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- PDB-5xdr: Crystal structure of human DEAH-box RNA helicase DHX15 in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xdr
タイトルCrystal structure of human DEAH-box RNA helicase DHX15 in complex with ADP
要素Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DHX15
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / RNA helicase (ヘリカーゼ) / DEAH-box / DHX15 / Prp43
機能・相同性
機能・相同性情報


U12-type spliceosomal complex / ATP-dependent activity, acting on RNA / response to alkaloid / antiviral innate immune response / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / helicase activity / spliceosomal complex / response to toxic substance / 転写後修飾 ...U12-type spliceosomal complex / ATP-dependent activity, acting on RNA / response to alkaloid / antiviral innate immune response / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / helicase activity / spliceosomal complex / response to toxic substance / 転写後修飾 / mRNA splicing, via spliceosome / double-stranded RNA binding / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / defense response to virus / RNA helicase activity / ヘリカーゼ / nuclear speck / defense response to bacterium / 核小体 / ATP hydrolysis activity / RNA binding / 核質 / ATP binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
DHX15, DEXH-box helicase domain / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. ...DHX15, DEXH-box helicase domain / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ATP-dependent RNA helicase DHX15
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Murakami, K. / Nakano, K. / Shimizu, T. / Ohto, U.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2017
タイトル: The crystal structure of human DEAH-box RNA helicase 15 reveals a domain organization of the mammalian DEAH/RHA family
著者: Murakami, K. / Nakano, K. / Shimizu, T. / Ohto, U.
履歴
登録2017年3月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DHX15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,7555
ポリマ－79,1121
非ポリマー6444
水1,62190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area170 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area30970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.919, 89.377, 211.078
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DHX15 / ATP-dependent RNA helicase #46 / DEAH box protein 15


分子量: 79111.758 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 110-795 / 変異: T678S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DHX15, DBP1, DDX15 / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O43143, ヘリカーゼ
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG4000, lithium sulfate, sodium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→105.9 Å / Num. obs: 31906 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 13.5 % / Net I/σ(I): 18.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2→105.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 11.907 / SU ML: 0.156 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.204 / ESU R Free: 0.183 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26911 2649 5 %RANDOM
Rwork0.22282 ---
obs0.22523 50047 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 61.787 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.17 Å20 Å2-0 Å2
2--0.17 Å20 Å2
3----0.35 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→105.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5458 0 38 90 5586
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0195610
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025249
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6561.9817610
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.028312190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2795678
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.67623.893262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.007151002
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6921545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2853
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0216136
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021115
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.164.8262715
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.164.8262714
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4157.233392
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.4157.2313393
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.135.112895
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.1195.12888
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.4087.5594207
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.67756.2186217
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.66956.1866204
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 204 -
Rwork0.328 3661 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 19.8432 Å / Origin y: -21.7664 Å / Origin z: 27.9568 Å
111213212223313233
T0.0719 Å2-0.0719 Å2-0.0067 Å2-0.0774 Å20.0247 Å2--0.1643 Å2
L0.3595 °20.2125 °2-0.1859 °2-0.214 °2-0.3574 °2--0.8496 °2
S-0.1312 Å °0.1538 Å °0.0565 Å °-0.1095 Å °0.1116 Å °-0.0088 Å °0.1796 Å °-0.1602 Å °0.0196 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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