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Yorodumi- PDB-5wtw: Hepatitis B virus core protein Y132A mutant in P 41 21 2 Space Group -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5wtw | ||||||
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Title | Hepatitis B virus core protein Y132A mutant in P 41 21 2 Space Group | ||||||
Components | Core proteinCapsid | ||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / HEPATITIS B VIRUS / HBV / CORE PROTEIN / CAPSID / Y132A DIMER / Y132A HEXAMER | ||||||
Function / homology | Function and homology information microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Hepatitis B virus | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.623 Å | ||||||
Authors | Zhou, Z. / Xu, Z.H. | ||||||
Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2017 Title: Heteroaryldihydropyrimidine (HAP) and Sulfamoylbenzamide (SBA) Inhibit Hepatitis B Virus Replication by Different Molecular Mechanisms. Authors: Zhou, Z. / Hu, T. / Zhou, X. / Wildum, S. / Garcia-Alcalde, F. / Xu, Z. / Wu, D. / Mao, Y. / Tian, X. / Zhou, Y. / Shen, F. / Zhang, Z. / Tang, G. / Najera, I. / Yang, G. / Shen, H.C. / Young, J.A. / Qin, N. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5wtw.cif.gz | 130.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5wtw.ent.gz | 102.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5wtw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/5wtw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/5wtw | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5t2pC 5wreC 3kxsS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 15952.204 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 1-142 / Mutation: Y132A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Hepatitis B virus / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: L7R9I1, UniProt: P03147*PLUS #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.02 Å3/Da / Density % sol: 69.38 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 5.4 M ammonium nitrate and 0.1 M Bis-tris propane pH 7.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.97915 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Mar 25, 2016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97915 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.62→50 Å / Num. obs: 16217 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 79.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Net I/av σ(I): 21.543 / Net I/σ(I): 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3KXS Resolution: 2.623→32.513 Å / SU ML: 0.44 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 30.65
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 180.2 Å2 / Biso mean: 99.4208 Å2 / Biso min: 51.75 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.623→32.513 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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