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- PDB-5x4l: Crystal structure of the UBX domain of human UBXD7 in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x4l
タイトルCrystal structure of the UBX domain of human UBXD7 in complex with p97 N domain
要素
  • Transitional endoplasmic reticulum ATPase
  • UBX domain-containing protein 7
キーワードHYDROLASE/PROTEIN BINDING / UBXD7 / p97 / HYDROLASE-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of Lys63-specific deubiquitinase activity / flavin adenine dinucleotide catabolic process / positive regulation of oxidative phosphorylation / VCP-NSFL1C complex / endosome to lysosome transport via multivesicular body sorting pathway / protein-DNA covalent cross-linking repair / endoplasmic reticulum stress-induced pre-emptive quality control / cellular response to arsenite ion / Derlin-1 retrotranslocation complex / BAT3 complex binding ...positive regulation of Lys63-specific deubiquitinase activity / flavin adenine dinucleotide catabolic process / positive regulation of oxidative phosphorylation / VCP-NSFL1C complex / endosome to lysosome transport via multivesicular body sorting pathway / protein-DNA covalent cross-linking repair / endoplasmic reticulum stress-induced pre-emptive quality control / cellular response to arsenite ion / Derlin-1 retrotranslocation complex / BAT3 complex binding / positive regulation of protein K63-linked deubiquitination / deubiquitinase activator activity / mitotic spindle disassembly / VCP-NPL4-UFD1 AAA ATPase complex / aggresome assembly / regulation of protein localization to chromatin / vesicle-fusing ATPase / NADH metabolic process / cellular response to misfolded protein / stress granule disassembly / K48-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / positive regulation of mitochondrial membrane potential / negative regulation of protein localization to chromatin / ubiquitin-modified protein reader activity / retrograde protein transport, ER to cytosol / regulation of aerobic respiration / ATPase complex / regulation of synapse organization / ubiquitin-specific protease binding / positive regulation of ATP biosynthetic process / ERAD pathway / ubiquitin-like protein ligase binding / MHC class I protein binding / autophagosome maturation / RHOH GTPase cycle / polyubiquitin modification-dependent protein binding / HSF1 activation / DNA修復 / Protein methylation / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / interstrand cross-link repair / negative regulation of smoothened signaling pathway / ATP metabolic process / Attachment and Entry / endoplasmic reticulum unfolded protein response / viral genome replication / lipid droplet / proteasome complex / proteasomal protein catabolic process / Josephin domain DUBs / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / ubiquitin binding / Hh mutants are degraded by ERAD / Defective CFTR causes cystic fibrosis / Hedgehog ligand biogenesis / オートファジー / Translesion Synthesis by POLH / positive regulation of protein-containing complex assembly / ABC-family proteins mediated transport / establishment of protein localization / ADP binding / オートファジー / Aggrephagy / cytoplasmic stress granule / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of protein catabolic process / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / KEAP1-NFE2L2 pathway / azurophil granule lumen / double-strand break repair / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / Ovarian tumor domain proteases / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / site of double-strand break / Neddylation / cellular response to heat / ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of apoptotic process / protein phosphatase binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / secretory granule lumen / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / ficolin-1-rich granule lumen / Attachment and Entry / protein ubiquitination / protein domain specific binding / intracellular membrane-bounded organelle / DNA修復 / glutamatergic synapse / lipid binding / DNA damage response / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / 小胞体 / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
UBX domain-containing protein 2/7 / UAS / UAS / Thioredoxin-like / Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 - #10 / Domain present in ubiquitin-regulatory proteins / UBX domain / UBX domain / UBX domain profile. / Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 ...UBX domain-containing protein 2/7 / UAS / UAS / Thioredoxin-like / Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 - #10 / Domain present in ubiquitin-regulatory proteins / UBX domain / UBX domain / UBX domain profile. / Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 / UBA-like domain / Barwin-like endoglucanases - #20 / AAA ATPase, CDC48 family / Barwin-like endoglucanases / Cell division protein 48 (CDC48), N-terminal domain / CDC48, N-terminal subdomain / Cell division protein 48 (CDC48) N-terminal domain / CDC48, domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48), domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48) domain 2 / CDC48 domain 2-like superfamily / UBA-like superfamily / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / Ubiquitin-like (UB roll) / Thioredoxin-like superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Roll / Βバレル / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
UBX domain-containing protein 7 / Transitional endoplasmic reticulum ATPase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.402 Å
データ登録者Jiang, T. / Li, Z. / Wang, Y. / Xu, M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Strategic Priority Research ProgramXDB08010301 中国
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2017
タイトル: Crystal structures of the UBX domain of human UBXD7 and its complex with p97 ATPase
著者: Li, Z.H. / Wang, Y. / Xu, M. / Jiang, T.
履歴
登録2017年2月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月5日Group: Database references
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transitional endoplasmic reticulum ATPase
B: Transitional endoplasmic reticulum ATPase
C: UBX domain-containing protein 7
D: UBX domain-containing protein 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6934
ポリマ－59,6934
非ポリマー00
水3,801211
1
A: Transitional endoplasmic reticulum ATPase
C: UBX domain-containing protein 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8462
ポリマ－29,8462
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Transitional endoplasmic reticulum ATPase
D: UBX domain-containing protein 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8462
ポリマ－29,8462
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.046, 84.822, 109.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Transitional endoplasmic reticulum ATPase / TER ATPase / 15S Mg(2+)-ATPase p97 subunit / Valosin-containing protein / VCP


分子量: 20212.734 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 23-196 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VCP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P55072, vesicle-fusing ATPase
#2: タンパク質 UBX domain-containing protein 7


分子量: 9633.721 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 410-489 / Mutation: L472M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBXN7, KIAA0794, UBXD7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O94888
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.88 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.2M Calcium acetate hydrate pH7.5, 20% v/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9777 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9777 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→45.92 Å / Num. obs: 23521 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 27

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000data processing
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QQ7

3qq7


解像度: 2.402→45.92 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2343 1182 5.04 %
Rwork0.185 --
obs0.1874 23453 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.402→45.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3993 0 0 211 4204
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094062
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2655484
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1941608
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048620
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006717
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4022-2.51150.29431380.21052725X-RAY DIFFRACTION99
2.5115-2.64390.2471500.20922734X-RAY DIFFRACTION100
2.6439-2.80950.25951440.2072730X-RAY DIFFRACTION100
2.8095-3.02640.24091470.2082776X-RAY DIFFRACTION100
3.0264-3.33090.2671370.19382771X-RAY DIFFRACTION100
3.3309-3.81260.23311510.18062780X-RAY DIFFRACTION100
3.8126-4.80270.19671560.1512816X-RAY DIFFRACTION100
4.8027-45.9280.23011590.18742939X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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