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- PDB-5xj0: T. thermophilus RNA polymerase holoenzyme bound with gp39 and gp76 -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5xj0 | ||||||
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Title | T. thermophilus RNA polymerase holoenzyme bound with gp39 and gp76 | ||||||
![]() |
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![]() | TRANSFERASE/TRANSCRIPTION / Transcription regulation by bacteriophage-encoded proteins / TRANSFERASE-TRANSCRIPTION complex | ||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ooi, W.Y. / Murayama, Y. / Mekler, V. / Minakhin, L. / Severinov, K. / Yokoyama, S. / Sekine, S. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: A Thermus phage protein inhibits host RNA polymerase by preventing template DNA strand loading during open promoter complex formation Authors: Ooi, W.Y. / Murayama, Y. / Mekler, V. / Minakhin, L. / Severinov, K. / Yokoyama, S. / Sekine, S.I. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 751 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 599.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3wodS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4 types, 5 molecules ABCDE
#1: Protein | ![]() Mass: 35056.164 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Protein | | ![]() Mass: 125436.539 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: Protein | | ![]() Mass: 170997.391 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() ![]() ![]() #4: Protein | | ![]() Mass: 11533.316 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Protein , 3 types, 4 molecules FGHY
#5: Protein | Mass: 48598.031 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() ![]() | ||
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#6: Protein | ![]() Mass: 16515.846 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #7: Protein | | Mass: 6114.670 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-Non-polymers , 1 types, 1 molecules ![](data/chem/img/ZN.gif)
#8: Chemical | ChemComp-ZN / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 5.98 Å3/Da / Density % sol: 79.45 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 50% tacsimate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 90 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 8, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 4→50 Å / Num. obs: 93258 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 121.81 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.202 / Rpim(I) all: 0.085 / Rrim(I) all: 0.213 / Χ2: 0.874 / Net I/σ(I): 2.9 / Num. measured all: 890829 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 3WOD Resolution: 4.004→49.777 Å / SU ML: 0.54 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 26.97 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 405.52 Å2 / Biso mean: 160.5078 Å2 / Biso min: 31.12 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 4.004→49.777 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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