+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5xuy | ||||||
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Title | Crystal structure of ATG101-ATG13HORMA | ||||||
Components |
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Keywords | PROTEIN BINDING / AUTOPHAGY / ATG101 / ATG13 / HORMA | ||||||
Function / homology | Function and homology information regulation of protein lipidation / Atg1/ULK1 kinase complex / response to mitochondrial depolarisation / protein localization to phagophore assembly site / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / protein kinase regulator activity / phagophore assembly site / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / Macroautophagy ...regulation of protein lipidation / Atg1/ULK1 kinase complex / response to mitochondrial depolarisation / protein localization to phagophore assembly site / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / protein kinase regulator activity / phagophore assembly site / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / Macroautophagy / mitophagy / autophagosome assembly / autophagosome / positive regulation of autophagy / protein serine/threonine kinase activator activity / negative regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / mitochondrion / identical protein binding / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Kim, B.-W. / Song, H.K. | ||||||
Citation | Journal: Autophagy / Year: 2018 Title: The C-terminal region of ATG101 bridges ULK1 and PtdIns3K complex in autophagy initiation. Authors: Kim, B.-W. / Jin, Y. / Kim, J. / Kim, J.H. / Jung, J. / Kang, S. / Kim, I.Y. / Kim, J. / Cheong, H. / Song, H.K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5xuy.cif.gz | 315.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5xuy.ent.gz | 258.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5xuy.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/5xuy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/5xuy | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 21319.652 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 1-190 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: ATG13, KIAA0652 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: O75143 #2: Protein | Mass: 24862.424 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: K40A/K41A/E42A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: ATG101, C12orf44, PP894 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q9BSB4 #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.93 Å3/Da / Density % sol: 57.97 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1M HEPES (pH7.5), 0.2M MgCl2, 6-8% (w/v) PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PAL/PLS / Beamline: 5C (4A) / Wavelength: 0.9795 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 11, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.2→50 Å / Num. obs: 53628 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 4 % / Biso Wilson estimate: 52.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.072 / Χ2: 2.175 / Net I/av σ(I): 35.618 / Net I/σ(I): 15.3 / Num. measured all: 214451 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.2→31.464 Å / SU ML: 0.43 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 37.04
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 189.01 Å2 / Biso mean: 79.4701 Å2 / Biso min: 31.74 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.2→31.464 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 63.7379 Å / Origin y: 28.781 Å / Origin z: 221.3517 Å
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Refinement TLS group |
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