+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5xg8 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Galectin-13/Placental Protein 13 variant R53H crystal structure | ||||||
要素 | Galactoside-binding soluble lectin 13 | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / disulfide bond (ジスルフィド) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lysophospholipase activity / phospholipid metabolic process / nuclear matrix / carbohydrate binding / nuclear body / apoptotic process / 核質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, Y. / Su, J.Y. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018 タイトル: Galectin-13, a different prototype galectin, does not bind beta-galacto-sides and forms dimers via intermolecular disulfide bridges between Cys-136 and Cys-138 著者: Su, J. / Wang, Y. / Si, Y. / Gao, J. / Song, C. / Cui, L. / Wu, R. / Tai, G. / Zhou, Y. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5xg8.cif.gz | 64.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5xg8.ent.gz | 51.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5xg8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/5xg8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/5xg8 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15985.277 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-139 / 変異: R53H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS13, PLAC8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UHV8 |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.93 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→19.092 Å / Num. obs: 20107 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.2 % / Net I/σ(I): 18.3 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.55→19.092 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.44 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 95.82 Å2 / Biso mean: 30.9956 Å2 / Biso min: 17.12 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.55→19.092 Å
|