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- PDB-5woo: The crystal structure of the Staphylococcus aureus Fatty acid Kin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5woo
タイトルThe crystal structure of the Staphylococcus aureus Fatty acid Kinase (Fak) B1 protein loaded with Myristic acid (C14:0) to 1.78 Angstrom resolution
要素EDD domain protein, DegV family
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / FakB1 / myristic acid (ミリスチン酸) / C14:0
機能・相同性
機能・相同性情報


Rossmann fold - #10170 / DegV / DegV, C-terminal domain / Uncharacterised protein, DegV family COG1307 / DegV domain profile. / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ミリスチン酸 / DegV domain-containing protein / DegV domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Cuypers, M.G. / Ericson, M. / Subramanian, C. / White, S.W. / Rock, C.O.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
St. Jude Children's Research Hospital (ALSAC) 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2019
タイトル: Acyl-chain selectivity and physiological roles ofStaphylococcus aureusfatty acid-binding proteins.
著者: Cuypers, M.G. / Subramanian, C. / Gullett, J.M. / Frank, M.W. / White, S.W. / Rock, C.O.
履歴
登録2017年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年1月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EDD domain protein, DegV family
B: EDD domain protein, DegV family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,0235
ポリマ－65,4742
非ポリマー5493
水11,746652
1
A: EDD domain protein, DegV family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0583
ポリマ－32,7371
非ポリマー3202
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: EDD domain protein, DegV family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9662
ポリマ－32,7371
非ポリマー2281
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.393, 54.453, 84.907
Angle α, β, γ (deg.)104.89, 90.20, 107.76
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 EDD domain protein, DegV family / EDD / DegV family domain protein / Fatty acid-binding protein DegV


分子量: 32737.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: AYM28_04055, AYM37_04055, ERS072738_00223, ERS072840_01626, ERS074020_00218, HMPREF3211_01094
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: X5EH37, UniProt: P0A0N2*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸 / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 652 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PH 6.5 0.1M MES/IMIDAZOLE, 12.5% PEG1000, 12.5% PEG3350, 12.5% MPD, 0.03M NaNO3, 0.03M Na2HPO4, 0.03M (NH4)2 SO4
Temp details: temperature controlled room

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: N2liq. flash frozen crystal
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→81.73 Å / Num. obs: 50586 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 19.68 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 1.78→1.82 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.576 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2913 / CC1/2: 0.736 / Rpim(I) all: 0.395 / Rrim(I) all: 0.783 / % possible all: 95.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UTO

5uto


解像度: 1.78→36.9 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 20.03
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2002 2306 4.56 %
Rwork0.1509 --
obs0.1531 50576 96.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→36.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4495 0 38 652 5185
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064755
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8016428
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5982898
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055719
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005831
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.78-1.81870.28051690.2293032X-RAY DIFFRACTION96
1.8187-1.8610.29451490.21422962X-RAY DIFFRACTION94
1.861-1.90760.23111640.1892968X-RAY DIFFRACTION97
1.9076-1.95910.22231520.1833056X-RAY DIFFRACTION95
1.9591-2.01680.22861230.17623015X-RAY DIFFRACTION97
2.0168-2.08190.24751450.16733031X-RAY DIFFRACTION96
2.0819-2.15630.21781490.16282984X-RAY DIFFRACTION97
2.1563-2.24260.2181510.15833068X-RAY DIFFRACTION96
2.2426-2.34460.18661550.14623038X-RAY DIFFRACTION97
2.3446-2.46820.19931410.15163030X-RAY DIFFRACTION97
2.4682-2.62280.21361440.15223039X-RAY DIFFRACTION97
2.6228-2.82530.21231480.14713035X-RAY DIFFRACTION97
2.8253-3.10950.19521270.14563058X-RAY DIFFRACTION97
3.1095-3.55910.1661400.13273017X-RAY DIFFRACTION96
3.5591-4.48280.16931350.12042968X-RAY DIFFRACTION94
4.4828-36.90780.18441140.15332969X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.1568 Å / Origin y: 0.5957 Å / Origin z: -0.3204 Å
111213212223313233
T0.1304 Å20.0037 Å20.0145 Å2-0.1691 Å20.0077 Å2--0.1723 Å2
L0.0866 °20.0555 °20.0743 °2-0.3466 °20.5024 °2--0.9844 °2
S-0.0101 Å °0.0065 Å °-0.0121 Å °-0.0099 Å °-0.0404 Å °0.0088 Å °-0.0297 Å °0.0236 Å °0.0539 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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