawaramoto, M.S. / Tsujimoto, H. / Murata, T. / Kinoshita, M. / Yamamoto, M. / Kobilka, B.K. / Iwata, S. / Kobayashi, T.
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Structural insights into the subtype-selective antagonist binding to the M2muscarinic receptor
著者: Suno, R. / Lee, S. / Maeda, S. / Yasuda, S. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Horita, S. / Tawaramoto, M.S. / Tsujimoto, H. / Murata, T. / Kinoshita, M. / Yamamoto, M. / Kobilka, B.K. / Vaidehi, ...著者: Suno, R. / Lee, S. / Maeda, S. / Yasuda, S. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Horita, S. / Tawaramoto, M.S. / Tsujimoto, H. / Murata, T. / Kinoshita, M. / Yamamoto, M. / Kobilka, B.K. / Vaidehi, N. / Iwata, S. / Kobayashi, T.
履歴
登録2017年9月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Muscarinic acetylcholine receptor M2,Redesigned apo-cytochrome b562,Muscarinic acetylcholine receptor M2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2135
ポリマ－47,2931
非ポリマー9204
水39622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area330 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area20850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.520, 59.000, 89.220
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.890, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Muscarinic acetylcholine receptor M2,Redesigned apo-cytochrome b562,Muscarinic acetylcholine receptor M2


分子量: 47293.207 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 10-214,UNP residues 377-466 / 変異: S110R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHRM2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P08172
#2: 化合物 ChemComp-3C0 / N-methyl scopolamine / (1R,2R,4S,5S,7s)-7-{[(2S)-3-hydroxy-2-phenylpropanoyl]oxy}-9,9-dimethyl-3-oxa-9-azoniatricyclo[3.3.1.0~2,4~]nonane / Methylscopolamine bromide


分子量: 318.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H24NO4 / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION / 水銀


分子量: 200.590 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: Hg
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 50mM MES-NaOH pH 6.2-7.0, 26-32% PEG300, 300~500mM Ammonium Fluoride, 1% 1,2,3-heptanetriol, 0.5mM NMS and 5% DMSO, 1mM HgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→49.03 Å / Num. obs: 32428 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.491 % / Biso Wilson estimate: 36.98 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.487 / Rrim(I) all: 0.508 / Χ2: 1.184 / Net I/σ(I): 7.27
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.5-2.6512.1034.9791.0651820.4385.19799.9
2.65-2.8312.3492.7091.6648870.642.825100
2.83-3.0612.491.5272.5446700.8011.591100.1
3.06-3.3512.6170.8854.0242350.8940.92299.9
3.35-3.7412.6070.4696.9837700.9680.489100
3.74-4.3212.6610.23712.8533920.9860.24899.9
4.32-5.2812.6870.17517.3328620.9920.18299.9
5.28-7.4312.7170.15817.8922050.9930.165100
7.43-49.0312.5710.09627.9612250.9970.199.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX1.11.1_2575位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5XBB

5xbb
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.5→49.03 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.23
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2703 1728 5.33 %
Rwork0.2371 --
obs0.2388 32414 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 174.55 Å2 / Biso mean: 63.5492 Å2 / Biso min: 19.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→49.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3042 0 26 22 3090
Biso mean--40.9 39.51 -
残基数----384
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023144
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4914291
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036511
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004518
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.471887
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.5001-2.57370.29531490.315125612710
2.5737-2.65680.36261410.297625442685
2.6568-2.75170.32511400.281125752715
2.7517-2.86190.29251430.266825172660
2.8619-2.99210.24051400.253825812721
2.9921-3.14980.28681520.253425872739
3.1498-3.34710.3041380.249925632701
3.3471-3.60550.29091490.243725412690
3.6055-3.96820.21671390.214725772716
3.9682-4.54210.23851490.206725392688
4.5421-5.72110.34911530.234225442697
5.7211-49.03990.20021350.205325572692
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9517-1.324-0.05091.9012-0.93725.0678-0.0339-0.01970.03790.18060.08760.0369-0.0855-0.0135-0.04910.2299-0.00630.04190.1279-0.03190.3072171.279435.5983533.1464
21.0286-0.0534-0.53543.1597-1.51752.2668-0.045-0.1159-0.00890.1431-0.0691-0.1798-0.07750.48210.12470.1814-0.0266-0.00930.3444-0.03060.3042189.354331.5579531.8703
39.24110.26722.3514.944.14783.9767-0.5545-1.4465-0.19920.8484-0.2629-0.36910.5828-0.17050.40970.31280.2139-0.04140.2423-0.04640.4094187.291214.5998542.8896
42.53510.3312-3.18852.54312.31196.9746-0.47810.18430.6829-0.00440.5962-0.61680.34290.974-0.11491.03570.1233-0.09561.2940.20480.6365171.408915.6593564.9558
55.8933-0.88191.3873.9776-0.71415.0177-0.5176-1.0348-1.052-0.24230.9351-0.10270.05960.0059-0.39131.15230.11940.01591.07240.13350.6809170.888512.142572.0083
63.551-0.14040.16271.15170.87481.04960.19890.1491-0.146-0.35010.43980.35191.2204-0.6321-0.29121.2812-0.2015-0.29332.02070.60490.8937166.2813.0564579.2525
72.6101-0.0292.62632.24360.62092.85670.1238-1.5875-0.26520.5571-0.04350.1469-0.2252-0.4471-0.13391.0513-0.0653-0.02721.18390.03820.8708163.925720.7694573.7725
84.71660.1995-1.12944.77-0.48196.7199-0.0327-0.4238-0.09820.24610.05830.0064-0.2774-0.1065-0.0170.17570.0157-0.02220.13050.01320.3089179.228119.6999536.7767
91.988-0.5002-2.07773.96723.55097.7310.0086-0.28130.03120.3112-0.08820.1573-0.0459-0.04880.11040.2861-0.0422-0.05040.29060.0640.3238171.224928.8013536.3583
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 16 through 92 )A16 - 92
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 93 through 195 )A93 - 195
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 196 through 213 )A196 - 213
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 214 or (resid 1001 through 1018 ))A214 - 1018
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 1019 through 1055 )A1019 - 1055
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 1056 through 1080 )A1056 - 1080
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and ((resid 1081 through 1106) or (resid 380 through 380) )A1081 - 380
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 381 through 411 )A381 - 411
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 412 through 458 )A412 - 458

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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