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Yorodumi- PDB-5why: Structural Insights into Thioether Bond Formation in the Biosynth... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5why | |||||||||
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Title | Structural Insights into Thioether Bond Formation in the Biosynthesis of Sactipeptides | |||||||||
Components | Radical SAM domain protein | |||||||||
Keywords | PEPTIDE BINDING PROTEIN / radical SAM binding / metalloprotein / SCIFF maturase / SPASM domain-containing | |||||||||
Function / homology | Function and homology information 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Clostridium thermocellum (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.692 Å | |||||||||
Authors | Grove, T.L. / Himes, P. / Bowers, A. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: J. Am. Chem. Soc. / Year: 2017 Title: Structural Insights into Thioether Bond Formation in the Biosynthesis of Sactipeptides. Authors: Grove, T.L. / Himes, P.M. / Hwang, S. / Yumerefendi, H. / Bonanno, J.B. / Kuhlman, B. / Almo, S.C. / Bowers, A.A. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5why.cif.gz | 348.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5why.ent.gz | 283.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5why.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wh/5why ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wh/5why | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5wggSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 52285.082 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Clostridium thermocellum (strain ATCC 27405 / DSM 1237 / NBRC 103400 / NCIMB 10682 / NRRL B-4536 / VPI 7372) (bacteria) Strain: ATCC 27405 / DSM 1237 / NBRC 103400 / NCIMB 10682 / NRRL B-4536 / VPI 7372 Gene: Cthe_0906 / Plasmid: pMCSG-7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A3DDW1 #2: Chemical | ChemComp-SF4 / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-CA / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.11 Å3/Da / Density % sol: 41.67 % / Mosaicity: 0.632 ° |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.1M Tris-HCl, 0.2M calcium chloride, 25% polyethylene glycol 4,000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 1.0333 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 16, 2016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0333 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.692→30 Å / Num. obs: 23072 / % possible obs: 98 % / Redundancy: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 66.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.085 / Χ2: 0.709 / Net I/σ(I): 5.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5WGG Resolution: 2.692→29.684 Å / SU ML: 0.44 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / Phase error: 35.32
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 118.88 Å2 / Biso mean: 80.2725 Å2 / Biso min: 56.17 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.692→29.684 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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