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- PDB-5y2d: Crystal structure of H. pylori HtrA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y2d
タイトルCrystal structure of H. pylori HtrA
要素
  • (UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK- ...) x 2
  • Periplasmic serine endoprotease DegP-like
  • UNK-UNK-K-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK
  • UNK-UNK-UNK
  • UNK-UNK-UNK-UNK-UNK
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Serine protease (セリンプロテアーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidase Do / metalloendopeptidase activity / ペリプラズム / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解
類似検索 - 分子機能
Peptidase M50 / Peptidase family M50 / Peptidase S1C, Do / PDZドメイン / Peptidase S1C / Trypsin-like peptidase domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZドメイン / PDZ superfamily ...Peptidase M50 / Peptidase family M50 / Peptidase S1C, Do / PDZドメイン / Peptidase S1C / Trypsin-like peptidase domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZドメイン / PDZ superfamily / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Periplasmic serine endoprotease DegP-like
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.70009854828 Å
データ登録者Zhang, Z. / Huang, Q. / Tao, X.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: The unique trimeric assembly of the virulence factor HtrA fromHelicobacter pylorioccurs via N-terminal domain swapping.
著者: Zhang, Z. / Huang, Q. / Tao, X. / Song, G. / Zheng, P. / Li, H. / Sun, H. / Xia, W.
履歴
登録2017年7月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Periplasmic serine endoprotease DegP-like
B: UNK-UNK-UNK
C: UNK-UNK-UNK-UNK-UNK
D: UNK-UNK-K-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK
E: UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK
F: UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1496
ポリマ－53,1496
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1150 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area16440 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)128.880, 128.880, 184.536
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Space group name HallR32"

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Periplasmic serine endoprotease DegP-like


分子量: 50370.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: ATCC 700392 / 26695 / 遺伝子: hp1018/19 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: G2J5T2, peptidase Do

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タンパク質・ペプチド , 3種, 3分子 BCD

#2: タンパク質・ペプチド UNK-UNK-UNK


分子量: 231.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)
株: 26695 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質・ペプチド UNK-UNK-UNK-UNK-UNK


分子量: 373.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)
株: 26695 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: タンパク質・ペプチド UNK-UNK-K-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK


分子量: 786.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)
株: 26695 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK- ... , 2種, 2分子 EF

#5: タンパク質・ペプチド UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK


分子量: 586.638 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)
株: 26695 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#6: タンパク質・ペプチド UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK


分子量: 799.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)
株: 26695 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.1 M DL-malic acid pH 7.0, 0.1 M HEPES pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17B1 / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→50 Å / Num. obs: 6505 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.1 % / Biso Wilson estimate: 63.8079972517 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.123 / Χ2: 1.04 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.72-3.8111.40.4884490.9440.1520.5111.055100
3.81-3.9111.30.3824460.9690.1190.41.069100
3.91-4.0311.20.2874700.9860.090.3011.049100
4.03-4.1611.30.2114370.9880.0650.2211.034100
4.16-4.3111.20.1854490.9940.0580.1941.061100
4.31-4.4811.20.1314460.9950.0410.1380.951100
4.48-4.6811.30.134530.9950.040.1360.966100
4.68-4.9311.20.1254580.9950.0390.1310.973100
4.93-5.2411.20.1224500.9960.0380.1281.027100
5.24-5.6411.10.1214620.9940.0380.1271.028100
5.64-6.21110.0854640.9970.0270.0890.961100
6.21-7.1110.0694600.9970.0220.0730.855100
7.1-8.9410.80.0544800.9950.0170.0560.884100
8.94-509.80.0494920.9980.0170.0521.85999.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-3000データ削減
PHENIX位相決定
精密化解像度: 3.70009854828→44.4946700101 Å / SU ML: 0.468111806412 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35739823429 / 位相誤差: 34.0435691982
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334427242849 628 9.67791647403 %
Rwork0.331273373157 5861 -
obs0.331574575122 6489 99.8461301739 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.0221781202 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.70009854828→44.4946700101 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1853 0 0 0 1853
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01173719557031858
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.942827151472525
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.120142624119326
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0079644172896332
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.8808413763563
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.7001-4.07220.2954379626721470.286846666411444X-RAY DIFFRACTION99.9371859296
4.0722-4.66090.3171899203281620.3009931103381439X-RAY DIFFRACTION100
4.6609-5.87020.3896440444721570.3795655743361466X-RAY DIFFRACTION100
5.8702-44.49790.3364767031031620.3481130047371512X-RAY DIFFRACTION99.4652406417

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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