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- PDB-5why: Structural Insights into Thioether Bond Formation in the Biosynth... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5why
タイトルStructural Insights into Thioether Bond Formation in the Biosynthesis of Sactipeptides
要素Radical SAM domain protein
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / radical SAM binding / metalloprotein (金属タンパク質) / SCIFF maturase / SPASM domain-containing
機能・相同性
機能・相同性情報


4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
SCIFF radical SAM maturase / Anaerobic sulphatase maturase, radical SAM / MoaA/NifB/PqqE, iron-sulphur binding, conserved site / moaA / nifB / pqqE family signature. / 4Fe4S-binding SPASM domain / Iron-sulfur cluster-binding domain / 4Fe-4S single cluster domain / Radical SAM superfamily / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
S-アデノシルメチオニン / 鉄・硫黄クラスター / Radical SAM domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium thermocellum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.692 Å
データ登録者Grove, T.L. / Himes, P. / Bowers, A. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Price Family Foundation 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P01 GM118303 米国
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017
タイトル: Structural Insights into Thioether Bond Formation in the Biosynthesis of Sactipeptides.
著者: Grove, T.L. / Himes, P.M. / Hwang, S. / Yumerefendi, H. / Bonanno, J.B. / Kuhlman, B. / Almo, S.C. / Bowers, A.A.
履歴
登録2017年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月2日Group: Author supporting evidence / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_audit_support
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22017年9月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Radical SAM domain protein
B: Radical SAM domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,67715
ポリマ－104,5702
非ポリマー3,10713
水1086
1
A: Radical SAM domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7796
ポリマ－52,2851
非ポリマー1,4935
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Radical SAM domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8999
ポリマ－52,2851
非ポリマー1,6148
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.929, 59.357, 81.363
Angle α, β, γ (deg.)83.090, 73.310, 66.630
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Radical SAM domain protein


分子量: 52285.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium thermocellum (strain ATCC 27405 / DSM 1237 / NBRC 103400 / NCIMB 10682 / NRRL B-4536 / VPI 7372) (バクテリア)
株: ATCC 27405 / DSM 1237 / NBRC 103400 / NCIMB 10682 / NRRL B-4536 / VPI 7372
遺伝子: Cthe_0906 / プラスミド: pMCSG-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A3DDW1
#2: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE / S-アデノシルメチオニン


分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.67 % / Mosaicity: 0.632 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris-HCl, 0.2M calcium chloride, 25% polyethylene glycol 4,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0333 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0333 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.692→30 Å / Num. obs: 23072 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 66.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.085 / Χ2: 0.709 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.7-2.751.70.46811190.6920.4680.6620.4296.5
2.75-2.81.80.4140.7170.4140.5850.41797.7
2.8-2.851.80.360.8950.360.510.48497.3
2.85-2.911.80.3120.8220.3120.4410.4697.1
2.91-2.971.80.2530.8670.2530.3580.4497.1
2.97-3.041.80.230.8220.230.3260.52598
3.04-3.121.80.1720.9340.1720.2440.50597.4
3.12-3.21.80.1450.9540.1450.2040.55597.5
3.2-3.291.70.1240.9570.1240.1750.57498.3
3.29-3.41.80.1060.9660.1060.150.57397.3
3.4-3.521.70.090.9790.090.1270.66598.4
3.52-3.661.70.0730.9820.0730.1030.67598.6
3.66-3.831.80.0620.9860.0620.0870.68998.7
3.83-4.031.80.0510.9920.0510.0720.6198.6
4.03-4.281.80.0470.9910.0470.0660.73798.6
4.28-4.611.70.0440.9910.0440.0620.79698.5
4.61-5.071.70.0440.9910.0440.0620.91198.5
5.07-5.81.80.0450.9910.0450.0630.92999.2
5.8-7.31.80.0480.9890.0480.0671.17797.9
7.3-301.80.0460.9910.0460.0662.01199.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5WGG

5wgg


解像度: 2.692→29.684 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 35.32
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2812 1974 8.58 %
Rwork0.2245 --
obs0.2296 23002 97.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 118.88 Å2 / Biso mean: 80.2725 Å2 / Biso min: 56.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.692→29.684 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6572 0 107 6 6685
Biso mean--69.53 71.16 -
残基数----839
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076833
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.959280
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058982
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041196
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.5323982
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6919-2.75920.44461190.37981339145887
2.7592-2.83370.3921420.34191512165497
2.8337-2.9170.38341400.32121508164897
2.917-3.01110.39311370.31691512164997
3.0111-3.11860.3731520.29781488164098
3.1186-3.24330.34731430.27851519166298
3.2433-3.39080.39961280.27381517164597
3.3908-3.56920.3471380.26411499163798
3.5692-3.79240.30971490.23431528167799
3.7924-4.08460.30121460.2231523166999
4.0846-4.49440.23781470.19681515166298
4.4944-5.14180.24591400.18011545168598
5.1418-6.46710.26471450.20811509165499
6.4671-29.68530.18771480.1671514166299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4543-1.034-0.24274.13490.06814.39340.1484-0.3796-0.99060.9382-0.1844-0.2341-0.2206-0.07380.13070.64070.02320.05670.81450.37040.9305-29.8308-3.428711.9211
22.69440.478-1.23020.5644-0.57271.5132-0.10210.0996-0.06550.1491-0.0571-0.1079-0.45140.1160.1030.6351-0.0381-0.090.47240.07910.5933-5.69257.8454-26.0622
32.6553-0.62380.16661.8019-0.53753.1727-0.0448-0.14-0.41240.07750.09610.1873-0.0497-0.5168-0.02570.4098-0.0018-0.02070.38750.05080.4476-15.97012.1658-26.4847
46.05013.6121-1.80712.0719-0.77293.88130.361-0.4985-0.97540.6734-0.3314-0.598-0.78820.0214-0.19630.67480.0711-0.00380.56690.15030.6582-14.60848.4016-7.3076
52.36-0.92890.94140.83310.2438.2963-0.42380.44730.3369-0.9979-0.3132-0.22450.86120.03590.40671.1262-0.13140.12770.46570.13410.712-8.3024-24.1711-22.3059
61.40310.35420.33561.5533-0.14463.5902-0.0505-0.10520.31560.3725-0.1986-0.4204-0.8122-0.13130.2380.78550.0105-0.20930.45930.08650.6927-10.0575-19.373124.5556
72.0874-0.51050.44455.8758-0.36594.0657-0.1086-0.06380.05930.13160.0675-0.08390.2505-0.40370.06140.4428-0.0116-0.07850.48460.08610.4563-23.2017-31.191619.9687
81.74160.72620.81722.1872-0.8072.723-0.2598-0.16460.07-0.1038-0.1187-0.4066-0.1839-0.06440.36450.6484-0.0182-0.04560.4440.07690.5825-10.9254-28.546512.1284
91.34480.05220.69983.3772-1.03614.5426-0.2791-0.02470.1998-0.2369-0.4031-1.1217-0.2360.88480.73470.7552-0.10410.01810.68270.19690.8138-1.7945-25.45734.5791
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 71 )A1 - 71
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 72 through 140 )A72 - 140
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 141 through 382 )A141 - 382
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 383 through 448 )A383 - 448
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 70 )B1 - 70
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 71 through 177 )B71 - 177
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 178 through 273 )B178 - 273
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 274 through 382 )B274 - 382
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 383 through 448 )B383 - 448

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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