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万見
- PDB-5xet: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis methionyl-tRNA sy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xet
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis methionyl-tRNA synthetase bound by methionyl-adenylate (Met-AMP)
要素Methionine--tRNA ligase
キーワードLIGASE (リガーゼ) / synthetase / aminoacyl-tRNA synthetase (アミノアシルtRNA合成酵素) / complex / ATP (アデノシン三リン酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


メチオニンtRNAリガーゼ / methionine-tRNA ligase activity / methionyl-tRNA aminoacylation / ATP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Methionyl-trna Synthetase; domain 2 / Methionyl-trna Synthetase; domain 2 - #10 / Methionine-tRNA synthetase, type 2 / Anticodon binding domain of methionyl tRNA ligase / メチオニンtRNAリガーゼ / Methioninyl-tRNA synthetase core domain / Methionyl-tRNA synthetase, anticodon-binding domain / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Methionyl/Leucyl tRNA synthetase ...Methionyl-trna Synthetase; domain 2 / Methionyl-trna Synthetase; domain 2 - #10 / Methionine-tRNA synthetase, type 2 / Anticodon binding domain of methionyl tRNA ligase / メチオニンtRNAリガーゼ / Methioninyl-tRNA synthetase core domain / Methionyl-tRNA synthetase, anticodon-binding domain / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Methionyl/Leucyl tRNA synthetase / tRNA synthetases class I (M) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia, anticodon-binding / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Beta Complex / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ME8 / Methionine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Wang, W. / Qin, B. / Wojdyla, J.A. / Wang, M. / Gao, X. / Cui, S.
引用ジャーナル: IUCrJ / 年: 2018
タイトル: Structural characterization of free-state and product-stateMycobacterium tuberculosismethionyl-tRNA synthetase reveals an induced-fit ligand-recognition mechanism.
著者: Wang, W. / Qin, B. / Wojdyla, J.A. / Wang, M. / Gao, X. / Cui, S.
履歴
登録2017年4月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_first ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Methionine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,0828
ポリマ－59,4201
非ポリマー6627
水3,243180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area460 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area20730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)198.017, 198.017, 39.161
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Methionine--tRNA ligase / Methionyl-tRNA synthetase / MetRS


分子量: 59419.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Ra (結核菌)
株: ATCC 25177 / H37Ra / 遺伝子: metG, MRA_1016
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: A5U150, メチオニンtRNAリガーゼ
#2: 化合物 ChemComp-ME8 / [[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-dihydroxy-oxolan-2-yl]methoxy-hydroxy-phosphoryl] (2S)-2-azanyl-4-methylsulfanyl-butanoate / L-methionine-AMP / methionyl-adenylate / 5′-O-[ヒドロキシ[(L-メチオニル)オキシ]ホスフィニル]アデノシン


分子量: 478.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C15H23N6O8PS
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.9
詳細: 0.2M Lithium sulfate monohydrate, 19% PEG 3350, bis tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97776 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97776 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→37.42 Å / Num. obs: 49191 / % possible obs: 89.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 45.55 Å2 / CC1/2: 0.973 / Rmerge(I) obs: 0.156 / Net I/σ(I): 4.77
反射 シェル解像度: 2.38→2.54 Å / 冗長度: 2.13 % / Rmerge(I) obs: 0.585 / Mean I/σ(I) obs: 1.61 / Num. unique obs: 8103 / CC1/2: 0.68 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
Coot0.8.6モデル構築
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2x1l

2x1l


解像度: 2.38→37.42 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 27.08
詳細: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS AND I_PLUS/MINUS COLUMNS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2511 1164 5.09 %
Rwork0.2009 --
obs0.2035 22866 99.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.38→37.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3995 0 40 180 4215
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084134
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8045631
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4562422
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044616
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005733
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.38-2.48830.31391600.27382709X-RAY DIFFRACTION100
2.4883-2.61950.34331210.2632776X-RAY DIFFRACTION100
2.6195-2.78350.26991580.2462698X-RAY DIFFRACTION100
2.7835-2.99840.2991510.23552716X-RAY DIFFRACTION100
2.9984-3.30.27751490.22282701X-RAY DIFFRACTION100
3.3-3.77710.30451290.1942709X-RAY DIFFRACTION99
3.7771-4.75720.18531360.15612710X-RAY DIFFRACTION99
4.7572-37.42630.19961600.16942683X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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