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Yorodumi- PDB-5xou: Crystal structure of T. thermophilus Argonaute protein complexed ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5xou | |||||||||||||||
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Title | Crystal structure of T. thermophilus Argonaute protein complexed with a bulge 7T8 on the guide strand | |||||||||||||||
Components |
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Keywords | DNA BINDING PROTEIN / Argonaute / Bulge / miRNA / mismatch | |||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information Hydrolases; Acting on ester bonds; Site specific endodeoxyribonucleases: cleavage is not sequence specific (deleted sub-subclass) / clearance of foreign intracellular DNA / DNA endonuclease activity / manganese ion binding / DNA replication / DNA binding / RNA binding Similarity search - Function | |||||||||||||||
Biological species | Thermus thermophilus (bacteria) | |||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.63 Å | |||||||||||||||
Authors | Sheng, G. / Wang, J. / Zhao, H. / Wang, Y. | |||||||||||||||
Funding support | China, 4items
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Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2017 Title: Structure/cleavage-based insights into helical perturbations at bulge sites within T. thermophilus Argonaute silencing complexes Authors: Sheng, G. / Gogakos, T. / Wang, J. / Zhao, H. / Serganov, A. / Juranek, S. / Tuschl, T. / Patel, D.J. / Wang, Y. | |||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5xou.cif.gz | 523.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5xou.ent.gz | 421.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5xou.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xo/5xou ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xo/5xou | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5xowC 5xp8C 5xpaC 5xpgC 5xq2C 4kpyS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 76727.750 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: D546N Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (bacteria) Strain: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / Gene: TT_P0026 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q746M7 #2: DNA chain | Mass: 6892.458 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Thermus thermophilus (bacteria) #3: DNA chain | Mass: 5708.726 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Thermus thermophilus (bacteria) #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.91 Å3/Da / Density % sol: 57.74 % |
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Crystal grow | Temperature: 308 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 3.0 M NaAc.3H2O, 100 mM Bis-Tris propane, pH 7.0-7.2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 298 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U1 / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: May 12, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→50 Å / Num. obs: 60975 / % possible obs: 97.5 % / Redundancy: 4.9 % / Net I/σ(I): 17.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.63→2.72 Å / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 95.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4KPY Resolution: 2.63→43.17 Å / SU ML: 0.53 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / Phase error: 31.54 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.63→43.17 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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