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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5yax | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a human neutralizing antibody bound to a HBV preS1 peptide | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / HBV / NTCP / preS1 / antibody (抗体) / Fc receptor (Fc受容体) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / virion membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, X. / Zheng, S. / Ye, K. / Sui, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2017 タイトル: A potent human neutralizing antibody Fc-dependently reduces established HBV infections 著者: Li, D. / He, W. / Liu, X. / Zheng, S. / Qi, Y. / Li, H. / Mao, F. / Liu, J. / Sun, Y. / Pan, L. / Du, K. / Ye, K. / Li, W. / Sui, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5yax.cif.gz | 101.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5yax.ent.gz | 80.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5yax.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/5yax ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/5yax | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 25737.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: scFv / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #2: タンパク質 | | 分子量: 6520.975 Da / 分子数: 1 / Fragment: PreS1 peptide, UNP residues 2-59 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス) 株: isolate S472-20 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2CXZ0 #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.98 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: sodium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 19392 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.144 / Χ2: 1.656 / Net I/σ(I): 17.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.321 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / Num. unique obs: 886 / Χ2: 1.114 / % possible all: 94.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.5→19.923 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.23 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.923 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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